為了避免被大規模的捕殺，人類不得不放棄了自身的組織，開始以每艘船為單位，分成數百個方向，在全宇宙範圍內突圍。
在這個過程中，有將近一半的人類被捕殺，但是還是有另外一半，將近四千萬人暫時生存下來。而在這個過程中，那些各自逃亡的人類也開始發展自己的移民船，使它變得更大，可以容納更多的人生存。
在曆經三十年的各自逃亡之後，大部分人類在銀河係一個叫做“失落的曆史”星係會盟，一共有三千多艘移民船，總人口也有三千多萬，宣布再次形成鬆散聯盟。
會盟完畢之後，人類依然各自分散逃亡，但是他們約定每年會盟一次，同時決定了彼此聯絡和互相科技的方法，以便共同研發科技。
因為人類有在危機中潛力爆增的天性，在短短的六年內，人類就完成了過去一百年也不大可能完成的進步——他們在基因學方麵取得了巨大突破，開始推動“新人類”計劃。
新人類將會比過去的人類無論在體力，還是智力，甚至壽命上都擁有壓倒性的優勢。而且這種優勢還將隨著基因一代代的繁衍而變得越來越明顯。
而新人類計劃推出的結果，是一百零四年後的三八三十一年，人類就取得了另一項重大科技進步——亞空間跳躍航行法。
這種科技可以使得人類每次跳躍便可以前行五光年。
六十三年之後，人類發現了通過人工自然繁衍來優化基因的方法，從這個時候開始，人類的基因優化就主要通過生育手段來完成。
再過了一百年，來到公元四千年，人類的壽命已經是從前的十倍，平均壽命高達八百六十二歲，而他們的智力和體力都跟從前的人類完全不可同日而語。
更重要的是，人類內部形成了更加精確的分工製度，人類將所有的工作分為五個大類——戰士，技術，魅力，戰略，操作。
所有的職業都規劃在這五個係統之下，每個人都根據人類的需要，一代又一代的通過基因優化來使得自己與自己的子女更加適合自己的崗位。
這種方式使得人類的生產力和戰鬥力得到最大程度的發揮。
在這個時候，代表總數高達十億的一千兩百名人類代表，在“失落的曆史”再次會盟。通過這次會盟，人類宣布他們已經厭倦了逃亡生涯，他們要殺回老家去。
在第二年，準備充足的人類，在一千兩百人組成的的“星際大會”的組織下，向太陽係進發，進行複仇之戰。
這個時候，人類才發現機器人也已經不再是過去的機器人。機器人的科技雖然發展沒有新人類那麼快，但是比從前更加先進，而最可怕的是，他們擁有近乎無限的自我量產的能力。
當人類在“失落的曆史”一帶星係自我發展的時候，機器人已經蔓延了將近一百個太陽係那麼大，總人口更是高達萬億。
這根本就是場無望的戰爭，於是，在進行了為時三十年的複仇戰爭，親手消滅了近千億機器人，自身也付出了喪生過億的代價之後，人類不得不和機器人簽訂了《上海諒解條約》，宣布媾和。
雖然簽署了和平協議，但是因為人口上的劣勢，新人類始終生存在機器人的包圍之中，惶惶不可終日。最後，這一問題也在公元四零六五年得到了解決——有一名科學家發現了打開前往新宇宙的方法。
這個宇宙便是阿爾法宇宙。