暗部組織學園都市中的地下組織，數據庫有記載的至少五個，為各自目的而行動。直屬統括理事長亞雷斯塔或統括理事會。任務是進行“無法向外界表達的事”，包括暗殺、滅口、消除資料和鎮壓等
織女星一號衛星搭載的樹形圖設計者是擁有驚人演算能力的超級電腦，可以通過預測世界上所有空氣粒子的動向來預知天氣，名義目的時分析氣象資料，但實際上是用來計算研究實驗的結果，諸如藥物反應、生理反應、電子反應等，一切都可以交由樹形圖設計者來演算。為抵禦外敵，樹形圖設計者被安置在學園都市發射的人造衛星“織女星一號”上。但被暴走的茵蒂克絲用“龍王的歎息”擊毀。
量產型能力者計劃該計劃是解析生產出超能力者的基因序列方程式，目的在於百分之百確實生產在偶發下才會產生的超能力者。進行「量產型能力者計劃」的是樋口製藥·第七藥學研究所，由天井亞雄負責。「量產型能力者計劃」使用“超電磁炮”禦阪美琴的DNA進行量產“妹妹們”的實驗。為了加快“妹妹們”肉體和人格的成長速度，實驗使用了Zid－02、Riz－13、Hel－03等藥物在十四天後就可以得到與超電磁炮相同的肉體，而言語、運動及倫理等基本的腦內情報由學習裝置強行輸入，每個“妹妹”單價18萬日元。但是在實驗最後階段，根據“樹形圖設計者”的演算結果，量產出來來的“妹妹們”的能力還不及超電磁炮的1%，平均隻有等級2的程度，不論基因操作還是後天教育都無法做成等級5的超能力者的複製人，因此超電磁炮量產計劃“妹妹們”被永久凍結。後來由於「運用“妹妹們”的絕對能力者進化法」的需要，量產計劃再次啟動，但是為防止叛亂在基本的腦內情報中沒有輸入感情程序。
絕對能力者進化計劃學園都市能力開發的終極目標是「SYSTEM－成為宛如神明意旨一般降落凡塵的人」，為了更進一步靠近神而需要創造出超越人類的存在——絕對能力者（Level6），以超越人類的存在理解神明的意誌。為此誕生了「絕對能力者進化計劃」。經過“樹形圖設計者”精密演算，學園都市中的七名超能力者中隻有排名第一的一方通行有機會進化為絕對能力者（Level6），但是需要二百五十多年的一般課程訓練才能進化為絕對能力者（Level6）。因為沒有能使人能夠活二百五十年的方法，因此“樹形圖設計者”有找出了另一種方法，那就是利用實戰來促進能力的增長，即準備好特定的戰場，讓戰鬥依照計劃進行以掌控“實戰中能力增長”的方向性。根據“樹形圖設計者”的演算結果，製藥準備好一百二十八種戰場將超電磁炮殺害一百二十八次，一方通行便可以進化為絕對能力者（Level6）。但是因為無法準備一百二十八個超電磁炮，所以實驗將目標鎖定在同時期進行的「能力者量產計劃」中的“妹妹們”，由於量產型的“妹妹們”具有的能力不及其素體超電磁炮的1%——也就是「Level2」的程度，因此根據“樹形圖設計者”的演算結果，隻要準備好兩萬種戰場及兩萬名“妹妹們”也可以達到相同的目的。最初的9802項實驗在研究所內進行，而剩下的10198項實驗則需要在戶外進行，由於涉及到屍體處理問題，所以戰場集中在學園都市的第七學區。
沒有門窗的大樓位於第七學區的奇異建築，無門無窗，完全密封，甚至氧氣能源都由內部自給。是理事長亞雷斯塔的居所，要想進入隻能有一名被稱為“帶路人”的傳送能力者帶入。亞雷斯塔平時從不離開此樓。大樓異常堅固，即使核彈也無法將其摧毀。
學舍之園位於第七學區。由包括常盤台中學在內的五所貴族女校共有的校園，藉由合資方式創造出更穩定的安全體製，占地超過一般學校的十五倍大，是個被柵欄圍住的封閉空間並不對外開放，進入需要通行證，就連大霸星祭“學舍之園”也不是競技場這是因為一切超能力開發器材都是在這裏製造的，並未外包給外界，以避免機密技術外泄，“學舍之園”中有2458個攝像頭時時監控。除了大量特殊課程所必須使用到的實驗設施，還擠進了為數眾多的製造和販賣設施。“學舍之園”內沒有百貨公司或購物中心之類的大型店鋪，上課或校園生活所必須用到的東西都各自有專門販賣的店鋪，而大型建築都是研究機構。各設施的外觀皆統一為西式風格，整體看來就像是個緊鄰地中海的小鎮。校園中亦有女性司機駕駛的通往學舍之園外的巴士公交，由五校共有。
地下街學園都市裏的地下街非常多，以車站為中心，連接各百貨公司的地下樓層，如同迷宮一樣。學園都市的電動遊樂場也多集中在地下街。地下街設有手機的通訊基地台，即時是在地下街也可以使用手機通訊，但是一旦距離基地台稍遠，手機訊號就會受到影響。
滯空回線「滯空回線」是學園都市利用納米級機器人構成的借由空氣傳播而構成的微觀情報網，學園都市內部亞雷斯塔的直屬情報網的核心。有著高於書庫等級的情報係統，這也是長期給暗部組織下達命令的“電話”獲取情報的重要途徑之一。在大街上散布了至少五千萬個看不見的機器來收集情報，監視學園都市的每一個角落。