艇長六年來就一直待在那兒。他在等死，在等和同伴們團聚的那一刻，不再航行。直到他偶然看見一隻氣球的墜落，事情發生了變化。
工程師突然墜入大海時，穿著潛水服的尼摩艇長正在離海岸幾鏈遠的水下遊來遊去。善良的艇長救了賽勒斯·史密斯。
一開始，他本不想同這五個遇難者打交道。但是，因為火山活動導致玄武岩上升，他的避難港被封閉了，他無法穿過洞穴的入口。雖然那裏有足夠的水可讓一條小船穿過，但“鸚鵡螺號”卻不能穿過，因為它的吃水度相對要大得多。
尼摩艇長因此就留在那兒了。隨後，他觀察了一下這五個被拋到荒島上的可憐人。但他隻像個隱身人一樣，躲在他們身邊，不願意讓他們發現自己。慢慢地，當他發現他們誠實、正直、堅強，大家友好和睦、情同手足時，他便對他們產生了好感，也對他們的努力自救產生了興趣。並不是有意的，他也漸漸熟知了他們生活中所有的秘密。穿上潛水服，他就可以很容易地到達“花崗岩宮”內井的底部，再攀著岩石的突起，像攀岩一樣就升到了井口。他聽了這些人在講述過去，談論現在和未來。他從他們那裏聽到，為了廢除奴隸製，美國已發生了內戰，並為此付出了巨大的代價。是的，這些人在島上的表現是如此優秀，他們很自然地重新喚起艇長對人類的好感！艇長挽救了賽勒斯·史密斯的生命。也正是他，把狗帶回了“煙囪”；把托普拋出了湖麵；讓那隻箱子在“漂流物岬頭”擱淺，而裏麵裝了那麼多對這些人有用的東西，解了他們的燃眉之急；讓小船在“感恩河”中順流而下；當猴子發難時，把繩子從“花崗岩宮”高處扔下來；寫好信並裝在漂流瓶裏，讓他們得到了艾爾通在塔波爾島的消息；在水道深處布下水雷，炸掉雙桅橫帆船；送來硫酸奎寧，救活沒有希望的哈伯特。最後又是他，用那些電彈打死了罪犯們。他對電彈再熟悉不過了，懂得製造電彈的訣竅。平時他用它們在海底打獵。就這樣，許多神秘的、看似超自然的事件終於有了解釋，而它們全都證明了艇長的善良無私與無所不能。
不過，這位避世絕俗的人卻渴望行善，渴望幫助別人。此外，從自己的心跳中，他感覺到死神在步步逼近。他有許多忠告要告訴這些他曾經保護過的人。於是，他就像大家所知道的，通過那個電報，把大家們召來了……如果他知道賽勒斯·史密斯非常了解他的經曆，並且能用“尼摩”這個名字向他問候，他大概就不會這麼做了。
艇長把他的生平講完了。賽勒斯·史密斯開始說話了。他一一回憶他對他們所做的各種幫助，並以他自己和同伴們的名義，向他表示由衷的感謝。說完，工程師向他伸出了感激之手。
可尼摩艇長從沒想過要向他們索取回報。他還有最後一個心願讓他心神不寧。在握住工程師的手之前，他說：“先生，既然您這麼了解我的過去，那就來評判一下吧！”
賽勒斯·史密斯知道他指的是什麼事，但並沒有立即回答。
艇長的這句話，明顯是針對一個嚴重事件，而那三個碰巧被拋到他艇上的外國人，則是這一事件的目擊者。那位法國教授一定把這些描述在了自己的作品中，並且可能已引起了巨大的反響。
事情是這樣的，在教授及其兩位同伴逃走前幾天，“鸚鵡螺號”在大西洋北部被一艘驅逐艦追擊，“鸚鵡螺號”像一隻蠻橫的公牛向這驅逐艦撞去，並狠狠地將它撞入冰冷的大海中。
尼摩艇長激動地大聲說道：“先生，這是一艘英國驅逐艦，”現在，他又變成了達卡王子。“一艘英國驅逐艦，您聽清楚了！它攻擊我！把我驅趕在一個又窄又淺的小海灣裏！我得過去，所以……我過去了！把它撞沉了！”
隨後，他平靜下來，補充道：“我是主持公道和正義的，無論在什麼地方，隻要我能做和該做，我都要伸張正義、懲惡揚善。而隻要是正義的，是沒有罪的！”
然後，他沉默了片刻，又說：“先生們，你們怎麼看這件事？”
賽勒斯·史密斯握住艇長的手，低聲回答了他的問題：
“艇長，您的錯誤在於以為能重現過去，並同必要的進步作鬥爭。一些人會欣賞這種錯誤，而另一些人就會鞭撻，隻有上帝才能評判。但按道理講是應該獲得原諒的。有人行為的初衷是好的，但結果卻犯了錯誤。這種人雖然有錯，但值得大家的尊重。您就是這樣的人，犯了這樣的錯誤。您完全不用擔心曆史的評判。曆史雖然譴責魯莽勇敢的行為，但也喜歡這種行為。您放心，您的聲譽不會受到影響的。”
尼摩艇長的呼吸急促起來，胸脯起伏得厲害。他把手伸向了天空，喃喃地說：“我究竟是錯，還是對呢？”
賽勒斯·史密斯又說：“一切偉大的行為都可追溯到上帝，因為它們來自於上帝！尼摩艇長，我們這些正直的人，都是您曾經救助過的，我們會永遠感激您、懷念您的！”
哈伯特已走近了艇長。屈膝下跪，抓起他的手來親吻。
一行熱淚從艇長的眼裏流出。他說：“我的孩子，上帝會賜福於您！”
尼摩艇長的遺囑