他買來大批健康的老鼠，然後讓錐蟲感染他們，看著老鼠一個個病倒。他開始試驗不同的染料。
一批，二批，三批，四批……成千頭小白鼠全部死掉了，從來沒有一隻在注入了錐蟲後會重新複活過來的。
一種，二種，三種，四種……近五百種五顏六色的染料全部試完了，可是沒有一種染料能夠挽救這些小白鼠的生命，在死去小白鼠的血液裏，依然充滿著許許多多繁殖起來的錐蟲。
一天早上，蓬頭垢麵，嘴上還叼著雪茄的埃爾利希來到實驗室，對他的助手講，如果把染料的結構稍稍變動一下，譬如加一個硫基，也許它們在血液裏溶解得更好，也許能殺死錐蟲。
新的試驗又開始了。
這一次，他們把加了硫基的染料注射到快死的老鼠體內。鏡檢的結果看來，血液中的錐蟲數量越來越少，可老鼠也在呻吟聲中痛苦地死去。
又失敗了。
畢竟，加入疏基的染料殺死了錐蟲。這也是一個充滿希望的預兆啊！
時間又過去了幾年。
博覽群書的埃爾利希這天突然看到一篇報道，報道說：在非洲黑人中間流行一種由錐蟲感染的昏睡病，感染了此病的黑人在昏睡中大批死去，有一種名叫阿托西的藥可以殺死人體內錐蟲，但卻使病人雙眼失明，再也看不見一絲光亮。看到這篇報道，埃爾利希為之一振，染料加入硫化物可殺死錐蟲，如果把阿托西改變一下，通過改造，一定可以既殺死錐蟲，又不損傷眼睛。
說幹就幹。保羅·埃爾利希組織他所有的實驗工作人員開始對阿托西進行改造工作。
沒有白天，沒有黑夜；
沒有節日，沒有假日；
實驗在緊鑼密鼓地進行著。
經過改變了化學結構的“阿托西”已經用到第605種了，但是小白鼠依舊是死亡，不過在這漫長而艱苦的鬥爭中，埃爾利希有了充足的信心，對付錐蟲的魔彈一定可以製造出來，哪怕要試驗一千次，二千次，無論如何，勝利一定會到來。
1909年到來了。
這一年，埃爾利希已年過50，他的日子不多了，在全體人員共同努力下，魔彈606終於發明了。606，它的大名是“二氧二氨基倡砷苯二氫氯化物”。它對錐蟲的功效之大，正如它的名稱之長一樣不凡，一針下去，就肅清了一隻老鼠血液裏的錐蟲，而且至關重要的是它從不使老鼠瞎眼，也從不把老鼠的血化為水。
606的發明，使非洲人從昏睡病的痛苦中解救出來。而且，經過後來的改造，606還可以殺死其他一些微生物。青黴素
在埃爾利希發明606後，德國醫生杜馬克發明了磺胺藥。磺胺有著一種特殊的殺死細菌的方法。原來，細菌在生長繁殖的時候需要一種生長代謝物質，這種生長代謝物質叫對氨基苯甲酸，它在酶的參與下合成葉酸，進一步再合成催化蛋白質、核酸合成的輔酶F。在這個代謝途徑中如果發生某種障礙，就會使這些致命菌的生長繁殖受抑製。在化學藥品中，磺肢的結構與對氨基苯甲酸很相似，當磺胺存在時，細菌體內合成葉酸的酶由於不能明察秋毫，就會把磺胺當作對氨基苯甲酸結合，這樣菌體合成的葉酸就成了“假葉酸”，“假葉酸”不能繼續再合成輔酶F，結果致命菌代謝發生紊亂，進而死亡。而人和動物可利用現成的葉酸生活，因此不受磺胺的幹擾。
磺胺類藥物能治療多種傳染性疾病，能抑製大多數革蘭氏陽性細菌。如肺炎球菌、β-溶血性鏈球菌等和某些革蘭氏陰性細菌（如痢疾杆菌、腦膜炎球菌、流感杆菌）的生長繁殖，對放線菌引起的疾病也有一定的療效。
然而，盡管磺胺藥有如此大的豐功偉績，它也有弱點，它對付病菌的本領不是萬能的，越來越多的事實促使人們要不斷尋找更多更有效地殺死有害微生物的魔彈。
醫生們發現，有的病開始用磺胺類藥物效果還顯著，可時間一長，磺胺藥便不再奏效。細菌依然我行我素，最後病人還是被奪走了生命。
這是怎麼一回事呢？
原來有些病菌認出了磺胺類藥物以假亂真的本領，也相應改變自己的代謝方式，讓磺胺類藥物失去作用，繼續危害人們的健康和生命安全。
人們企盼著更有效的藥物出現。
1939年，第二次世界大戰爆發。戰場中鮮血淋漓的傷口成了病菌侵入血液的門戶，已有的藥物越來越顯示它們的局限，越來越多的戰士不是戰死在沙場而是痛苦地死在後方的醫院裏。
形勢一天比一天嚴峻。
1943年初春，一件神奇的事實終於打破了這種可怕的局勢。在對付病菌的戰鬥中，從此又掀開了曆史上更加輝煌更加燦爛的新的一頁。
這件事發生在美國中部的伯利漢城。
伯利漢城是救助受傷戰士的溫床，成百上千個受傷的戰士從太平洋激戰前線運到這裏進行治療。這一天，當醫生們竭盡全力給一批病人治療後，受傷的戰士還是開始了昏睡，死亡之神已開始向他們招手。就在這嚴峻時刻，醫院來了一名年輕的醫生，他帶來兩包淡黃色粉末。這位醫生名叫李昂士，他是為了試驗藥效特地從外地趕來的。李昂士醫生配好了藥，給這批垂死的病人注射。
一小時、二小時過去了，奇跡開始發生。這些已被認為是必死無疑的病人睜開了雙眼，並閃爍出活力的光芒。漸漸的，病人熱度開始減退，一切症狀都有了好轉。
李昂立的淡黃色粉末取得了驚人的成就，整個醫院頓時轟動起來。
這是真正的救世良藥。
這種淡黃色粉末究竟是什麼？為什麼會有這般神奇的殺菌魔力呢？
這種神奇的淡黃色粉末就是“青黴素”。
青黴素的發現要歸功於細心又勤勉的弗來明教授。這裏麵可有一段挺有趣味的故事呢！
早在青年時代，弗來明就苦苦追索過病菌引起疾病的秘密，辛勤地探求過消滅這些可怕病菌的方法。麵對當時由病菌行凶作惡的世界，他曾經為發明殺菌藥物而努力過，也為取不到滿意的結果而苦惱過。在他那十分簡陋的實驗室裏，弗來明日夜辛勤地工作著，探索著保衛人類生命免受病菌威脅的種種方法。
1928年，弗來明開始研究葡萄球菌，他主要從事葡萄球菌變異方麵的研究。不同的養料、不同的光質、不同的溫度、不同的水分都可以影響葡萄球菌的形態和生理變化。弗來明每天像一名辛勤的園丁，觀察著它們在培養過程中的變化。
每天早晨，弗來明便一個一個小心地揭開培養皿蓋，吸出一點菌落在顯微鏡下觀察它們的形態變化。然而，不管他如何小心，空氣中飄浮的微生物總是會很輕盈地鑽到他的培養皿中，吸收營養。這些搗亂的家夥在培養皿中自由自在地生長繁殖，妨礙了正常實驗的進行。這種空氣微生物汙染培養皿的情況幾乎在每個細菌實驗室都有過，隻是程度有輕有重而已，誰能保證在揭開蓋子的一刹那，沒有任何小東西飛到裏麵去呢？弗來明每每遇到這種情況，他毫不灰心，隻有另起爐灶，而且，他從來不放過這一幾乎被每個細菌學家熟視無睹習以為常的事實。