利用微生物不僅可以浸礦，還可以用來脫硫。
煤中含硫，直接燃燒時，含硫氣體放入空氣中，造成環境汙染。化學脫硫方法耗能大，物理脫硫方法較化學法省錢，但煤粉有損失，利用微生物脫硫則很有潛力。脫硫過程是這樣的，先將煤碾碎，用稀酸進行預處理後，將煤粒與水混合。在反應器中，加以含有適當營養物的培養基（主要是硫酸銨和磷酸氫二鉀），並接種適當培養的菌種，通入空氣和二氧化碳（煙道氣），溫度控製在28℃～32℃（對氧化亞鐵硫杆菌）。反應結束，將煤與培養液分開，從培養液中回收硫。
利用微生物浸礦冶煉金屬所以受到人們的重視，是因為它不需要大量複雜的設備，方法簡便，成本低，特別適於開采小礦、貧礦、廢棄的老礦。但是，在目前生產中還存在著不少問題，如生產周期長、對礦石有選擇性，堿性礦石就更難見效、提取率不穩定等。培養細菌需要控製一定的溫度和濕度，使冬季和寒帶地區不能進行生產。人們正在設法攻克這些難關，使細菌在礦產資源開發中發揮更大的作用。
同時，人們還正在研究用微生物來提取另外一些稀有金屬如鎂、鉬、鋅、鈦、鈷、銀等。盡管這些研究的成果應用到生產中還需要一段時間，但已不是不可捉摸的事了。微生物將成為冶金戰線上一支不可低估的生力軍。指示菌和測示菌
植物是人類不可缺少、不能分離的夥伴，而且它們還有一些奇妙的功能，比如說植物的監測作用。有些植物對大氣汙染的反應要遠比人敏感得多。例如，在二氧化硫濃度達到1×1０-4％～5×10-4％時，人才能聞到氣味，10×10-4％～20×10-4％時，人才會咳嗽、流淚，而某些敏感植物處在03×10-4％濃度下幾小時，就會出現受害症狀。有些有毒氣體毒性很大（如有機氟），但無色無臭，人們不易發現，而某些植物卻能及時作出反應。因此，利用某些對有毒氣體特別敏感的植物（稱為指示植物或監測植物）來監測有毒氣體的濃度，指示環境汙染程度，是一種既可靠又經濟的方法。如利用紫花苜蓿、菠菜、胡蘿卜、地衣監測二氧化硫，唐菖蒲、鬱金香、杏、葡萄、大蒜監測氟化氫，矮牽牛、煙草、美洲五針鬆監測光化學煙霧，棉花監測乙烯，女貞監測汞，都是行之有效的好方法。
美麗可愛的植物具有如此奇妙的功能，那麼微生物呢？
二氧化硫是一種有毒的氣體，它能引起人的哮喘病、肺水腫，當濃度高時人會窒息而死。一些工廠排出的廢煙中常含有它，它是造成空氣汙染的主要物質，在美國、英國、日本發生的幾次嚴重的大氣汙染事件無不與二氧化硫有關。準確報告空氣中的二氧化硫的濃度是一件很重要的工作。真菌和藻類的共生體地衣對少量的二氧化硫十分敏感，通過人工培養地衣的生長情況，就能很方便地判斷空氣汙染的情況。利用海洋中的發光細菌也能探測大氣中的毒氣存在。判斷水的汙染程度對工農業生產和日常生活都是非常必要的。有一種兩端都長有鞭毛的糸於回螺菌，它在汙水中便失去了運動性，培養它們來檢驗汙水是很靈敏的。噬細菌、蛭弧菌、乳節水黴都能作為汙水的示菌。有種短柄毒黴對有毒的砷化合物高度敏感，物料中含百分之幾的三氧化二砷它也能夠測出來。
石油是重要的燃料，在國民經濟中起著極其重要的作用。石油都埋在地下很深的地方，為了開采它，人們還得先進行勘探，看它藏在哪塊地的下邊。勘探時需要打井鑽眼，把地下的土樣拿來化驗。這都需要大量的人力和物力。隨著人們對微生物的了解，利用很簡單的培養微生物的方法也能找出石油的藏身之地。原來油田雖然在地下，但油層中有許多烴類物質由於擴散作用能滲透到地殼表麵，這就露出了油田的蛛絲馬跡。這些烴類是一些微生物的好食品，烴類越多它們繁殖越快。這時隻要從地麵找出這些微生物，經過人工培養並測定它們的數量就可以得知這塊地下有無油田。1957年國際上用微生物法勘探了16個地區，就有10個地區有油田礦藏。“環保”守護神
在城市的舊房區，我們經常看到拆舊房的工人。在大自然的國度裏，細菌也是“拆舊房的工人”，不過它們拆的不是舊房，而是動植物的屍體。它們將多細胞的動植物分解成單細胞，進一步分解成小分子還給大自然。
在那些死去的生物細胞裏還殘留著蛋白質、糖類、脂肪、水、無機鹽和維生素六種成分。在這六種成分中，水和維生素最容易消失，也最易吸收；其次就是無機鹽，很易穿透細菌的細胞膜；然而對於結構複雜而堅實的生命三要素蛋白質、糖類和脂肪等，細菌就要費點心思了。先要將它們一點一點軟化，一絲一絲地分解，變成簡單的小分子，然後才能重新被利用。
蛋白質的名目繁多，性質也各異，經過細菌的化解後，最後都變成了氨、一氧化氮、硝酸鹽、硫化氫乃至二氧化碳及水。這個過程叫化腐作用，把沒有生命的蛋白質化解掉，這時往往會釋放出一股難聞的氣味。
糖類的品種也多，結構也各不同，有纖維素、澱粉、乳糖、葡萄糖等。細菌也按部就班地將它們分解成為乳酸、醋酸、二氧化碳及水等。
對於脂肪，細菌就把它分解成甘油和脂肪酸等初級分子。
蛋白質、糖類和脂肪這些複雜的有機物都含有大量的碳鏈。細菌的作用就是打散這些碳鏈，使各元素從碳鏈中解脫出來，重新組合成小分子無機物。這種分解工作，使地球上一切腐敗的東西，都現出原形，歸還於土壤，使自然界的物質循環得以進行。
現代高科技的快速發展，的確給人類生活帶來了巨大的便利，然而，也產生了一係列新的問題。
水汙染便是其中之一。
在前蘇聯，伏爾加河汙染使著名的鱘魚快要絕跡。1965年在斯維爾德洛夫市曾有人偶然把煙頭丟進伊謝特河而引起了一場熊熊大火。前蘇聯每年有100多萬噸石油產品和20萬噸瀝青及硫酸排放入裏海，使豐產的梭子魚幾乎絕跡。
在美國，被稱為“河流之父”的密西西比河，汙染使許多魚鳥絕跡，港灣荒蕪。盛產水生生物的安大略湖也被汙染得享有“毒湖”之稱。海洋的汙染使美國8％的海域中的魚貝類不能再食用。
在日本，港灣的汙染使特產的櫻蝦、鱸魚已經斷子絕孫。九州鹿兒島的貓因為吃了富含汞的魚類，貝類而像發瘋一樣驚慌不安，跳入大海，有“狂貓跳海”的奇聞。
在中國，由於受工業廢水、生活汙水、糞便、農藥化肥等汙染，國內的523條重要河流中，現已有436條受到嚴重汙染，湖泊和水庫的80％左右也被列為汙染之列。
……
濁浪滔滔，江河湖泊在呻吟，人們費了不少腦筋和精力，投入了大量的人力、物力、財力來解除水汙染。目前，廢水處理有物理方法、化學方法和生物方法，而用微生物處理廢水的生物方法以效率高、成本低受到了廣泛使用。能除掉毒物的微生物主要是細菌、黴菌、酵母菌和一些原生動物。它們能把水中的有機物變成簡單的無機物，通過生長繁殖活動使汙水淨化。有種芽孢杆菌能把酚類物質轉變成醋酸吸收利用，除酚率可以達到99％；一種耐汞菌通過人工培養可將廢水中的汞吸收到菌體中，改變條件後，菌體又將汞釋放到空氣中，用活性炭就可以回收。有的微生物能把穩定有毒的DDT轉變成溶解於水的物質而解除毒性。每年在運輸中有150萬噸的原油流入世界水域使海洋汙染，清除這些油類，真菌比細菌能力更強。在去毒淨化中，不同的微生物各有“高招”！枯草杆菌、馬鈴薯杆菌能清除已內酷胺；溶膠假單孢杆菌可以氧化劇毒的氰化物；紅色酵母菌和蛇皮癬菌對聚氯聯苯有分解能力。
用微生物處理廢水常用生物膜法。所有的汙水處理裝置都有固定的濾料介質如碎石、煤渣及塑料等，在濾料介質的表麵覆蓋著一層由各類微生物組成的粘狀物稱為生物膜。生物膜主要是由細菌菌膠團和大量真菌菌絲組成，在表麵還棲息著很多原生動物。當汙水通過濾料表麵時，生物膜大量地吸附水中各種有機物，同時膜上的微生物群利用溶解氧將有機物分解，產生可溶性無機物隨水流走，產生的二氧化碳和氫氣等釋放到大氣中，使汙水得到淨化。
還有一種活性汙泥法。所謂活性汙泥是由能形成菌膠團的細菌和原生動物為主組成的微生物類群，及它們所吸附的有機的和無機懸浮物凝聚而成的棕色的絮狀泥粒，它對有機物具有很強的吸附力和氧化分解能力。
利用微生物淨化汙水雖然取得了可喜的成就，但在提高工作效益方麵還有不少工作要做，因此還不能廣泛應用於消除汙染。