在眾多的自然之謎中，不明飛行物是一個最大的謎，它最使人感到神秘莫測，因而億萬人對它產生了濃厚的興趣。可是，30多年來，UFO問題不僅沒有明朗化，反而被搞得混亂不堪。雖然越來越多的人相信部分UFO是外星人的飛碟，但正統的科學界（包括絕大多數科學家）和各國政府（法國等除外）卻否認飛碟的存在，認為UFO無非是一些探空氣球、流星、虛無縹緲的幻影或未知大氣物理現象。的確，限於目擊者的知識水平，大部分目擊事件是把飛機、氣球等當成了飛碟，有些確實是一些未知的大氣物理現象，如地光等。1997年的8月初，美國的一家報紙曾發表文章稱：在50年代出現的大量UFO現象，其實是美國軍方進行的秘密實驗。此話一出，引起世界的一陣嘩然。雖然如此，但美國軍方並沒有站出來證實這一點。除此之外，也確有相當一部分UFO是無法解釋的，其中不少是科學家和飛行員目擊的，難道一個天文學家能把一顆流星當作飛碟？難道飛機上所有人員都同時產生幻影嗎？
UFO的一個特點是無法在實驗室研究，也無任何公式可用，連確切的證據都沒有。這正是它不為正統科學界承認的一個重要原因。人們習慣於借助電子和光學等等儀器提供數據，用公式演算分析去驗證一個發現。但研究UFO，卻無任何儀器可用，也無法演算，因而它很難讓人接受。一架飛機在我們頭頂飛過後，我們可以繼續知道它在哪裏，在它飛行方向的下一個地方，人們也會看到飛機。但曾經是一個固態和有形的UFO，昨晚幹擾了汽車、飛機以後，現在卻不知去向。在它消失的方向上可能再也沒有人看到它，監視整個地區的雷達、紅外探測器也沒有發現它。事實上，它從現實中消失了。可見，對UFO的研究，同目前的傳統科學有很大的差別。同時，由於一批狂熱的UFO主義者常常誇大其詞，甚至弄虛作假，憑空杜撰與不明飛行物接觸的事件，偽造UFO照片，結果使UFO研究聲譽大跌，使大部分科學家對UFO現象產生反感，他們既無興趣也無時間去進行研究。在這種情況下，就很容易得出UFO根本不存在的結論。
UFO否定論者往往是用現有的科學法則來否定UFO現象的。如大氣中不可能有飛碟那樣高的速度，否則就要產生衝擊波、這麼大的加速度會把任何東西壓碎、飛碟那麼小，若是從別的星係飛來的，它的燃料放在什麼地方？等等。他們還往往把愛因斯坦的相對論搬出來，指責不明飛行物不按科學規律行事。如果籠統地問，愛因斯坦的相對論絕對正確嗎？可能人人都會持否定態度，但在具體問題上，他們又不那樣認為了。現在，人們正在努力研究統一場理論和白洞問題，也有越來越多的人傾向於可瞬時完成宇宙航行的理論，起碼不需要原來認為的那麼多時間。UFO否定論者曾嘲笑說：對於UFO研究者來說，隻要有解決不了的問題存在，那就需要修改現代科學的理論。
英國飛碟研究協會曾就這個問題對所收集的飛碟資料中有關飛碟的特征加以分類、比較和研究，結果認為，傳說中那種神話般的飛碟現象是不存在的。現在看來飛碟不是什麼天外技術的具體表現形式，可能是發生在地球上的一種自然現象。它的出現與地理條件關係密切，有可能是一種不明大氣現象。例如，某些材料中談到的一種飛碟呈卵形，直徑1-3米，繞主軸旋轉，接近地麵並發出大麵積電磁輻射就屬於這一類。現在科學家利用一定手段已能證實它的存在，並把它命名為不明大氣現象，以便與可能存在的飛碟相區別。
總之，飛碟現象是值得探討的，它是一門值得研究的科學。
當然，科學界仍對UFO的存在產生懷疑。但觀察事實卻引出了地外宇宙飛船的假說。美國聲望很高的UFO學者J·哈依內克博士曾是一位有力的否定論者，但他接觸了大量的目擊報告和目擊者後改變了態度。他曾擔任過從大學天文係教授到天文台台長等一係列科學職務。1976年，他在伊利諾州UFO研究中心麵對采訪記者時說：對這樣的資料假裝不知，甚至否定目擊者的人格，這是科學家的良心所不允許的。輕視與無視決不是科學方法的一部分。
UFO存在與否，在科學界還會有長期的爭論。