有了糧食，以它為原料加工成各種食品或用品，處理各種加工過程中的副產品和把廢物變成有用之物，微生物同樣大有用武之地。用糧食為原料，利用微生物生產出了數以千計的人類當代生活的必需產品，例如葡萄糖、氨基酸、有機酸、酒精、維生素等等。在不久的將來，微生物不僅可以為人類生產出更多樣的產品，還可以大大提高利用原料的效率。就拿生產酒精來說吧，目前我們用糧食生產酒精，必須先用微生物，如黴菌和細菌，或它們產生的酶使糧食中的澱粉分解成葡萄糖，再用另一類微生物，酵母菌把葡萄糖轉化成酒精。現在已經有人成功地把這兩類微生物的功能組合在一種微生物的細胞裏，這就能使酒精生產過程大大簡化。在21世紀初，酒精生產將變得更加方便，原料也更加節約了。甚至還有人在試驗把控製纖維素酶的基因，通過基因工程的方法轉移到酵母菌中，這樣，本來不能轉化成酒精的纖維素也可以作為生產酒精的原料了。這項試驗一旦成功，我們便可以用糧食生產的廢料，如稻草、玉米秸和各種農作物的秸稈，甚至野草、木屑來生產酒精。酒精的價格將大幅度下降，就可以用酒精代替汽油作為能源了。
微生物產生的酶已經製成多種產品，廣泛用於人們的生活和生產中。例如用於製造葡萄糖的糖化酶，加在洗衣粉中的蛋白酶和脂肪酶，目前市場上開始嶄露頭角的雙歧杆菌增殖因子或其他低熱值的甜味劑，就是用酶分解澱粉或其他糖類原料生產的。由於微生物容易培養，能夠在短時間內獲得大量細胞，所以人們一直把微生物作為酶的主要來源，尤其是現在可以用基因工程的方法把其他生物中的酶轉移到微生物中，這就更提高了微生物在酶的應用上的價值。
微生物曾經因為引起多種致人死亡的傳染病而使人談虎色變，而今天，絕大部分傳染病得到了控製。控製傳染病的一個重要手段，就是用微生物生產藥物，抗生素中的青黴素已經家喻戶曉。微生物還能生產降低膽固醇，治療癌症的藥物。在器官移植中，同樣也要用微生物產生的環孢菌素來抑製機體的排斥反應。至於用生物技術生產的疫苗、幹擾素、調節素等，都離不開微生物和微生物學的原理和技術。在不久前，全世界消滅了天花病，脊髓灰質炎也將與20世紀一起成為曆史。可以肯定，在21世紀，人類將會用微生物來根除目前還比較猖撅的多種疾病。
除了直接利用生產產品外，傳統的發酵工程技術也有了更為廣泛的用途。例如許多名貴的香料，本來隻能從稀有的植物或動物的某一部分提取，所得甚少。現在我們可以借鑒培養微生物的經驗，把那些產生香料的細胞分離出來進行大量培養。這樣，香料的成本就將大大降低。用類似的方法，也可以生產某些貴重中藥材。
在未來人類生活中，微生物的貢獻將遠不止上述諸方麵。在重工業領域，微生物將被廣泛地用來提煉貴重金屬，使煤炭脫去因燃燒而汙染大氣的硫化物、提高石油的開采效率；在環境保護領域，許多有害工業廢物將由微生物來去毒，以至於化害為利，將廢物轉變成有用產品，甚至，還可以用微生物代替化學藥劑用於人工降雨或製造人造雪。公安部門已經利用細菌來防盜和破案。
總之，由於微生物在許多方麵表現出了優越功能，全世界在發展生物技術的規劃中，都特別重視微生物資源的開發研究。
我國生態環境的多樣性在國際上罕見，因此微生物資源非常豐富。幾千年來，我國各族人民有著十分高超的利用微生物的技術，數以百計的傳統發酵產品在全世界享有盛譽。建國以來的近半個世紀中，我國的微生物產業體係已經形成，在生物技術業中占有重要的地位，是發展我國生物技術的重要支柱。微生物產業在國民總產值中占有1／100以上的份額，在祖國實現現代化和人民生活實現小康的過程中有著不容忽視的地位。而且，在微生物產業中，現代產業與傳統產業的比例正在提高，有的產品的產量和質量雄居國際領先水平，不少產品達到或接近國際先進水平。我國的微生物學工作者已經形成了一支專業齊全、有相當數量和實力的隊伍。這是我國應用微生物為人類作貢獻的基礎。有這樣的條件，我們有信心在不久的將來使微生物產業在我國生物技術發展中發揮更重要的作用，為經濟繁榮和人民生活的改善作出更大貢獻。
綜觀全局，無論從解決全人類麵臨的糧食、能源、保健和環境保護等重大生存問題，還是我國經濟發展來說微生物的應用和微生物學的研究都具有重要的意義，微生物學將在新世紀中繼續處於科學前沿的地位。