至5月20日，瓦克德—薩爾米地區的日軍被全部消滅，盟軍得到了期望中的前進基地。從這些基地出發，日軍在新幾內亞西部的其餘機場和港口均處於盟軍戰鬥機保護下的中程轟炸機的航程之內。
瓦克德島戰鬥結束後，麥克阿瑟決定再次發動進攻，以他獨創的“蛙跳戰術”繼續向前推進，目標指向地理位置極為重要的比阿島。
他估計，比阿島上的日軍不會超過3000人，而事實上該島日軍近萬人。正是這一判斷的失誤，導致盟軍在攻克該島的過程中付出了沉重代價。
5月27日，由美第四十一師組成的“旋風特遣隊”發起攻占比阿島的作戰行動。此前，從瓦克德島新基地起飛的美軍飛機對預定登陸地域進行了轟炸。
在上陸前，支援登陸的海軍戰艦也對島上進行了炮擊。當美軍從比阿島南麵上陸時，並未遇到較強抵抗，部隊順利占領了灘頭。然而，日軍的戰術是將美軍誘入島內加以打擊。
他們在密林覆蓋且布滿蜂窩般洞穴的山頭上巧妙構築了防禦工事。當美軍從海灘向島上丘陵地帶前進時，遭到了在洞穴中防守的日軍的猛烈反擊，雙方遂展開了慘烈的爭奪戰，這次登陸最終演變成太平洋戰爭中最殘酷的戰鬥之一。
駐紮在塔威塔威島的日聯合艦隊司令部認為，美軍對比阿島發動的進攻
直接威脅著日軍的“阿”號作戰計劃，因為比阿島機場對於保持日軍在帕勞群島以南海域的空中優勢至關重要。6月3日，豐田副武派出一支部隊，企圖南下增援駐守比阿島日軍，後因
遭到盟軍飛機攔截被迫撤回。7日，他又派出“東京快車”驅逐艦發動進攻，但又被美國海軍逐回。情勢緊急，豐田決定派出一支大規模艦隊前去馳援，包括其兩艦超級戰
列艦“大和”號和“武藏”號。6月13日，當該艦隊接近新幾內亞時，中太平洋的盟軍部隊已開始進攻塞班島。為確保該島安全，豐田立即取消了馳援比阿島的計劃。
6月29日，在比阿島登陸的美軍經血戰殲滅了日軍主要抵抗力量，控製了該島，但肅清守軍殘餘的行動卻一直延續至8月份。此役美軍因傷病損失近萬人，日軍傷亡也達萬餘人。
為盡快結束新幾內亞戰役，進而逼近菲律賓群島，美國陸軍部加強了西南太平洋戰區的力量。美空軍第十三航空隊，美第十四軍及其麾下的第二十五、第三十七、第四十、第四十三、第九十三師，以及菲律賓第一、第二團相繼被編入麥克阿瑟的部隊之中。
這樣一來，麥克阿瑟的部隊增加到15個師，其中美軍師8個，澳大利亞師7個。此外，還有一支由3艘輕巡洋艦、27艘驅逐艦、30艘潛艇組成的海軍艦隊。
6月28日，被盟軍包圍在威瓦克地區的日第十八集團軍司令部及其屬下的3個師約40000人，向艾塔佩方向發起了最後的突圍行動。
麥克阿瑟立即調來了3個美軍師馳援，盟軍飛機也適時加入對日軍補給點與補給線的轟炸。在美軍的頑強防禦下，安達的部隊向艾塔佩的數次突圍均被擊退。
在損失萬餘人後，日軍突圍的嚐試歸於失敗。7月31日，麥克阿瑟的部隊從艾塔佩發動了一次雙重包圍，將安達的部隊切為三段。隨後，東西兩線盟軍相互協同，向被圍日軍發起了最後攻擊。
8月5日，被圍日軍大部被殲，隻有部分逃入內陸叢林地帶，並在那裏分
散襲擾直至戰爭結束。與此同時，西部盟軍仍繼續向前躍進。7月2日，在比阿島的激戰尚未結束之際，一支美軍部隊在靠近鳥頭半島
的諾埃姆富島登陸，並很快控製全島。7月7日，諾埃姆富島的日軍被肅清，美空軍又獲得一處前進基地。7月底，美軍開始攻打鳥頭半島，這是日軍在新幾內亞的最後一個據點。
為避開鳥頭半島的防禦支點馬諾克瓦裏，麥克阿瑟決定從半島西部發起攻擊，即從日軍疏於防守的奧帕瑪麗亞角附近的大陸和米德爾堡、阿姆斯特丹島的西北部登陸，然後再從奧帕瑪麗亞對桑薩波角進行對岸登陸。
這一行動將使麥克阿瑟的部隊再向西躍進300千米，相距菲律賓已不足1000千米。這樣，日軍在馬諾克瓦裏的據點已失去了作用，25000名駐軍被孤立，唯一可逃脫的南方路線是遍布沼澤和叢林的險阻地帶。
30日，美軍一個師在桑薩波角上陸，未遇到日軍抵抗，此舉標誌著麥克阿瑟發起的長期而艱苦的新幾內亞之戰的結束，從而為光複菲律賓群島創造了有利條件。