有一次，李時珍在路上看到四個人抬著一口棺材往前走，鮮紅的血從棺材縫裏滴出來，後麵跟著一個哭得死去活來的老婆婆。李時珍急忙趕上去詢問是怎麼回事兒。
老婆婆回答說：死的是我的獨生女兒，有幾個時辰了。難產折騰了兩天兩夜，孩子沒生下來，倒把命送掉了。
李時珍說：打開棺材，讓我看一看。他從流出來的血推斷，可能還有希望。
於是，大家動手，把棺蓋打開。李時珍一看，那婦人臉沒有一點兒血色，仔細摸了摸脈，有一點微弱的脈息，於是他選好穴位，給病人紮針。在紮針時還使用了特殊的撚針手法。不一會兒，一個胖娃娃“哇”地一聲生了下來，產婦也睜開了雙眼。李時珍把身邊帶的藥拿出來，在附近的人家要了點水，給產婦灌了下去。不一會兒，產婦蘇醒過來。大家見李時珍救活了兩條命，都稱讚他是神醫。
這個孩子的父親叫胡應龍，是個有名的富商，他請李時珍到他家中。胡應龍看過李時珍《本草綱目》的手抄本，便問李時珍此書刊刻出來沒有。李時珍便將幾年中遇到的酸甜苦辣向他傾吐了。胡應龍立即許諾，全部刊刻費用由他讚助。李時珍大喜。
公元1590年（明萬曆十八年），《本草綱目》在胡應龍的支持下開始刻版。190萬言的巨著，1000多幅插圖，在當時的條件下，是要花不少時間的。刻版工作一直進行了3年。公元1593年（明萬曆二十一年），就在《本草綱目》即將出版的時候，李時珍與世長辭了，終年76歲。臨終前，李時珍囑咐次子建元來年將刊刻出的《本草綱目》進獻朝廷。
第二年，李時珍的兒子建中、建元、建方將父親與母親吳氏合葬於蘄州東門外雨湖之濱，靠近李時珍父親李言聞、母親張氏的合葬墓。
李時珍去世了三年後，建元將《本草綱目》進獻給明神宗。直到公元1603年，才有江西聶良心、張鼎思等以金陵刻本為藍本，將此書第一次進行了翻刻。由於這部事關民生的巨著在醫藥界的聲譽日漸增高，購者越來越多，以後輾轉翻刻了30多次。公元1885年，安徽合肥張紹掌等再版此書，並進行了適當的加工和校正，這是曆代刻本中較好的一種。
李時珍是一位十分重視實踐的科學家。他不為古人舊說所束縛，並且同當時社會上存在的封建迷信進行了鬥爭。他對醫藥學的研究明顯地體現了唯物主義的傾向。
李時珍一向主張通過了解事物的實際情況，來“窮究物理”，反對牽強附會地去亂猜。他認為學習前人的經驗雖然重要，但這僅僅是事情的一個方麵，對藥物隻有親采、親試才能“頗得其真”。
芸薹是當時常用的一種藥。李時珍查閱了許多本草，發現各家本草互相抄錄，都解釋得十分含糊，隻說它是一種菜。李時珍一時也搞不清楚，於是就向菜農請教，才知道原來書上講的芸薹，就是我們常吃的油菜。李時珍為了具體了解油菜的形態特點、播種和生長情況，就親自到菜園進行觀察，並在仔細觀察的基礎上對芸薹重新進行了描述。他寫道:這種菜頭年秋天下種，第二年春天才開花，由於容易而且分枝很多，所以稱芸薹。它的葉子“似白菜”，“開小黃花”，花有“四瓣”，和芥菜花十分相像。它的種子可以榨油，這種油“燃燈甚明”，但“食之不及麻油”。有了這些細致的記敘，芸薹到底是什麼菜，後人讀到也就容易搞清了。
李時珍青年時曾對蘄蛇進行過實地考察，還把自己的研究結果寫成了《蘄蛇傳》。蘄蛇是李時珍故鄉蘄州的一種特產。這種蛇毒性很強，是一種重要的藥材，能祛風濕，治半身不遂、關節疼痛。起初李時珍對蘄蛇並不十分了解，由於蘄蛇又叫白花蛇，所以他以為市場上出售的白花蛇就是蘄蛇。白花蛇雖然兩湖和四川一帶都有，但隻有蘄州產的獨負盛名，是正品，產量也不多。市場藥店裏賣的都是從興國州（今湖北陽新縣）山中捕來的。要了解真正的蘄蛇，就要到它的產地龍峰山上去。為了觀察蘄蛇的生活習性，李時珍冒著被蘄蛇咬傷的危險，幾次爬上了龍峰山。
在捕蛇人的幫助下，李時珍仔細觀察了蘄蛇的生活習性，他發現蘄蛇常在石南藤上活動。石南藤葉子橢圓帶尖，嫩葉是紅色的，開白色小花，嫩葉和花都是蘄蛇喜歡吃的東西。每當捕蛇人發現蘄蛇，就先在它身上撒一把沙土，蛇就會盤曲而伏，這時捕蛇人就用叉子叉住它，南繩懸起，破腹去腸，用清水洗淨，再用竹架支起來，最後把蛇盤成一團，綁好，用火炕幹。
李時珍在實地觀察的基礎上記述了蘄蛇的形態特點。蘄蛇身上的顏色是黑的，有白色花斑，脅下有24個斜方格的花紋，腹部還有佛珠似的塊斑，嘴裏有四個長牙。蘄州產的白花蛇即蘄蛇與其它地方所產的白花蛇不同：蘄地產的炕幹後眼睛睜著，藥用效果高；而別處所產者幹後則閉著眼，藥用效果不及蘄蛇。
李時珍長期生活在人民之中，經常進行實地調查和訪問，所以他的一些記述都比較細致、確實，對當時一些流行的迷信傳說和沒有根據的猜測都不輕易地相信。
李時珍在科學上是個老老實實的人，如有什麼問題自己還沒有搞清楚，他就直截了當地說不了解，沒見過，決不掩飾。例如《舊唐書》上曾載有一種食蛇的鼠，李時珍既沒有見到過，也未能查到更多的有關資料。他就老老實實地承認自己難以斷定《舊唐書》所載是否可靠，隻好留待後人去研究。這種食蛇鼠，很可能就是今天我國雲南和印度、緬甸一帶所產。蛇獴又名蟒，四肢短小，很像鼬鼠，善捕毒蛇，對蛇毒有一種特殊的抵抗力。