在隨後的數百年，人類在經過不斷的修行中，出現了兩大奇人，他們就是元始天尊和通天教主。他們憑著過人的智慧和毅力，在一次機緣中得到盤古之心上遺留的圖形，創出了洛書。並根據洛書所示，領悟出了浩然正氣和幽暗魔氣的修煉法門，並分別建立起了闡教和劫教。
由於黃帝死後，作為首領必備的四大罡氣被封，人類失去了有力的領導者，成為一片散沙，對於此景，天尊和通天都有心入主；可是，雙方實力相當，又互不相讓；而兩人雖法力高強，卻無領導能力。最後，兩方便決定，每三十年替換一次，由已方挑選可擔重任之人。於是，人類進入了禪讓之製。
但雙方都沒想到，不死心的刑天一族，經曆數百年的修行，終於出了一個不世邪皇——夏；他憑借吸取曆代首領的怨靈邪氣，擁有了恒古至今最恐怖的力量；就算是元始天尊和通天教主聯手也敗於其手下，從而建立了新的政權夏朝。
不過，夏雖以舉世無敵，但怨靈邪氣一但反蝕，便會功力大減；於是，元始天尊和通天教主利用他反蝕之時，乘機打敗了他，並把他的元神封印到了九幽極域第七層；而經此一役，兩人也元氣大傷，閉關養傷，無心在理世間。
隨後數百年，商湯在闡劫兩教幫助之下，打敗了夏的後人，建立新的國度。而條件就是湯的後人各自拜入兩個門下，而繼承者就由這兩教中產生。於是，一時間兩教聲威重振；但由於闡教收徒嚴謹，修行艱苦，門下隻有昆侖七仙和少少數十個弟子；而劫教卻不分人、妖、正邪，一律都收，並且修行自任，一時間，群人、獸、妖等都紛紛入其門下，隻經過短短數十年便擁有了一島、三聖、五山、七十二洞數萬的教眾。
就在此時，元始天尊卻立生了一個驚天的想法，他結合七仙之力，在第七重天建造出了一個世界——封神界；用來封印魔氣的修行者，以淨化世間的魔氣；但是，由於在技術上出現致命的錯誤，導致了封神界不論正、魔之氣，都會被封入其中。更讓元始天尊沒想到的是，通天教主居然會用螯峰島撞擊昆侖山；最終的結果就是元始天尊和通天教主同歸於盡，元神盡散，昆侖五仙被封印、一仙死亡、一仙重創，三分之二的教眾被封印，餘下的不是死就是
傷；而劫教更慘，基本全部死亡，被封印的不過千分之一。就此，兩大創立了千餘年的大教就此消失了。
不過，這卻成就了另一個新的主宰，他就是由九重天中最純淨的純陽之氣孕育而出的三界中最強的帝王——玉皇大帝。玉帝憑著強大的力量打破了封神界，並從中挑出最強的真元，注放純陽真氣，誕生出了第一批神。並在第七重天建立起了天宮和新的製度。
修真者，煉成金丹後，便可接受地劫成為地仙，當金丹成為元嬰之後，便要經曆天劫後成為天仙，而妖，就要先曆經人劫之後方可。
天仙又分上、下兩仙。下仙主權職值人間事物，掌管一方發展；上仙長居天界，維持三界秩序和賞罰任命。上、下兩仙的關係就有如政府和地方之間的關係。
而九重天界分別為混陽界、重陽界、厲陽界、玄虛界、幻虛界、靈虛界、上清界、太清界和明清界，另外每重天又分八層。
混陽至厲陽界是為初飛升為仙之人洗淨凡間之氣，使凡胎成為仙胎以適應天庭。玄虛界為天門，一共分東南西北四門；東門為正門，可通世間任何一處，但隻有少數幾神或手執玉帝之令方能通過；南天門，天庭通往人間之門；西天門，通往西方異域的世界之門；北天門，通往冥界之門。
幻虛界、靈虛界為天仙居所；上清界，天庭所在，並且為天仙重臣居所；太清界，玉帝居所；明清界，兜率宮所在。
玉帝又封元始天尊之姐——瑤池聖母為西王母，並幫其重建了昆侖仙境，以掌管世間萬物的成長和變化。並解開了九天玄女的封印，創造出了四大帝星，以輪流下界成為人皇。
就在另一邊的九幽極域，第一層為陰靈域，這裏聚集著大量的陰氣，互相吞食；第二層，陰魂域：當陰氣到達一定之時，便會下沉至此而初據型體；第三層，陰魄域，當成型的陰魂不斷聚集成魄時，便會擁有意識到達此地。第四層，煉精域，經入此地的陰魄經過不斷的煉化將成為精魄，擁有固態之魄；第五層，煉血域，當精魄成型後，就會在此煉成實體；第六層，煉劫域，經此域後，陰氣便可修煉成仙，為鬼仙；自由於天地人之間；第七層以下分別為暗極域、幽極域和滅極域。故命思議，暗極域一片黑暗、無光無亮；幽極域，此處無暖無熱，凍結一切物體，而滅極域，至此的一切，都將被化為烏有。