不過，有專家認為這是對尼安德特人的誤解。因為尼安德特人曾非常成功地麵對氣候挑戰的時間至少有20萬年。比延續至今的現代智人還要長12.5萬-15萬年。
另一種看法是，尼安德特人是一個與現代人類完全不同的物種，現代人類進入他們的領地後，很快就將他們消滅了。
在另一項研究中，科學家利用改良型年代測定技術發現，4萬多年前，現代人類進入歐洲大陸後，尼安德特人沒有迅速消失，而是繼續存在了近1.5萬年，根本不是“閃電戰”理論設想的那樣——現代人類迅速取代了尼安德特人。
有學者認為，尼安德特人未必被智人滅絕，反而可能因為遺傳上居於劣勢，所以都被現代人同化。尼安德特人究竟下落如何，眾說紛紜，人類曆史上留下的記載和證據也寥寥無幾。
中國“古人類”挑戰非洲起源論
人類非洲起源說雖然獲得了很多學者的認同，但也並沒有蓋棺定論，它還要麵臨很多挑戰。比如我國在近半個世紀也發現了大量有關人類演化的化石材料，中國學者正在積極建構中國古人類的演化體係，以挑戰非洲起源論。
自20世紀50年代在雲南開遠發現古猿以來，70年代和80年代在雲南祿豐和元謀又相繼發現古猿化石，可分大小兩種類型。有些學者認為大型者可謂西瓦猿型，小型者屬拉瑪猿型。拉瑪猿作為人類遠祖的論點其時在我國風行一時，所以有的學者認為人類遠祖已在中國找到，便將小型古猿命名為“中國古猿”。20世紀60年代，陝西蘭田公主嶺和雲南元謀大那烏發現了直立人類型的藍田人和元謀人，他們距今超出100萬年，後者甚至達到170萬年，成為目前已知中國境內最早的類人化石。但遺憾的是，元謀人化石目前僅限於兩枚上內側門齒，以及年代稍晚的一段脛骨，而在非洲發現的年代大致相同的卻有完整的骨架。
自1985年起，在四川巫山縣龍骨坡出土了一批早更新世哺乳動物化石，其中包含像人的一枚門齒和一段下頜殘塊，同時還宣稱出土了有人工痕跡的石製品。一開始它們被部分學者鑒定為直立人型，後來國外學者介入，認為與直立人形態差異大，而與非洲的“能人”和“匠人”相近，並進一步測定了其年代為距今180萬年以前，甚至超過200萬年。20世紀80年代，我國有些學者在發掘和研究元謀西猿時，將之定名為“東方人”，並將其生存年代定在距今250萬年前。而在同一地區的蝴蝶梁子發現的一具幼年頭骨，鑒定為拉瑪猿型，認為是人類的祖先，後來宣稱在地層中也找到了“石器”，將之更名為“蝴蝶人”，其生存年代定為距今400多萬年前，並進而構築了“開遠拉瑪猿”——“祿豐拉瑪猿”——“蝴蝶拉瑪猿”（或“蝴蝶人”）——“東方人”——元謀猿人——昭通人（智人的早期代表）——西疇人、麗江人（智人的晚期代表）等相當完整的係列。鑒於此，有人提出滇中高原及其鄰區是人類起源的關鍵地區。但遺憾的是，早在20世紀70年代後期，學術界已拋棄拉瑪猿是人類遠祖的觀點。後經研究，所謂“蝴蝶人”的“石器”原來是天然石塊；而“東方人”的石器，後來被證明是地表上揀來的，而且時代甚晚。
20世紀90年代，非洲出土大量早期人化石，並且這些化石構成了一個相當完整的演化體係，而亞洲地區出土的化石很難與它相提並論。古人類學的研究還表明：“東非能人”具有較大的軀體和較重的腦量，不僅已能製造工具，很可能還有較緊密的群體關係。加上古氣候的變化，引起生態環境的變化和哺乳動物的遷移，由此帶動了古人類群的遷徙。這些研究成果在20世紀90年代後期彙成“走出非洲”的假說。以色列的烏貝蒂亞、格魯吉亞的德瑪尼西、巴基斯坦的伯比山以及我國的“巫山人”諸遺址，均被看做是早期人類遷徙途中的遺跡。
我國的古環境條件還不錯，已發現了豐富的中新世和上新世的古猿化石，但中國要挑戰非洲起源論，就必須找出更多的早期人類化石，而且這些化石能建立一個比較完整的體係，使得非洲材料從屬於這個體係才行。
人類是否仍然在進化
人類有許多優越於其他動物的地方，比如人類可以自主地使用避孕用品來有效控製生育數量，發明了維持生命和延緩死亡的藥物，有改造自己DNA的潛J。因此有些人便認為人類已經擺脫了進化的控製，而這個觀點是錯誤的。
進化建立在兩個基礎之上：可遺傳的變異和選擇。顯然，人類個體千差萬別，而形成差異的原因是基因突變。時至今日，基因突變仍然在以與整個進化過程相同的速度進行著。但選擇呢？看起來，我們似乎已經擺脫了自然選擇，適者生存和繁衍的法則已經不複存在。現代醫藥能幫助人們克服疾病和足以致死的傷勢。計劃生育和繁殖技術令繁殖成為可選擇的問題，而不再是一種順應自然的特征。
但人工選擇——人們通常將其與動植物的馴化聯係在一起。顯然，我們沒有像祖先設法培育高產小麥那樣，係統化地引導自身基因組的進化，但也有類似之處：很多人類特征的存在隻是因為我們人為地選擇了它們。例如，眼鏡的發明令近視眼增加，乳品業的發展令很多成年人有了消化乳糖的能力。在此過程中，其他力量也在起作用——人們正在改變環境和氣候，使世界充滿了汙染物，為新疾病的產生創造了條件——這些變化幾乎毫無疑問地會推動人類進化。
盡管我們可能認為基因技術會賦予我們具有控製未來的能力，但它其實會把人類進化推向未知的方向，認為我們能朝某個特定方向改造自身基因組的想法是狂妄的。我們對自己的基因如何相互作用所知道的會非常少，以至於任何改造精子或卵子的嚐試都很可能導致難以預料的結果。目前所能肯定的是，人類的基因庫正在改變，而且其速度之快也是前所未有的。但進化會帶我們走向何方？未來的人是否永遠和現在一樣？仍需要科學家們進一步研究探討。