人類起源之謎是一個能引起人類無盡遐想的話題。千百年來，諸多聲名顯赫的人物提出了許多驚世駭俗的理論，並言稱自己詮釋或揭示了人類起源的問題，例如神創論、外形起源論、大海起源論、化學進化論等。但是在人類智慧越來越強大的聚焦之下，很多假說都被推翻，最後人猿同祖論成為了主流學說。
1863年，英國博物學家托馬斯·赫胥黎出版了《人類在自然界的位置》，把人和靈長類動物的身體結構作了詳細的比較，由此證明人是猿類的近親，他提出了一個嶄新的觀點，即人是由古代的類人猿逐漸變化來的，或者說人是和猿從同一個祖先分支而來的。他是第一個提出“人猿同祖論”的科學家。
1871年，達爾文出版了《人類起源和性的選擇》，詳細列舉了人和動物在胚胎和身體構造上的一些相似之處，進而來論證人與動物的關係。他在書中還舉出一些在有的動物身上很發達卻在人的身上由於不再有用或用得很少而退化的肢體，如尾巴，來論證人類與動物的“血緣關係”。
達爾文提出的“人猿同祖”的觀點與基督教“上帝造人”的說法是對立的，因此便遭到了學術界落後勢力和基督教會的強烈反對。1860年6月，即達爾文的《物種起源》出版的次年，英國科學促進會在牛津召開會議，會上有3篇論文攻擊達爾文。當時達爾文沒有出席這次會議，他的好友赫胥黎參加了會議。由於主教根本不懂生物，但他依仗宗教的權威，提出：“按照達爾文的觀點，一切生物都起源於某種原始的菌類，那麼我們人類就跟蘑菇有血緣關係了。”然後，他又惡毒地攻擊赫胥黎道：“請問，按照他的關於人是從猴子傳下來的信念，那麼跟猴子發生關係的究竟是你的祖父一方，還是祖母一方？”
幸好現代科學的發展幫助了科學家，他們可以使用各種新方法與新技術來界定人類、猿類和猴子三者之間的關係。他們得出的結論是：黑猩猩與人類的關係最近，它們和人類是共同的祖先，但從700萬年前開始分化開來；再往前200萬年，大猩猩又從那時的共同祖先分化出去；其他的猿類在時間上和親緣關係上，就更早地與人類分化了。
原始人是何時何地轉化為真人的達爾文創立生物進化論後，多數人已經接受了這種理論，即現代人和現代類人猿有著共同的祖先。但人類這一支係是何時何地從共同祖先這一總幹上分離開來的？什麼是它分離開的標誌？原始人類又是何時何地轉化為真人的？……
對於這些難解的謎題，古人類學家也一直在努力尋找正確的回答。多數古人類學家認為：真人是以製造工具為標誌，真人出現以前的人類祖先被科學家們稱之為“前人”。直立是前人從人猿共祖主幹上分離的形態學標誌，他從主幹分離的地區可謂人類最早的搖籃。真人不斷演化發展，最後成為現代人，同時形成現代不同的人種，這個進化過程完成的地區便是人類演化最後的搖籃。
在探索人類起源時首先要確立一個前提，即人類是一個生物物種，他隻能有一個祖先，不可能有多個祖先。不能說黑人有一個祖先，而白人又有另一個祖先。因為不同的物種之間雖能婚配，卻不能生育後代，隻有同種能育。如果我們主張人類多祖論，就會在生物學上犯常識性的錯誤，現在已證實了人類多祖或多元論是違背科學常理的。而日新月異的科技發展為人們了解自身起源的奧秘打開了一條新的途徑。分子生物學特別是分子人類學的發展，不僅從微觀分子水平上展示了人與其他靈長類動物特別是與大猿類密切的血緣關係，而且依據遺傳物質的變異度可以推算出它們分化的大致時間跨度。原先認為人和猿分離的時間大約為距今2000萬。2500萬年前之間，而通過分子生物學方法的推算隻在距今400萬。500萬年前之間。
那麼，人類從人猿主幹上分離，究竟發生在哪一地區？是在非洲，然後走進亞洲，還是開始就在亞洲？
爭議不斷的人類起源地
到目前為止，影響最廣泛的就是非洲起源說，即人猿分離最早從非洲開始。
“非洲是人類的搖籃”，首先是由達爾文提出來的。他在1871年出版的《人類起源與性的選擇》一書中作了大膽的推測。另一位進化論者海格爾則早在1863年發表的《自然創造史》一書中主張人類起源於南亞，還繪圖表示現今各人種由南亞中心向外遷移的途徑。此外，還有中亞說、北亞說以及歐洲說。由於人類的搖籃隨人類化石的不斷出土發現，而搖擺於世界各大洲。
歐洲也一度被認為是人類的發源地。從1823年到1925年就有116個個體骸骨被發現，其中包括猿人階段的海德堡人。而新石器時代的人骨發現更多，有236起。
因此，人們打開地圖一看，歐洲布滿了古人類的遺址。而當時除了爪哇猿人以外，在亞洲其他地區和非洲還沒有找到過古人類遺址。還有，最早發現的古猿化石也出土於歐洲，即1856年在法國發現的林猿化石。加上20世紀20年代“辟爾當人”的騙局喧囂一時（辟爾當人被有些學者看做是最早的人，甚至稱其為“曙人”。最後被揭露，所謂“曙人”隻不過是將一個新石器時代的人頭骨和一個現代猿類的下頜骨湊合起來的假品），所以當時許多人認為人類起源的中心是在西歐。但隨著亞非兩大洲更多人類化石的發現，人類搖籃歐洲說才逐漸退出了舞台。
1887年，荷蘭解剖學家杜布哇，抱著尋找早期人類化石遺骸的熱望，來到印度尼西亞的爪哇島，居然找到了原始人的化石。1890年，在一個名叫垂尼爾的地方，先是找到下頜殘片，次年又發現一具頭蓋骨，這就是著名的“爪哇人”第一號頭蓋骨。1892年，又在不遠處找到一根大腿骨。杜布哇研究了這些材料後，認為它們屬於同一個體，而且正是人們要尋找的人與猿之間的“缺環”。而到了1927年，中國發現“北京人”化石，之後相繼發現了“北京人”製作和使用的工具以及用火遺跡。“北京人”的發現引起了巨大轟動，也使中亞起源說更加風靡一時。
1911年，加拿大裔美籍古生物學家馬修·威廉迪勒在《氣候和演化》一書中，列舉種種理由論證中亞高原是人類的搖籃。其理由，一是中亞因喜馬拉雅山的崛起，致使自然環境變得不適宜生存，但對動物演化來說，受刺激產生的反應最有益處，所以這些外界刺激可以促進人類的形成；二是哺乳動物的遷徙規律常常是最不進步的類型被排斥到散布中心之外，而最強盛的類型則留在發源地附近繼續發展，因此在離老家比較遠的地區反而能發現最原始的人類。當時發現的早期人類化石如海德堡人和爪哇直立猿人，與這一假說正好吻合。