一路上，李時珍搜集了不少民間的單方，治病的草藥。特別是流傳在民間的一些順口溜，李時珍很感興趣。“穿山甲、王不留，婦人吃了乳長留。”這是指這兩種藥材有發奶的功效。“檳榔浮留，可以忘憂”，指的是這兩種藥材有使神經興奮的功效。“七葉一枝花，深山是我家，癰疽若遇者，一似手擒拿。”說明了“蚤體”（七葉一枝花）這種藥材的產地和解毒的功效。李時珍把這些順口溜記在筆記本上，如獲至寶，心想一定要把這些民間流傳的藥方記下來，修新“本草”時加進去。
可是，李時珍還不能馬上實現周遊四方的願望。他從京城回家以後，看到老父病重不起，便不忍心離家遠行。於是，李時珍決定留在家中，侍奉父親。
李時珍把家從瓦硝壩遷到雨湖北岸的紅花園。在這裏，可以看到雨湖的一角，四周環境幽靜，景色秀麗。這裏既適合父親養病，又適合於自己專心寫書。這時，李時珍的大兒子建中，按祖父的安排正在攻讀詩書，已考中秀才。二兒子建元，三兒子建方隨李時珍學醫，小兒子建木正在讀書。他從雨湖中引水為池，栽花為苑，修起了一座幽雅而古樸的庭院。推開窗戶就能看見雨湖碧綠清澈的湖水，望見湖上飄蕩的點點漁帆，聽到悠揚的漁歌和水鳥的歡叫。李時珍引用了《詩經》裏“考槃在阿，碩人之道”（碩人為盛德之人，為寬厚的意思，即具有高尚道德的人）兩句詩的意思，在自己的門前提了“菝碩館”三個大字。同時，給自己取了個別名叫“涉湖山人”，抒發無官一身輕，專心致誌地研究醫藥學的心情。
為了支持兒子幹一番偉大的事業，李月池把自己多年積累的大量資料和幾十卷著作，交給了李時珍，還抱病與兒子一起探討醫學、中藥學的各類問題，審閱兒子的著作。李時珍也精心照料父親，使父親的病開始好轉。在此期間，他完成了《瀕湖醫案》、《三焦客難》、《命門考》、《五藏圖論》、《瀕湖脈學》、《奇經八脈考》等著作。這些著作都凝聚著父子之間深厚的情誼。比如，《瀕湖脈學》就是李時珍在父親著作《醫學八脈法》、《四診發明》的基礎上寫成的。
脈學，從《內經》開創以來，曆代都有論述。東漢張仲景對評脈的辨證論述，散見各篇，沒有成為專著。西晉的王叔和著有脈經十卷，因時代長遠，散失太多，到《舊唐誌》記載隻有兩卷。五代人高陽生，假托王叔和之名，著《脈訣》，然而錯誤不少，謬種流傳。而李時珍本著“漁獵群書，搜羅百代”的治學精神，除廣搜經典外，還涉獵上自太倉、啟玄、叔和之學，下至唐宋金元名流之著，曆代脈學著作達48家之多。在這個基礎上就簡，寫成了集大成的脈學著作《瀕湖脈學》。第一次以二十七脈“歌訣”及“四言舉要”，解決了通俗切用的問題，並徹底改正了《脈訣》的謬誤。
《瀕湖脈學》全書僅二萬多字，然而字字斟酌，深人淺出，以脈論醫，明理切用，音韻諧調，易讀易記。所以風行天下，成為後世脈學的指南，我們今天全國中醫藥院校的脈學教材，也大多取材於此。
在這個期間，李時珍還寫了《命門考》、《奇經八脈考》等著作，這是他多年來讀書思考的智慧的結晶，也是他練吐納、導引之術的成果。
李時珍從青年時代起，堅持習練吐納、導引之術。後來，在武昌楚王府當奉正時，他又常去蛇山觀音閣，與一高僧切磋練內功之法，還按照唐代孫思邈介紹的方法習練過。與此同時，他對《內經》、《抱樸子》、《千金要方》等古籍，以及藥王廟中的針灸銅人進行了深人地研究。
李時珍在《奇經八脈考》中說：“內境隧道，唯反觀者能照察之。”這裏所說的“內境隧道”，就是指人體的脈絡，是元氣運行的路線。現代醫學大都運用解剖的方法，而這種方法是無法見到人體的經絡、元氣的。隻有通過習練吐納、導引之術的人，才能對自身活體有直覺體驗。因為載有生命的活體，才有元氣的運行，才有元氣運行的經絡現象的存在。
經絡是人體內經脈和絡脈的總稱。凡是直行幹線，都叫做經脈，而從經脈分出來的網絡身體各部分的支脈，叫做絡脈。經脈是人體內運行氣血、聯係體內各部分的主要幹線。經脈分為正經和奇經。正經（又叫十二經脈）是體內氣血運行的主要通路，有十二經，每一經脈都和體內一定的髒腑直接聯係，而在各經脈相互之間又有表裏配合的關係。奇經有八條經脈，它們沒有和髒腑直接聯係，他們之間也沒有表裏配合，它是調節氣血運行的一些特殊通路，在功能上起到補充十二經脈不足的作用。李時珍的《奇經八脈考》一書，不僅對奇經八脈的分布、循行作了係統整理，而且補充了某些奇經的選穴範圍。既揭示出“不離乎陰陽營衛虛實之;理”的奇經生理、病理，又確立了八脈病症辨證施治的基本雛形。同時指出，奇經八脈在生理上不是孤立存在的，而是與人體髒腑經絡、營衛氣血生息相關、不容割裂的統一整體。李時珍的《奇經八脈考》為經絡學說、臨床治療學做出了很大的貢獻。