學園都市是麵積占據東京都西部的三分之一的都市，居住著230萬人口，其中八成（180萬）以上是學生，科學勢力的代表。擁有世界上最尖端的科技，一般認為領先外界約30年。學園都市的由統括理事長亞雷斯塔·克勞力花費50年的時間創建，由「統括理事會」全權管理。由於技術、研究多數都是高度機密事項，學園都市內的警戒體製非常嚴格，對人員進出有嚴格的限製。
學園都市一個由二十三個學區構成的巨大的教育機構的集合體，以發掘超能力而提供特殊的教育課程，主要靠從外部招收學生。除了教育機構，還有麵向學生研究設施，生產、商業設施，國學園都市的學生，大部分居住在學校的宿舍中，並在各個學校中接受能力開發。學園都市的學生大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以範圍和威力分為無能力者（Level0）、低能力者（Level1）、異能力者（Level2）、強能力者（Level3）、大能力者（Level4）、超能力者（Level5）、絕對能力者（Level6），實際絕對能力者隻是理論上存在進化為Level6的可能，並沒有哪一個角色成功進化為Level6。並每隔一定時間會進行身體檢查，重新測定一次，但學生中的六成是無能力者。
學園都市內不存在警察，隻有風紀委員（Judgement）和教師自願參與的警備員（Anti－Skill）維護治安。
然而在這個外表光鮮亮麗的都市裏，存在著令人恐懼的黑暗...
……………………
一間大型實驗室裏，不知道是拿來做什麼用的。
實驗室裏很暗，暗的可怕，黑暗中隻是憑借著一台巨大的電腦屏幕所散發出來的微弱的光、光照亮大部分黑暗.......
很忙碌，在這個實驗室裏每個人都是在拚命的工作，然而在一台巨大的屏幕邊上，一個身穿白色的科學長袍，咖啡色的長褲，一頭不算長也不算短的金色的頭發，臉左半部有刺青，貌似是個科學家的男子，但是更加像個不良，然而這個男子麵帶著少許瘋狂的神色，手指正快速的敲打著麵前的鍵盤...
“嗬嗬...哈哈哈！！快了...我快成功了...啊哈哈！”麵色猙獰，金發男子，嘴角狂笑不停，時不時的滴下幾滴從嘴角流下的唾液。
“木原閣下！實驗進行到了最後時刻！請指示。”一名全身武裝的男人抱著一把槍支武器，站在金發男子的身後報告道。
“閉嘴！我的事你少插手！”
“是！...”
被金發男子嚇到的武裝男子，十分驚慌的敬了一個禮慢慢退下。
“嗬嗬...我就要成功了！啊哈哈！真是太完美了！”停止手上的動作，金發男子，一步一步的退後，邊退邊扭頭看向在基地正中央的一個巨大的容器內的生物...
容器中充滿了不明的綠色液體，時不時的冒出幾個氣泡，顯得是那樣的詭異，而容器內的生物，是一個人類，總體而言是個孩子，一個男孩子...
赤.裸著身體，男孩漂浮在溶液裏，白色的秀發在溶液裏漂浮著，男孩的身體很消瘦，身上的骨骼可以清晰的觀看清楚，精美的鎖骨，頭微微的下低，緊閉著雙眼，雙手環抱著身體，腿部微微的彎曲，看身材的高度和臉上明顯沒有消失的稚嫩，可以準確的推斷出男孩的年齡大約在十歲左右，然而像他這樣大的孩子在外界應該還是每天時不時的趴在父母的懷裏撒嬌的孩子，像他這樣的年紀還隻是正在學校裏上學的孩子，與新認識的朋友們遊玩的孩子...然而現在，他隻能躺在冰冷的培養液裏接受那些令人恐懼的實驗...
“嗬嗬！啊哈哈...”金發男子有些瘋狂的看著麵前的容器裏的男孩，現在他的心情很糾結，既有恨意，也有喜愛...恨是，這個孩子與那個自己痛恨的家夥有著如出一轍的麵容，喜愛是因為馬上就要有個最完美的試驗品要在自己的手中誕生了...
“嗯哼哼！哈哈啊哈！快了...我就要成功了！”瘋狂的笑過後，金發男子，慌忙的跑回電腦屏幕前，手開始快速的點擊著...
“YFTX0001實驗個體，即將完成，是否輸入實驗題編號。”
一陣生硬的電子合音的係統聲傳來，金發男子微微的頓了頓，隨後大吼道：“命名代號為“多方通行””