三、依法管理是為了保護合法宗教活動
江澤民同誌在2002年全國宗教會議上指出，要依法管理宗教事務。這是我們實行依法治國方略的必然要求。依法進行管理，就是要切實保障宗教信仰自由，保證正常宗教活動有序進行，保護宗教團體的合法權益，我國實行政教分離的原則，任何宗教都沒有超越憲法和法律的特權，都不能幹預國家行政、司法和教育等國家職能的實施。宗教方麵涉及國家利益和社會公共利益的事項和活動，必須納入依法管理的範圍。不能以宗教信仰自由和政教分離為借口，放棄或擺脫國家對宗教事務的管理。絕不允許恢複已被廢除的宗教封建特權和宗教壓迫剝削製度。絕不允許利用宗教反對黨的領導和社會主義製度，破壞國家統一和國內各民族之間的團結。絕不允許利用宗教損害國家和社會的利益，妨礙其他公民的合法權利。依法管理宗教事務的要旨，是保護合法，製止非法，抵製滲透，打擊犯罪。朱鎔基同誌也指出，要依法加強政府對宗教事務的管理。依法對宗教事務進行管理，是政府管理社會事務的重要職責，是建設社會主義法製國家的必然要求。要繼續推進宗教法製建設，進一步把對宗教事務的管理納入製度化、法製化的軌道。要堅持“保護合法、製止非法，抵製滲透、打擊犯罪”的原則。既要敢於管理，又要善於管理，努力提高依法管理宗教事務的水平。要全麵正確地貫徹黨的宗教政策，切實尊重和保護公民的宗教信仰自由權利。同時，要教育宗教界人士和信教群眾做遵紀守法的好公民，自覺遵守國家憲法、法律、法規和政策。
另外，也要正確理解宗教法規和宗教政策的關係。法律、法規同政策既有區別，又有聯係。黨的宗教政策雖然沒有像法律那樣具有強製力，但是它是廣大人民群眾根本利益的體現，同樣是調整社會關係的重要手段，是製定法律、法規的重要依據。沒有正確的政策觀念，就不可能有正確的法律觀念。離開黨的政策，既不能正確地製定法律，也不能正確地理解和運用法律。特別是在宗教法規尚不完備的情況下，黨的宗教政策仍然是對宗教事務進行管理的政策依據。依法對宗教事務進行管理，包括依據宗教政策進行管理。同時，要逐步把行使有效的宗教政策上升為法律、法規。
依法保護合法宗教活動，首先是依法保護宗教教職人員履行正常的教務活動。
宗教教職人員是指在某一宗教中擔任一定宗教職務並履行其職責的信仰宗教的公民。在我國，宗教教職人員主要是指佛教中的比丘、比丘尼、活佛、喇嘛、長老；道教中的道士、道姑；伊斯蘭教中的阿訇、毛拉、伊瑪目；天主教中的主教、神父、修士、修女；基督教中的主教、牧師、教師、長老等。這些宗教教職人員必須由依法成立的宗教團體或依法登記的寺觀教堂認定，並向政府宗教事務部門備案。隻有這樣，他們的合法權益，包括他們開展的正常的教務活動才能受法律保護。
要依法保護宗教團體和宗教活動場所的合法權益。
我國宗教團體是信教群眾自己的愛國組織。成立宗教團體，是信教公民的一種民主權利，受到法律保護。同時，如果濫用這種權利，也應受到法律的限製。宗教活動場所是信教公民集體進行宗教活動處所，也是宗教教職人員生活和履行正常教務的地方。合理安排宗教活動場所，保障宗教活動場所的合法權益，是落實黨的宗教政策，使宗教活動正常化的重要物質條件。宗教團體和宗教活動場所依法進行登記，既是完成一項法律手續，也是依法保護它們合法權益的重要措施，必須認真對待。切實保障宗教團體和宗教活動場所的合法權益，就必須堅決糾正侵犯其合法權益的種種行為。
境外敵對勢力利用宗教對我國進行的滲透，是指以顛覆中華人民共和國政權和社會主義製度，破壞祖國統一為目的的反動政治活動和宣傳，以控製我國宗教團體和宗教事務為目的的活動和宣傳，以及在我國境內非法建立和發展宗教組織和據點等行為。這種滲透，實質上是政治滲透，是國際敵對勢力對我國實施“西化”、“分化”戰略和顛覆活動的重要組成部分。滲透與反滲透、顛覆與反顛覆的鬥爭是長期的。對境外敵對勢力的滲透活動進行堅決的反對和抵製，是鞏固和發展我國安定團結政治局麵的需要，是順利進行改革開放和社會主義現代化建設的需要，也是我國各宗教堅持獨立自主自辦教會的需要。這是維護社會穩定、民族團結和扞衛社會主義製度的大事。因此，我們既要支持宗教界堅持獨立自主自辦教會的方針，發展同境外宗教界的友好往來，為改革開放服務，為維護世界和平作出貢獻；又要對境外敵對勢力利用宗教進行滲透保持高度警惕，采取有效措施進行防範和抵製。抵製境外敵對勢力滲透的根本途徑是“固本”，就是要堅持四項基本原則，堅持改革開放，把經濟建設搞上去，就是要處理好國內的宗教問題，做好宗教工作。在改革開放的形勢下，要進一步完善宗教方麵的對外交往的方針政策，製定有關法律法規，以積極的態度繼續開展宗教方麵的對外交往，使宗教方麵的對外交往朝著更加有利於國家利益的方向發展，把不利影響盡量限製到最小程度。