以下所有時間，以本故事發生時間為基準。
距今約800年前：地球人類空間技術取得突破性進展，實現了突破空間的傳送技術並且被迅速運用於宇航領域，使星際距離之間的旅行成為可能。這是地球人類自工業革命、信息技術革命之後的又一偉大科技革命，自此，人類由地球時代進入了宇宙大航海時代。
距今約750年前：地球人類成功從超能力者身上發現了物質化力量，並且成功控製了這種與能夠與人體完美結合，使擁有者本身變得無比強大的超級力量。這是地球人類在空間技術革命之後人類有史以來最偉大的科技革命，標誌著人類由追求不斷強化外部工具力量的外部科技，提升為追求不斷強化自身身體力量的內部科技的全新時代到來。自此，人類踏上了以科技的力量實現自身進化，成為“超人類”偉大道路。從此，有關物質化力量的一切科學開始迅猛發展，後來所有關於HIME的故事也由此開始。
距今約610年前：一個地外文明種族在對地球人類進行了數百年的觀察和研究後，決定正式與地球人類接觸，以互利互惠的目的為基礎與地球人類建立正式外交關係。該地外文明種族與人類相適應的物質化力量核心儀器——媛星。向地球人類派出了使者——“黑曜之君”。地球人類首次與自身之外的智慧生物接觸並交往，標誌著地球人類曆史又一偉大時刻的來臨。當時，整個地球為之轟動。短短兩百年內，全地球人類連續經曆了三個偉大時刻的來臨，人類自豪感空前高漲。之後的數年內，人類進入了全新的科技黃金時代，同一時間，秘密科學邪教組織——侍僧黨(Acolyte
Communist)在沒有任何人知曉的情況下悄然成立。
距今約600年前：在與地球人類進行了約十年的交流之後，地外文明種族的使者——黑曜之君向地球人類提出了他們種族的要求。原來這個種族當時雖然擁有比人類更先進的科技，但是由於自身的遺傳潛能已經被開發到了極限，為了避免自己的種族走向衰亡，他們決定派出使者前來地球，與地球人類相互交換自身遺傳信息改造雙方種族。黑曜之君自己就是以地球人類男子優良基因為藍本，所創造的一個兼帶有他們種族最優良基因作為‘父體’的男子。當時地球人類發現物質化力量已經有了一段時間，但是該種族的技術依然讓地球人類對物質化力量的應用跨越了多個原本需要數百年時間才能實現決定性階段。作為這些技術的交換，黑曜之君代表該種族要求讓人類年輕女性獲得當時最高級別的物質化力量——高次物質化力量，也就是成為HIME。然後以最原始最殘酷的方式，讓HIME們互相殘殺，直到決出唯一的勝者。而這名勝利者也就被該種族自動視為地球人類最完美的女性基因擁有者，成為‘母體’與黑曜之君結合，產生的後代也就成為該種族改造自身基因的完美藍本，這一過程被稱為‘蝕之祭’。就這樣，經過了一番慘烈的爭鬥，勝利者誕生了，她就是水晶之HIME。然後，水晶之HIME與黑曜之君結合，產生了後代，地外智慧種族獲得了他們想要的基因藍本。以上這一計劃雖然對兩個種族而言都是必須的，但由於仍然難以符合地球人類的普世價值觀，因此當時世界各國政府在聯合國機構的協調下，選擇了完全隱秘的形式施行這一計劃——把經過暗中挑選的人類年輕女子送入一所國際學院，然後讓她們在自己都完全不知情的情況下自相殘殺，直到決出最後勝者。以上這一過程始終未對民眾透露，但世界各國政府內都保存著這一計劃的完整檔案。後來，黑曜之君將作為基因藍本的後代送回自己母星之後，所在的飛船意外爆炸，當時在飛船上的黑曜之君、水晶之HIME以及數名一直參與整個計劃的科學家全部遇難。並且由於黑曜之君所帶來的飛船被炸毀，導致地球人類與該地外文明失去了聯絡。當時全球為他們舉行了盛大的哀悼儀式，聯合國門前的各國國旗降半旗長達三個月之久。同時，黑曜之君遺留下來的物質化力量核心控製儀器——媛星停止了運轉，過了很久之後，人們也就漸漸淡忘了這些事情。
距今約300年前：人類物質化力量應用已經達到了絕對空前的高峰，並且已經完全民用化。這時世界各國都在大規模應用於一切可以應用的領域，也包括普通民眾的教育領域。當時地球上據初步估計有數千所能夠培養擁有物質化力量學員的學校。但是，日本一所名為“風花學院”的學院引起了政府的高度重視，原因無它，隻因為這所學院內被政府偵測出，存在著和當年黑曜之君留下的媛星力量非常接近的物質化力量——高次物質化力量。而且根據情報，學院內似乎出現了和檔案中所記載的當年進行‘蝕之祭’時的狀況，甚至似乎還有不少武裝組織參與其中。於是，政府方麵與世界各國進行秘密磋商後，決定派遣一名平時一直以教師身份為掩護的精幹特工探員，進入風花學院調查。該特工探員進入風花學院後，有了驚人的發現：黑曜之君竟然複活；學院內產生了能夠直接與媛星建立聯係，從媛星獲得當時最高級別物質化力量——高次物質化力量的學員，也就是HIME；蝕之祭再次開始；又有多個武裝組織參與其中。
{至此《舞HIME》的劇情開始。}
最後該特工彙報稱——經過無數的戰鬥之後，複活後想要毀掉地球的黑曜之君被徹底打敗。學院內所有的HIME以及其鑰匙全部意外地複活，原來風花學院的學院長風花真白就是當年的水晶之HIME轉生後附身的傀儡，她所做的一切都是為了阻止黑曜之君，現已消失。由她原來的女仆姬野二三接管了學院。該特工還聲明，自己在學院的期間，感到盡管自己的身份是特工，自己的靈魂卻終究是屬於老師的。因此請求以當前的身份，永遠留在風花學院。政府當局經過慎重考慮後，決定就讓這件事永遠成為秘密，並作為出色完成使命的獎勵，批準了該特工的請求。但是自此之後，在三百多年前就一直停止運轉的媛星開始重新啟動！