1.UFO的海底基地。加拿大的讓·帕拉尚等人首先提出這種假設。經過調查研究認為，幾萬年前，大西洋上原先有個高度文明的大西國，後來因發生戰爭和水災，大西國沉淪洋底，大西國人——瑪雅人隨之轉入海底生活，在那裏建立永久的基地，但有時也乘UFO從海洋出來，遨遊太空。帕拉尚等人用這個觀點來解釋百慕大三角的神秘事件和UFO出沒這片海域的奇異現象，說明這一切都與水下瑪雅人有關。
2.UFO的南極基地。在UFO研究者中，UFO專家安東尼奧·裏維拉曾懷疑，飛碟會不會是德國納粹的秘密武器。他這樣懷疑也是有依據的。他經過調查得知，第二次世界大戰末，德國人設計出了幾個飛碟，其中幾架很可能被納粹用潛艇運到南美和南極了。另一個現象又似乎足以證明這個假設，在遼闊的南美洲，特別是阿根廷、巴西頻頻出現UFO，大部分的UFO都來自南極。因此，一些人便推斷，南極存在著UFO基地。
3.UFO的地心基地。以德國UFO專家威廉·哈德森為代表的為數不多的人提出，UFO是地球上一種高等智慧生物的飛行器，這種智能生物長期以來居住在地球深處，在那裏發展了一個地下文明。他們習慣在地球表麵深處，在那裏發展了乘特殊飛行器才能外出進入的空間。他們的出口往往建在深山峽穀之中，或荒無人煙的大沙漠深處。也有人說，地層的裂縫是它們的天然出口，因此，裂縫處往往是UFO現象的高發地區，或者從北極孔洞出入。
中國的疆域群山間或沙漠中存在UFO基地，這是一個十分誘人的問題。
最先提出我國西北茫茫戈壁中存在UFO基地的是法國的新聞記者、飛碟作家亨利·迪朗。
他從1954年起利用記者采訪之便，大量調查發生在法國、歐洲及其他地方的UFO事件，隨後撰寫了《飛碟黑皮書》、《不明飛行物資料》、《外星人的足跡》等書。中國戈壁存在UFO基地的推測是他在1978年出版的《外星人的足跡》這本書裏首次提出的。他在《地球上有外星人基地嗎》一書中有如下敘述：
“烏蘭巴托是蒙古人民共和國的首都，是工業和原子能中心，位於中國和前蘇聯之間。烏蘭巴托南邊是戈壁大沙漠，其東北麵是雅市洛諾夫山脈。在該市與大山脈之間有一個荒漠的區域，受到陡峭山崖的保護，這裏發生過無數起奇異的事件。從中國和前蘇聯西伯利亞得到的目擊報告表明，飛碟的飛行路線經常經過這一無人區域，這一點同某些探索者的觀點是相同的。他們指出，這個地區和戈壁沙漠可能是外星人的基地……一批德意誌民主共和國的留學生曾看見前蘇聯轟炸機中隊轟炸了飛碟基地。發言人曼韋雷德·格勒說：“俄國人炸毀了位於蒙古北部的飛碟基地，這個基地由一些隧道和金字塔形的建築物組成。”
我國UFO界也有人提出了戈壁中可能有UFO基地的推測，最先著文談到這一問題的是地元凱先生，他用大量確鑿的證據說明，我國北疆的戈壁確實是UFO喜愛起降和飛掠的地方。UFO選戈壁灘或南極等一些渺無人煙的地方作為基地，是在情理之中的，原因有三個：
第一，這如同地球人類向月球發射載人飛船一樣，他們選擇月麵，而回收飛行器則選擇海麵作為軟著陸場地，外星人要在地球上頻繁降落，百慕大三角海域和戈壁灘沙漠無疑是他們選中的好地方。
第二，據美國和法國飛碟專家分析，外星來的飛碟避免同地球人發生第三類接觸，即近距離接觸的傾向。如果這一結論正確的話，那麼人煙稀少、人跡罕至的戈壁沙漠理所當然地成為良好的場所，在那裏不易被發現。
第三，在地球上，沙漠是陸地的重要部分，外星人研究地球，沙漠自然就成了一個不可缺少的課題。有名的戈壁沙漠大多群山環抱、地域遼闊、地形複雜、氣候多變，地下還有石油等礦藏，是一個不可多得的綜合研究對象。
無數案例表明，UFO是客觀存在的。飛碟可能是外星人或宇宙人的乘具，外星人到地球來可能是路過也可能是旅遊，還可能是執行任務……基地大概是他們的臨時住所。或者說飛碟是宇宙遊牧者，走哪住哪，根本不存在基地。總的來說，搞清UFO在地球上或宇宙中的基地，摸清它們起飛的規律，對我們盡早揭開UFO之謎是有很大幫助的。