第三十六回寶玉說過“他不聖不仁，那天也斷斷不把這萬幾重任與他了”。周汝昌在此加按語說：“雪芹此文並不同於一般頌聖，實謂雍正之流不仁不聖，天命不歸也。蓋康熙號曰‘聖祖仁皇帝’，‘仁聖’二字隱隱以此為比也。”（第448頁）
其實在周氏的《紅樓夢新證》中就有明文記載胤礽被廢，是淫亂暴虐自作自受的結果。康熙四十七年九月詔諸王大臣、侍衛、文武官員等齊集行宮前，命皇太子胤礽跪，康熙帝垂涕教訓道：“唯肆惡虐眾，暴戾淫亂，難出諸口”；“胤礽同伊屬下人等，恣行乖戾，無所不至，令朕赧於啟齒”；“從前索額圖助伊潛謀大事，……今胤礽欲為索額圖複仇，結成黨羽，令朕未卜今日被鴆，明日遇害，晝夜戒慎不寧”。⑥胤礽複立第二次被廢時康熙竟至說：“後若有奏請皇太子已經改過從善應當釋放者，朕即誅之。”⑦於此可見太子罪行之重。曹寅受康熙大恩，焉能屬於太子一黨？
2.索隱出賈史薛王四家的原型，與史實完全不合。
曹雪芹在創作之初就明確說，自己要“用假語村言，敷演出一段故事來，以悅人之耳目”。周汝昌不相信這一點，他認為小說所寫全是真的，他索隱道：
假不假指曆史素材中之曹家，史指曆史素材中之李家，薛指年羹堯家，豐年之年即年姓本字，王指佟家，證據有三：一、原注都太尉統製指其文義為武職最高官位，在清代相當於此職者為步兵統領九門提督，而此職即隆科多。（佟姓，雍正之舅舅，人稱國舅。）二、龍王之龍諧音隆。三、東海缺少白玉床此句首尾二句即東床，即貴婿之別稱，而佟家正是世代與皇帝互為兒女親家。由此三證，書中的王家與隆科多當時職位正相吻合。（第63頁）
曆史上的曹、李、年、隆四家關係與小說中賈、史、王、薛四家的關係完全不合，是一種荒唐的附會。
在第三十九回“南院裏的馬棚裏走了水了，不相幹，已經救下去了”這句話後，周汝昌在此索隱出“南院馬棚若以拙考，即今北京恭王府稍南之一處房屋，原是某王府之馬棚，後為樂仁堂房產，今為郭沫若故居”（第485）。這種索隱是多麼的荒唐啊！
3.索隱出史湘雲即脂硯齋，最後嫁了寶玉，徹底否定寶玉黛玉的愛情主線，嚴重幹擾了讀者對曹雪芹主題主線的認識。
他在第三十八回脂批“餘則將欲補出枕霞閣中十二釵來，定（豈）不又添一部新書”之後加按語說：“此批中明點脂硯齋是枕霞舊主，亦即湘雲。”（第470頁）他還說：“賈母乃脂硯齋姑奶，故尊重逾恒。”（第415頁）把曆史、生活與虛構的小說攪和在一起，淆亂視聽。“因麒麟伏白首雙星”紅學界比較一致的看法是湘雲日後與衛若蘭成親，他們白頭到老都如同牛郎織女那樣是分居的。周汝昌卻從小說中讀出了我們看不到的內容。在第三十二回襲人對湘雲說：“這會子怎麼又臊了？”他在此加按語說：“西煖閣內之言，書中雖無明文，但可確知是湘雲曾向襲人說，等我長大了和二哥哥寶玉作夫妻。”（第400頁）這太不可思議了。他否定寶黛的木石姻緣，也否定寶玉與寶釵的金玉姻緣。他說：“金玉姻緣有真假二局，湘為真，釵為假。此金玉實指金麟與通靈玉佩，已與寶釵之金鎖無涉。金麟乃湘雲自幼所佩，今複出一清虛觀新得雄麟，故雲又寫一金麒麟，是指追加一麟，為金玉生新彩，是為間色之法。”（第390頁）因此，他要給《紅樓夢》改書名：“故我謂《石頭記》不妨再加一個異名，即《雙麟記（緣）》是也。”（第339頁）他用索隱法就是要證明“史湘雲就是曹雪芹的妻子脂硯齋”這個龍門紅學觀是正確無誤的。
周汝昌把新索隱派的荒唐觀點強加給《紅樓夢》，焉能稱“原生態”？
四、校訂文本每頁都有錯誤，經常是點金成鐵，焉能稱“還原《紅樓夢》的本來麵目”？
在《紅樓夢》的所有手抄本中，以甲戌、己卯、庚辰三本最珍貴。其中甲戌本雖然隻存留了十六回，其文本抄寫質量最好，保留的脂批密度大；茫茫大士變頑石為美玉的故事唯此本獨存，彌補了其他本子的不足：可以說這是最近真的本子。己卯、庚辰兩個本子都避怡親王允祥和弘曉的諱，其底本可能是弘曉的家藏本。允祥保護照顧過曹頫，弘曉和雪芹應該有一定的交往，他的家藏本很可能源於雪芹的稿本或者脂硯齋的手抄評點本。在雪芹生前流傳的也隻有這三個本子，於此可見這三個本子的重要性。整理《紅樓夢》的本子，甲戌、己卯、庚辰三本應該是最可靠的依據，凡是這三個本子通順的文句，都不能亂改。