後來，出現了能和現實世界的孩子產生特殊聯係的數碼獸。能夠感受人類孩子的精神特質並急速的進化，還能驅逐數碼世界內過剩的闇之力，也就是所謂的『搭檔數碼獸』。“期望數碼世界安定者”創造了能將心的動靜傳達給數碼獸的傳達裝置神聖計劃，也製造了能夠將孩子們的精神特質增強的增幅裝置吊墜即徽章。(紋章的圖案則是直接使用示波器調查孩子們的心紋時出現的圖案)『人類之子』、『搭檔數碼獸』、『神聖計劃』、『徽章』靠著這些人、事物，數碼世界脫離了好幾次重大危機。啟示錄獸也是也是其中之一，不過當時的孩子們與搭檔數碼獸的人數不足，所以無法完全封印。為此，被選召孩子的『搭檔數碼獸』進化成了四聖獸，自願擔任起保護數碼世界的責任。而當時的數碼獸也創造了『數碼獸啟示錄』這樣的預言書遺留警喻後世那之後的現在，以支配數碼世界為目標的黑暗四天王，看到了『數碼獸啟示錄』。他們依照著裏麵啟示錄惡魔的劇本(計劃)，命令分子獸創造黑暗龍卷山的程序，另一方麵對四聖獸進行攻擊。啟示錄獸在這時趁虛而入，將思念跨過了“火牆”來到數碼世界，讓黑暗四天王在無意識間被植入了對「進化」否定的想法。黑暗四天王在直到最後也沒察覺到的狀況下，建設了『黑暗龍卷山』，破壞了創始村的機能，將數碼世界的「進化」給奪走了.
現實世界中，則好像被搬家到台場的嘉兒的八神家吸引一般，擁有光丘經曆的其它“被選召的孩子”的家族也全都搬家到禦台場附近。這些孩子們全都擁有著不一樣的精神特質，“期望數碼世界安定者”認為這或許並不是偶然。
知道黑暗四天王計劃的期望數碼世界安定者，吩咐『代理者』將有著『搭檔數碼獸』可能性的數碼蛋運到創始村並給予保護。這件事被黑暗四天王之一小醜獸察覺，所以搶先一步襲擊了『代理者』、將他們全滅掉。唯一存活下來的玄內搶了敵人的機械裝甲獸，將徽章和數碼蛋全都帶著逃走。這些數碼蛋，都對應著禦台場的『被選召的孩子』每個人。在這個時候，小醜獸在玄內的背後埋了顆暗之力凝聚而成的黑暗球。打算讓玄內就算逃脫了，也無法自由活動。逃脫過程中，因為不可抗力而在沙拔大陸神賦湖的上空掉落了一顆數碼蛋。這顆數碼蛋孵化、進化，並在長久的流浪中，逐漸忘掉自己的使命，最後被吸血魔獸撿走做部下。
玄內為了逃過追殺，將數碼蛋隱藏在當時還是冰河覆蓋的邊境之地法易路島後，再度離開。最後沙拔大陸的天賦湖底製造了結界，並老化自己來停止代謝機能、借此仰止黑暗球的增大(所以才會從青年變成老頭子)。
覆蓋著法易路島的冰河融化，開始成為充滿綠意盎然的生命之島。孵化的搭檔數碼獸們慢慢的等待著搭檔的到來。而與四聖獸的戰鬥漸漸取得上風的黑暗四天王，開始對數碼世界散布黑暗之力，並派遣了手下之一的惡魔獸過去法易路島。當增大的黑暗之力終於讓數碼世界的均衡逐漸崩毀的那一刻，神聖計劃為了迎接被選召的孩子，而往現實世界飛去了。