(三）《本草綱目》的正文內容
李時珍把所收錄的1892種藥物共分成16個部分；每部又細分成若幹類，共60類；各類之下再分別列出所屬的藥物名稱；對每種藥物又按“釋名”、“集解”、“修治”、“氣味”、“主治”、“發明”、“正誤”、“附方”等八個方麵加以解說。
“釋名”：解釋各種藥物的名稱來由，並且列出該種藥物的別名。例如，白頭翁又名野丈人，那是由於白頭翁“近根處有白茸，狀似白頭老翁”而得名的；再如，夏枯草又名鐵色草，是由於“此草夏至後即枯”而起名的；遠誌又叫細草，李時珍認為“此草服之能益智強誌，故有遠誌之稱”，等等。
“集解”：專門介紹藥物產地、形態、采集等。例如夏枯草，“原野間甚多，苗高一、二尺許，其莖微方”，“開淡紫色小花”，花謝了以後就結出細小的種子。李時珍還指出了元朝的大醫學家朱丹溪觀察事物不夠細致，因為朱氏曾講夏枯草是不結種子的。
“修治”：介紹藥物加工炮製的方法。中藥炮製是我國一門獨特的傳統製藥技術，藥材經過炮製加工可以降低毒性，提高臨床療效。李時珍十分注意研究各種藥物的加工炮製方法，除了引證諸家學說，綜述古來記載外，還特別重視調查當代的經驗，提出自己的看法。
石膏，古來隻把它“打碎如豆大”，然後用絲綢包好就直接入湯藥了。石膏性寒，會影響腸胃的功能。李時珍認為近年來人們都先用火來煆燒，或用糖拌炒後再人藥，這種方法好，因為經過製作的石膏不會影響腸胃的功能了。
同一種藥，炮炙方法不一樣，加人的輔料不同，療效就會有差別。黃連味很苦，可以瀉火解毒，是治療眼病、痢疾等許多疾病的重要藥物。古來處理黃連，僅以布擦去須根，用水浸泡一下，取出後切片、焙幹，就供藥用了。李時珍認為根據病情不同，應該有不同的加工炮製方法：可以不加任何炮製而生用，也可以按照需要分別用豬的膽汁浸炒、醋炒、酒炒、薑汁炒、鹽水炒、樸硝炒、黃土炒，然後再使用，這樣可以增加療效。例如，用來治上焦（身體上部）的病，就可以先用酒炒；治中焦（身體中部）的病，就用薑汁炒；治下焦（身體下部）的病就用鹽水和樸硝炒；黃連治食積，最好是用黃土炒後再入藥。
“氣味”:上古時對藥物與食物還分不太清楚。最古的本草書《神農本草》中所列的上品藥就有許多是今天常用的食品。隨著醫學日益發達，本草才逐漸分為食用本草和藥用本草。明代編寫的《食物本草》、《食鑒本草》都是典型的食用本草，而《本草綱目》基本上屬於藥用本草。由於藥用本草和食用本草本來是一家，所以藥用本草仍沿用了“氣味”這個詞。在《本草綱目》中，氣味指甘苦鹹酸澀，寒溫涼平（平指不寒不溫），有毒無毒等特性。如甘草，甘平無毒。
“主治列舉這種藥物治療的主要病症。例如：五味子可治瀉痢，生津止渴；白芨可以治癰腫惡瘡、白癬、瘧疾、跌撲損傷等。李時珍在這一欄中所列內容雖豐富，資料卻比較龐雜。
“發明”：記錄了李時珍和曆代醫家對一些藥物研究的心得體會。例如黃連，李時珍引述了曆代名家對黃連藥理作用的一些不同的看法，最後得出了自己的結論：黃連雖無毒，但性質太寒，所以不宜長久服用。
“正誤”：糾正過去本草書中的一些錯誤。例如前麵提到的，舊本草誤認萎蕤是一物。李時珍就在《本草綱目》所載萎蕤的“正誤”欄下指出了這種錯誤。
“附方”專門收錄以該種藥物為主的經驗藥方。中醫的處方是很有講究的，一種藥配方不同，功效也就不同。隻講藥，那就隻能孤立地了解一味藥，沒有藥方，或方劑組合得不合適，藥也就不能夠發揮作用。有了好的藥方，才能把藥物與臨床實踐緊密地結合起來。《本草綱目》共收載了曆代經驗藥方11096個，其中8160個是李時珍親手收集的，約占全部的附方四分之三。