卻說張、雷二軍，入南京城，淫掠三日，方有軍令到來，嚴禁騷擾，違令者斬。何不早下此令。初三日傍晚，雷副使進城。淫掠少減。又越日，迎入張大帥，兵士俱遵約束，不敢胡行。當時江寧人民，疑張暗示兵士，劫淫三日，其實張在城外，並非沒有軍令，不過所有部眾，陽奉陰違。至搶劫兩日後，外國醫院內，有一個馬林醫生，傷心慘目，乃至城外報告張勳，勸令尊重人道，嚴申軍誡。張尚謂屬部不至如此，惟派兵官入城彈壓，再頒禁令。這時全城居戶，已經十室九空，所有婦女人等，或死或逃，掠無可掠，淫無可淫，自然應令即止了。詮釋透辟。馮國璋亦率軍進城，當即會同張勳、劉冠雄、雷震春等，聯銜告捷，去電朝發，複電暮來。當奉袁總統命令雲：
據江北鎮撫使張勳，江淮宣撫使馮國璋，長江巡閱使劉冠雄，副使雷震春電陳攻克江寧情形，並督飭軍隊搜剿餘匪等語。前因亂黨黃興等潛赴金陵，煽誘軍隊，迫脅獨立。當飭張勳、馮國璋分路督兵南下，會合進攻，迨大軍進克徐州，黃興聞風潛逃，叛軍反正，本大總統因不忍地方人民慘罹鋒鏑，特飭程德全從寬收撫，免煩兵力，貽禍生靈。旋據程德全電稱：“八月八日，亂黨何海鳴赴寧，再謀獨立，業經擊退。乃第一八兩師，複被煽惑，何海鳴為偽總司令。又因第三十一團不肯附逆，互相激戰，秩序大亂，請飭張勳、馮國璋速進，並派兵艦赴寧”各等情。隨飭張勳督率所部，會合第四師進討。該叛兵憑險抵抗，複敢先開炮轟擊，各軍連日血戰，紫金山、天保城諸要隘，次第占領。八月二十五日，攻入朝陽門，匪軍囊沙疊壘，阻礙進行，相持數日，柏逆文蔚，複率大股匪軍助守，隨由馮國璋、劉冠雄督飭陸海軍隊，分頭進攻，雷震春率兵援擊。三十一日，各軍約會前進。越日，張勳督隊，首先架梯登城，會合第四師，分克朝陽、洪武、通濟等門。第三師支隊，由太平門攻入，進克獅子山，占領下關等處，第五師支隊，攻克神策門。混成第二十九、二十團相繼入城，分占富貴、駱駝等山，進據北極閣。雷震春會合第四師占領雨花台，由南門攻入，匪勢不支，紛紛潰逃，擒斬無算。遂於九月一號，克複江寧。該使等調度有方，各將士踴躍用命，旬餘之內，克拔堅城，良堪嘉獎。張勳晉授勳一位，馮國璋給予一等文虎章，劉冠雄特授以勳二位，雷震春特授以勳三位，用彰勞勩。其餘出力人員，由該使查明請獎。傷亡官兵，分別優恤。被難商民，妥籌安撫，一麵嚴捕亂黨各首要，務獲懲治，仍督飭各軍隊，查剿潰匪，肅清餘孽，以靖地方。此令。
接連又有二電，一是程德全免去江蘇都督官，一是任命張勳為江蘇都督。張勳喜如所願，甚為快慰。惟江寧百姓，受了張軍的荼毒，無從控訴，隻好向隅暗泣。偏有日本商人三名，也被殺害，且有被掠情事；日本豈肯幹休，當向政府嚴重交涉，一要政府謝罪，二要嚴辦凶犯及該管官，三要重金撫恤及悉數賠償。袁總統忙令李盛鐸南下，查明情形，酌量賞恤；並飭張勳速查凶手，從嚴治罪；其約束不嚴的軍官，立即參辦。一麵向日使道歉，日使又談及江寧慘狀，百姓遭難，要外人代言，尚說是共和時代，適令人笑。袁總統乃複下令道：
自贛、寧倡亂以來，中央除暴救民，不得不派兵征討。惟是行軍首重紀律，所有各路軍隊，經過及駐紮處所，無論中外商民，生命財產，均須一律保護。其已被匪擾地方，目擊瘡痍，至可慘痛，尤應加意保衛，以重人道而肅軍規。倘有殘殺無辜，及肆意騷擾情事，不特敗壞軍人名譽，且大背本大總統救民水火之苦心。軍律森嚴，斷難寬貸。著各統兵大員，嚴申誡令，認真稽查！如敢違犯，立按軍法從事，並將約束不嚴之該管官，分別參辦，毋稍徇縱。此令。
這令一下，張勳也稍覺不安，且因馮軍入城，秋毫無犯，寧人多慕馮怨張，免不得傳入張勳耳中。於是張大帥也易威為愛，特派宣慰員十餘人，挨門逐戶，各去道歉，且出示曉諭軍民，凡有收藏人民衣物等件，明明搶劫，如何說是收藏？限三日內繳至商會，逾限不繳，查出以軍法從事。越日，即有衣物拋棄路隅，由團防界交商會。商會令失主認領，哪知所有各件，統是敝衣粗服，舊銅爛鐵，不值多少錢文。小戶人家，出去檢認，還有幾件尋著；富家大戶，遣人往查，仍然一物沒有，隻好赤手空回。貓口裏挖鰍，十得一二，已是幸事，還想什麼完璧？馮國璋、劉冠雄兩人，又奉命回任，雷震春代任巡閱使。江蘇民政長，改任韓國鈞，應德閎免官，並督辦皖北、江北剿匪事宜，東南一帶，暫時敉平。話分兩頭。