為了驗證曼陀羅的麻醉作用，李時珍親自采來了曼陀羅花和火麻子花，在通風處攤開陰幹，然後每樣一半研成細粉。李時珍在“割瘡灸火”以前就把這種藥給病人吃，一般用“熱酒調服三錢”。病人服藥後不久就“昏昏如醉”，失去了知覺，這時再施行手術，病人就不會有痛苦了。實驗結果，證明曼陀羅確實有很強的麻醉作用。於是李時珍在《本草綱目》中詳細地記下了曼陀羅這一功用。今天，我國醫務人員通過大量臨床驗證，充分證實了李時珍的實驗結果是十分正確的，重新發掘了中藥麻醉這一寶貴的祖國醫學遺產。以曼陀羅為主的中藥麻醉，安全、有效，現已廣泛應用於外科臨床手術中。
對於巴豆的藥用價值，李時珍也作過一番探索。巴豆是一種瀉藥，有毒。南朝大醫家陶弘景也認為：“巴豆最能瀉人”。而元朝有位醫生王海藏卻說：巴豆可以通腸，但也可以止瀉；還特別指出，巴豆止瀉的功能，“世所不知也”。不過，王海藏對此沒有作出很具體的論證。到底巴豆有無止瀉作用呢?有一次，李時珍遇到了一位六十多歲的老婦人，她腹瀉已經五年。這位老人隻要吃一點油腥、生冷的東西就犯病，經過許多醫生的治療，吃了不少止瀉和調養脾胃的藥，總不見效。李時珍仔細地聽了這個病人的陳述，他認為她的腹瀉是由於胃寒，是“大寒凝內”所至。巴豆是熱性藥，可以祛寒，是不是對這種腹瀉有作用呢?於是李時珍給這位病人開了巴豆。第二天，病人腹瀉果然停止了。事實證明，巴豆能致瀉也能止瀉，足見王海藏的經驗之談是正確的。此後，李時珍又用這一方法陸續治好了將近一百個腹瀉病人。於是他在總結這一經驗時寫道：巴豆用量大固可致瀉，但用量小也有止瀉的作用，問題是要藥對病症，配合得當。這樣，他在自己的直接經驗的基礎上，檢驗了前人的經驗，並且作出了具體的、令人信服的說明；這比之王海藏的簡單的論斷就又進了一步。
還有一些藥，如朱砂，根治咽喉腫痛效果很好，但當時“惟太和山人采之”；如半邊蓮，田邊濕地到處都有，對毒蛇咬傷有良效。這些藥在古書中也都沒有記載，但都有很高的藥用價值，因此李時珍把這些藥都一一收入了《本草綱目》。
4批駁方士煉丹的迷信邪說
李時珍在行醫、采藥、編寫本草的同時，還與方士的迷信妄說展開了鬥爭。
在我國，煉丹術大約在公元前二世紀就發展起來了。專門研究煉丹術的人稱為方士。方士的迷信活動正好迎合了封建統治者企圖長生不死、永遠統治人民的願望。方士煉丹，在社會上也成為宣揚迷信、坑害騙人的一種活動。有的人受騙上當，因服食所謂丹藥而損害健康以至喪生。
李時珍所處的嘉靖朝，那個出名荒淫腐朽的嘉靖皇帝，就熱衷於煉丹求仙。他自號“靈霄上清統雷元陽妙一飛玄真君”；對他所寵信的方士陶仲文，予以“忠孝秉一真人”的稱號外，還授以禮部尚書官銜，加官少師，封為恭誠伯。北京皇宮中設立法壇，建醮求仙，搞得烏煙瘴氣。陶仲文死後，當時有名的清官海瑞曾在奏章中質問嘉靖帝道：“陛下師事陶仲文，仲文則既死矣。仲文不能長生，而陛下獨何求之?”對這些情況，李時珍則從醫學的角度，作了有力的駁斥。
例如，金子是一種比重很大的金屬，但方士卻說服食黃金可以成仙。李時珍一向反對服食黃金和所謂丹藥。他講，人是血肉之軀，需要正常飲食才能生活，能忍受“金石重墜之物久在腸胃乎”?用現在的話來講，金子比重太大，吃下去是會引起腸穿孔而危害生命的，這就是古書中通常所說的墜金而死。所以服食黃金實際上是“求生而喪生，可謂愚也”。
最使李時珍生氣的，是一些本草書也收錄了不少方士的胡言亂語。例如水銀是一種易蒸發的金屬，人吸了水銀蒸氣，水銀就會“人胃鑽筋，絕陽蝕腦”。方士的“丹書”上胡說水銀是長生不老藥，這當然不可信，問題是一些本草書也竟隨聲附和，說水銀沒有毒。所以李時珍說：“方士固不足道，本草豈可妄言!”
究竟水銀是否有毒，李時珍引用了宋代名醫寇宗爽記敘的兩個例子來說明這個問題。有個太學士李於相信方士柳泌能用水銀製造長生不老藥，但是當他吃了柳泌用水銀燒製的丹藥後就開始便血，而且病情愈來愈重，四年以後就死去了。另外還有一個叫歸登的人，是工部尚書，據他自己介紹說，他也是由於吃了水銀才得病的；結果，此人也“唾血十數年以斃”。
我國很早就有人不相信煉丹、服丹、吞水銀可以成仙。東漢的一首古詩中就寫道：“服食求神仙，終為藥所誤。”鉛、錫、雄黃、硫黃、水銀等礦物都有一定毒性，單獨服用水銀或把這些東西混合燒製成各種丹藥吃下去，都是十分危險的，決不能延年益壽。明嘉靖四十五年十二月(1567年1月)，皇帝朱厚熄由於服食“丹藥”終於喪了命。明穆宗朱載墾即位，嚴懲方士，於是一時許多人再不敢提水銀朱砂可以醫治什麼病了。
李時珍一向反對方士的迷信邪道，不過，他在批判方士邪說的同時，又對丹藥在醫療方麵的作用給予了適當的肯定。他認為煉丹術剔除其中不科學的成分也可為醫藥學服務。水銀雖不可隨便服食，“而其治病之功，不可掩也”。水銀同黑鉛結合可製成鉛白霜，鉛白霜有止驚悸、解酒毒、治療中風的作用；水銀同硫黃可合煉成靈砂，靈砂是一種鮮紅色針葉晶體，有安神鎮靜作用。問題是這些藥都有一定毒性，不可隨便亂用。
李時珍在《本草綱目》中還收載了東晉時煉丹家葛洪煉丹的許多材料，肯定了水銀、丹砂、密陀僧、雄黃等幾十種金屬礦物類藥材的藥用價值。這些都體現了李時珍的實事求是的科學態度。
《本草綱目》對科學的貢獻
明朝時的中國，已處在封建社會的後期。一方麵，沒落的封建勢力開始對生產力的發展起著阻礙作用；另一方麵，同宋元時期比起來，農業、手工業、商業和交通運輸都得到了進一步發展。社會經濟的發展不僅為科學的進步提供了物質基礎，而且也對科學技術提出了新的要求。因此，在明朝的中後期，我國農學、數學、天文學、地理學和醫藥學等各門學科都取得了許多新成就。這個時期除了李時珍的醫藥學著作《本草綱目》以外，還出現了我國古代最優秀的科學技術論著宋應星的《天工開物》、最有影響的地理學著作《徐霞客遊記》和徐光啟的農學名著《農政全書》等。
《本草綱目》內容十分豐富，至今在許多學科研究中仍有重要的參考價值。《本草綱目》對科學的貢獻大致可以歸結為以下四個方麵。
其一，李時珍在《本草綱目》中糾正了曆代本草相沿的許多訛誤，研究和補充了當時人民群眾新發現的藥物三百多種，彙集了當時民間流傳的有效藥方八千多個，繪製了一千多幅藥物圖，係統地整理、總結了當時我國醫藥學發展的新成就。這是《本草綱目》最主要的貢獻。但是《本草綱目》一書的內容涉及麵很廣，李時珍對科學的貢獻是多方麵的，遠遠超出了本草學範圍，所以僅從醫藥角度來評價還是不夠的。
其二，李時珍在《本草綱目》中把收錄的全部藥物清楚地分成了水、火、土、金石、草、穀、菜、果、木、服器、蟲、鱗、介、禽、獸、人等共一十六個部分，糾正了過去本草書中“玉、石、土混同，諸蟲、鱗、介不別”的情形，創造了當時世界上最先進的藥物分類法。
水部專門收載各種來源不同的水。
火部講的是如何利用物質燃燒產生的熱量或燃燒後的餘燼來治病。例如，用艾燃燒產生的熱來灸治疾病，用木炭灰來熱熨關節等等。
土部多數是指鬆散的無機物質。
金石部收載金屬、金屬化合物和比較堅硬的無機物。
蘋、穀、菜、果、木五部都收錄植物性的藥材，它們之間按植物形態“從微至巨”的順序排列。前三部多數為草本植物，後兩部多數是木本植物。
在這五部分中又以草部收載的藥材最多，共612種，占《本草綱目》全書藥品數的1/3。李時珍又將草部藥材細分為許多類，其中山草類、濕草類、水草類、石草類是按植物生長環境來區分的。例如，石斛、骨碎補、石韋、佛甲草都可以生長在石頭的縫隙裏，所以同屬石草類；海藻、海帶、水萍都生長在水裏，所以都收入水草類。《本草綱目》這一分類法很有科學意義。現代植物學仍十分重視植物區、植物帶的研究，並按生境、生態來進行植物分類，如旱生植物、濕生植物、沼生植物、水生植物等。李時珍講的水草類實際上就是我們今天說的水生植物和沼生植物；濕草類就是我們今天說的生長在濕潤環境中的濕生植物和不能忍受嚴重幹旱和長期水澇的中生植物。還有芳草類、毒草類這兩類是按植物是否含毒性物質和是否含芳香油區分的，芳草類部分藥材就是我們所說的芳香植物。此外，還將具有相同形態特點的一些藥草排列在一起，如：一些藥草莖比較柔弱，攀援、纏繞在其他物體上或匍匐在地上才能生長，因此同列入蔓草類；又如半夏、魔芋、天南星的花軸都特別肥厚，而且外麵都有一個焰火形苞片(佛焰苞)包裹著，所以也排列得比較靠近，這些植物同屬今天所說的天南星科。
李時珍這種“析族區類”的植物分類法，是按照植物所需要的生活環境條件、形態特點和所含化學成分不同而劃分的。這種分類法要比瑞典著名植物學家林耐(1707—1778)所提出的，按植物花雄蕊數目分類的方法要早一百多年。當然，李時珍的植物分類法也還缺乏完整的分類理論，而且在具體劃分時不甚嚴格，但這種分類法畢竟比較實用，所以至今仍常被沿用。林耐的植物分類法由於太死板，實用價值不大，早已很少應用了。
服器部列入了一些可以供藥用的日常用品。如麻紙、絲綿，這兩種東西燒成的灰都是藥物，有很好的止血作用。
“蟲，鱗，介，禽，獸，終之以人”；這大致上是按藥用動物由低級向高級的順序排列的。
蟲部相當今天所說的無脊椎動物；鱗部指蛇類和魚類；介部主要包括魚鱉類、蚌蛤類；禽部收載鳥類；獸部收載哺乳動物。這種動物分類法與今天按動物進化情況的分類法也有許多相似之處，在當時來講也是比較先進的。
李時珍還認為獼猴與人有許多相近之處，“手足如人，亦能豎行”，甚至母猴已經“逐月有天癸(月經)”，所以將獼猴列入了哺乳類動物最高級的一類——寓怪類，確定了猿猴在動物界的地位。
獸部寓怪類之後就是人部。人體的一些附屬物如毛發等也可以入藥。人比猴更進化，已經脫離了動物界，所以排在最後。
其三，《本草綱目》不僅是一部空前的本草學著作，而且在化學、礦物學等方麵也有一定的貢獻。
我國古代的煉丹術曾為礦物學、化學的發展積累了許多知識，但是由於煉丹術脫離了廣大勞動人民的生產實踐，脫離了社會的實際需要，所以不可能得到發展。而李時珍的研究是麵向實際、麵向人民的，所以他在化學和礦物學方麵的成就遠遠超過了煉丹術。
《本草綱目》中共收載了礦物藥材一百多種。現代礦物學十分重視礦床的分布。《本草綱目》“集解”一欄裏，這方麵資料很豐富，我們從中可以知道：當時金的主要產區在湖南、湖北、四川、雲南；銅出在四川、兩廣、雲南、貴州；山西出明礬；朱砂以湖南辰州的最好，所以又名辰砂；蒲州的膽礬最為上品；等等。
在藥用礦物的性形、顏色、成分和真偽鑒別方麵，《本草綱目》所收集的資料就更豐富了。例如金子是貴重金屬，金的純度不同，顏色也就有差別，“七青、八黃、九紫、十赤”，隻有十成的純金才是赤色的。李時珍還采用了不少化學鑒定法。胡粉又名鉛粉，是鉛的一種化合物，李時珍用“胡李時珍墓前塑像粉得雌黃而色黑”的變化來鑒別。由於雌黃是一種硫化物，所以胡粉與雌黃接觸可以生成硫化鉛，硫化鉛是黑色的，所以變黑。這是一種簡便的快速鑒定法。礬石，其中有一種是硫酸銅，《本草綱目》引述了古來以它磨鐵，鐵作銅色的鑒別法。銅的化學性質不及鐵活潑，所以銅塊中的銅都可被鐵置換成金屬銅，因此用來畫在鐵上，會使鐵變為銅的顏色。這是劃線鑒定法。自然銅也常有偽品出現，那就是黃鐵礦。這種礦石含硫，燃燒後發出青色的火焰，所以可用“燒之青焰如硫黃者是也”的方法來區別；這就是焰色反應。
以上各種鑒定方法，當時人們對它的原理雖不清楚，可是由於我國勞動人民具有豐富的實踐經驗，方法早已掌握，結論也是正確的。
現代化學十分注意研究晶體。從《本草綱目》中我們還可以知道，從公元五世紀以來我國勞動人民就已經把鹽類的多次結晶法用於製藥生產上了。把粗製的芒硝放在鍋裏，用水煮化，倒入盆中，待慢慢冷卻，就可以得到大塊的透明結晶。這種經過重結晶的芒硝由於純度高，所以“縱橫玲瓏，洞澈可愛”。
李時珍研究礦物之深入，有時使我們感到驚奇。如黑辰砂含汞較多，這樣有經濟價值的事情直至現代才有人指出，而《本草綱目》中早就記載了。李時珍這一發現是世界上最早的。
《本草綱目》對水質的研究也很細致、深入，他把水分成天水與地水兩大類。“天水”包括雨水、雪水等。從現代化學角度來看，雨水、雪水在一定程度上可以說是一種天然的蒸餾水，雜質較少。當時由於科學不發達，還沒有人造蒸餾水，但李時珍就已利用雨水、雪水等天然蒸餾水來供藥用了。他認為天水比地麵的水煎藥更好。露水也是一種天水。李時珍認為露水也可治病，柏樹葉子上的露，菖蒲葉上的露都有“明目”的作用。我們現在知道，這些露都含有該種植物的微量分泌物，有一定滅菌作用，所以李時珍的講法是有一定科學根據的。
“地水”包括一般地麵水。李時珍深知水質對人體健康的影響。他知道山區的大脖子病(現代醫學上叫甲狀腺腫大)是由於那兒的溪澗水質不好(現在講是缺碘)而引起的。就是同一種地水，由於水源不同，性質也不盡相同。例如井水有“遠從地脈”來的，有從“近處江湖”滲來的，有從“城市近溝渠汙水雜入”的。李時珍認為這三種水以第一種最好，第二種次之，有地表汙水滲入的井水水質最差。第三種水用時須先煎滾，等雜質沉澱後才可用，“否則氣味俱惡，不堪入藥食茶酒也”。這與現代水質評價的觀點是一致的。
其四，《本草綱目》刊行後引起了國內外的普遍重視，促進了醫藥學的發展。在李時珍革新思想的影響下，明清兩代醫學界研究本草的風氣甚濃。李時珍以後的本草著作很多，其中以清乾隆年間刊印的趙學敏的《本草綱目拾遺》較為著名。該書體例與《本草綱目》大致相同，共載藥921種，其中有716種是《本草綱目》未收載的新藥。繼《本草綱目拾遺》後，清道光末年吳其浚的《植物名實圖考》也有相當的學術價值。但這些著作無論在規模和學術價值上，都遠遠不及《本草綱目》。
明萬曆三十四年(1606)，《本草綱目》傳入日本。清乾隆四十八年(1783)由小野蘭山翻譯為《本草綱目譯說》，以後又介紹到朝鮮。清順治四年(1647)，有波蘭人將《本草綱目》譯為拉丁文，題名《中國植物誌》。此後《本草綱目》又先後被譯成法、德、英、俄等國文字，流傳於世界。在近代自然科學發展初期，《本草綱目》的傳入，對當時歐洲大陸的藥物學、植物學、化學、礦物學，都起了一定的影響。
《本草綱目》的成就是巨大的，但是由於李時珍受到曆史條件、當時總的科學發展水平的限製，因此對不少事物還不能作出正確的解釋。《本草綱目》總的傾向是反迷信的，可是也還夾雜了一些荒誕落後的迷信糟粕。例如把“寡婦床頭土”、“孝子衫”也列為藥品；相信懷孕者不可食兔肉，吃了會“令子缺唇”，等等。他否定了古人關於草子變魚的說法，卻又相信爛灰為蠅、腐草為螢之類的無稽之談。當然，這些缺點對於一部封建時代的科學著作來說，是難於避免、不足為奇的；這不過是白璧微瑕，決不能掩蓋《本草綱目》在科學上的傑出貢獻。
毛澤東同誌指出：“在中華民族的開化史上，有素稱發達的農業和手工業，有許多偉大的思想家、科學家、發明家、軍事家、文學家和藝術家，有豐富的文化典籍。”李時珍就是中華民族曆史上一位偉大的科學家；他的醫藥學巨著《本草綱目》就是聞名中外的一部文化典籍。
李時珍離開我們已經四個世紀了。解放以來，人民政府積極提倡祖國傳統的醫藥學，有關的研究、出版單位整理和刊行了大量的中醫醫藥學文獻，《本草綱目》相繼出版了影印本和排印本。許多學者寫了關於李時珍和《本草綱目》的論著。
我國醫藥學源遠流長，它曾為中華民族的繁衍昌盛作出過重要貢獻。在古代醫學史上，李時珍勤奮治學的動人事跡和他對醫藥科學的卓越貢獻，都是值得大事表彰的。李時珍把自己的一生獻給了科學，人民永遠紀念這位偉大的科學家。