作為東陵區域內最為強大的帝國，經過多年的檢驗和實踐，蒙國已然建立起一套較為完整的軍政體係結構。
按照行政職能劃分，蒙高祖將蒙國劃分為帝都行政機構和地方行政機構。
帝都，位於蒙國版圖中央偏東南區域，方圓約三十裏，為帝都外城。外城中央方圓約九裏區域，為帝都內城。
地方，則是根據疆域地勢以及曆史劃分，將蒙國疆域劃分為十三個行政區域，簡稱帝國十三郡。
帝都東部區域包含遼東郡、清風郡、九江郡、泗水郡四郡。遼東郡位於蒙國疆域版圖的最東邊，與魯國接壤，清風郡位於遼東郡西北角，其西部與泗水郡隔泗水江相望，南部與九江郡接壤。
帝都南部區域包含南陽郡、巴蜀郡、潁川郡和中山郡四郡。南陽郡處於帝都的正南方，其西南部與潁川郡接壤，東南則與中山郡接壤。巴蜀郡則位於蒙國疆域版圖的最南方，與吳國隔著吳江遙相相望。
帝都西部區域包含上穀郡和琅琊郡，上穀郡地處蒙國疆域的西南角，其東邊與潁川、巴蜀兩郡接壤，北靠琅琊郡。琅琊郡疆域遼闊，約有四個上穀郡大小，其西部是眾多的土著部落聚集地，北部則是一望無垠的漠北草原。
帝都北部區域包含斜陽郡、隴北郡和平原郡三郡。帝都以北行走約十裏，則可跨入斜陽郡地界，其東北方向與隴北郡接壤，平原郡位於蒙國疆域版圖的最北方，其疆域內擁有很豐富的水草資源，因此經常會受到北方狼騎軍的騷擾。
按照行政職能劃分，郡，向下劃分為府；府，向下劃分為縣。縣是蒙國最小一級的行政單位，擁有地方所有行政管理權限，每個縣擁有一定的兵權，士兵的數量受到帝國限製。為了方便管理，根據各個地方的不同，縣又劃分為鎮、村、鄉等次級行政區域，這些區域隻是為了方便管理，擁有部分行政管理權，沒有兵權和某些特定的權力，因此不能算作蒙國的行政單位。
建國初期，蒙高祖為了防止國家權力過於集中在一人，避免出現“隻手遮天”的局麵，本著“相互製衡、協同發展”的基本原則，結合國內實際情況，製定了一套行之有效的官職體係。經過多年的發展和完善，最終形成了“中央集權，地方分治”的官職格局。
帝都官職主要按照三公六部製進行劃分。
三公指在最高統治者下設丞相、元帥、禦史大夫三職，是帝國的中樞權力機構。
丞相主管行政，是官僚機構中的最高官職，秉承君主旨意，綜理全國政務。建國初期，蒙國隻設一個丞相，俗稱大丞相，後帝國統治者為了防止行政權過於集中在丞相手中，遂將丞相一職改為左右兩個丞相。右相專門管理國事，左相則是皇帝的“私人顧問”，不需要管理國事，但左相擁有對右相處事的質疑權。當左右丞相分歧過大，不能協調處理，則由最高統治者進行裁決。丞相府是丞相日常處理事務的場所，百姓為了區分兩位丞相，稱之為左相府和右相府。
元帥掌控軍事，是輔佐皇帝的最高武官。元帥曆來隻由一人擔任，是帝國最高統治者絕對能夠信任的對象。當世存在兩個元帥，分別是年事已高、已退位在野的開國元帥衛元帥和現任元帥鄒元帥。為了防止元帥的軍權過於集中，避免個人軍權對皇權構成威脅，蒙高祖將元帥一職定位於“戰略製定”和“全局統籌”。因此，和平時期，元帥其實並沒有擁有實際軍權；隻有戰爭時期，元帥才會擁有統籌調度軍隊的權力，擔任軍隊的最高指揮官，指揮將軍和士兵們進行戰爭。元帥，長期坐鎮元帥府，戰爭時期，元帥才會前往前線指揮作戰。
禦史大夫負責監察，同時輔佐左相。職責範圍包括：執掌群臣奏章，代皇帝起草詔令，下達皇帝詔令，接受皇帝的差遣出使，負責對百官進行監察和糾劾。其行政處事機構為禦史府。
六部是指根據職能的不同，將帝國大多數文武百官職位，劃分為六大部門：吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部
吏部，管官吏任免、考核、升降等事；
戶部，管土地戶口、賦稅財政等事；
禮部，管典禮、科舉、學院、祭祀等事；
兵部，管征兵入伍、軍隊賞罰、戰爭糧草等事；
刑部，管法律製定、司法審判、牢刑獄罰等事；
工部，管工程營造、屯田水利等事；
各部長官為尚書，副職為侍郎。下設郎中，副職稱員外郎，下屬官員有主事等。
蒙國的地方最高官職是郡守。郡守之下為知府，知府之下為知縣。至於更次一級的鎮長、村長、鄉長，則是為了便於管理而設的虛職，並不隸屬於蒙國正式的官職製度。