三、歸中支－派遣軍（又稱華中方麵軍，駐上海——南京一線）節製的細菌部隊是華中（榮字）第1644部隊：華中（榮字）第1644部隊建於1939年。為侵華日軍在華北、華中、華南的三大細菌部隊之一。本部設於南京中山東路原南京陸軍中央醫院（現為解放軍南京軍區總醫院），對外稱華東派遣軍防疫給水部/中支－那防疫給水部，又稱“多摩部隊”（這個稱呼跟此後與其合作進行細菌戰研究的第9技術研究所設在神奈川縣川崎市多摩河川附近有關）。細菌武器研究所設在原中央陸軍總醫院大樓後麵的原中央衛生實驗院的大樓裏，定員1500人。部隊長為桔田武夫中佐，副部隊長兼研究課長為小林賢二少佐。下設7個課。榮字1644部隊在上海、南京、嶽陽、荊門、宜昌等地派駐12個支隊。
四、歸南支派遣軍（駐廣州——香港一線）節製的細菌部隊是（波字）第8604部隊：（波字）第8604部隊，本部設在廣州原百子路中山大學醫學院內，對外稱華南派遣軍防疫給水部。是日軍在中國南部的一支重要細菌戰部隊。部隊長先後為田中嚴大佐、佐佐木高行、佐藤俊二、龜澤鹿郎。從1939年到1945年間，（波字）第8604部隊下設6個課，定員1200名專業人員，並且在華中、華南、華北的數十個城市設立了支隊。到1945年前後，專業人員擴編至1500名。中山醫圖書館曾是第8604部隊本部，在本部從事各種細菌研究、傳染病研究及鼠疫培養和病（活）體解剖。從事細菌研究和病體解剖等就是在現為中山醫科大學圖書館舊樓的地方，而當年南石頭難民收容所，實際上是8604部隊的細菌戰實驗場所。
太平洋戰爭爆發後，日軍占領了南太平洋地區，就在這四支細菌戰部隊之外又成立（岡字）第9420部隊細菌部隊，歸日軍南方軍（新加坡——馬來西亞一線）節製：（岡字）第9420部隊，本部設於新加坡昭南愛德華醫院。細菌戰劑研製所設在馬來西亞淡環精神病院，並在泰國、緬甸、越南等國設有支隊分部。定員初為208人，後發展到600人。日本細菌部隊形成了具有一定作戰能力的完整的細菌戰體係和指揮係統。（岡字）第9420部隊雖設在南洋但卻通過公路向我國雲南進行大規模的細菌戰。
侵華日軍實施的細菌戰遍布中國現屬的黑龍江、吉林、雲南等二十個省、自治區，計有六十三座城鎮。日本陸軍化學戰裝備有：150毫米化學彈迫擊炮，94式90毫米迫擊炮，30千克毒氣鋼瓶，160毫米毒氣拋射炮，撒毒車，毒劑筒等。此外，各種山、野、榴炮也都配有大量毒劑彈。
日軍細菌武器生產能力是驚人的。根據有關資料顯示，二戰期間，日軍在中國建立了野戰毒氣廠、野戰毒氣分廠和野戰毒氣支廠，組成三級獨立補給係統。日軍儲備毒劑約9455噸，足夠維持幾次大規模戰役之用。日本陸軍和海軍生產的芥子氣、路易氏劑、苯氯乙酮等毒劑共計7000多噸。其中化學武器絕大多數運到了中國。
日軍生產的毒劑幾乎全在中國使用，1942年有8個專業毒氣聯隊（團）投入中國戰場，還有臨時配屬師團的獨立毒氣大隊、山地戰毒氣大隊、近戰臨時毒氣大隊等。同時日軍炮兵、航空兵也普遍進行化學戰，有時甚至把毒氣罐發給每一個步兵。
中國有關學者以大量事實證明，侵華日軍進行大規模細菌戰致死中國民眾至少二十七萬多人，而研究細菌戰的一些日本學者認為，中國學者統計的數字是相當保守的，實際遠不止此。他們認為，死於侵華日軍細菌戰的中國人多於日軍在南京製造的大屠殺人數。據調查和考證結果表明，從一九三三年起，侵華日軍就在黑龍江五常背蔭河建立細菌戰基地，到一九四五年日本戰敗，在中國實施細菌戰長達十二年之久。在這些地區，日軍的細菌戰部隊和細菌工廠大批製造細菌培養物，製成多種細菌戰劑，針對中國軍民大量使用細菌武器，甚至動用飛機大麵積投放細菌彈。而日軍岡字9420部隊總部雖然設在新加坡，但其卻派間諜返回到雲南境內投放細菌病原體，針對中國進行細菌戰。因日軍大量使用化學武器和細菌武器，致使將近240萬中國軍民遭其毒殺。