持續了一千年的時代已經結束，在已經成為廢墟的周朝之上，嬴政，這個創立了統一帝國的男人，史稱秦始皇。這個結束了漫長分裂時期的皇帝，為了他不斷擴張的野心，將那些記憶中遼闊輝煌的平原化作沙塵，在這沙塵之上，他開始鑄造一個空前宏偉的夢想。與此同時，他不斷擴張著軍隊，在嬴政的夢想中，無論是在陸地上，還是海上，他都要做掌控一切的唯一霸主。為了這個龐大的夢想，他聚集了陰陽家，法家，公輸家等，製定了一個空前絕後的龐大計劃。
但是，這計劃卻不如他所想的這麼順利。北方有蠻夷之人對嬴政的帝國虎視眈眈，而中原還有諸子百家中的殘部，而道家，儒家卻態度不明。苗疆還有蜀山，雖說嬴政曾派人整治，但苗疆卻還在蜀山的統治下。就算是嬴政也對帝國中隱含的危險分子頗為頭疼，於是，雲中君徐福奉嬴政之命出海尋求長生不老之藥。故事便從這裏開始......
這天，天氣非常寒冷，天色已晚，一個黑袍男人帶著兩個隨從從鹹陽宮中出來，走向一間客棧。快要到客棧時，他眼光一凝，發現在路邊有一個黑影，隨從過去一看，原來是一個小男孩，大約七八歲，身上破破爛爛，正蜷縮成一團。男人定睛一看，頓時倒吸一口冷氣。原來小男孩的雙瞳是妖異的墨色，異於常人。男人原本隻是突然起了興致，他並不認為自己會無聊到撿一個流浪兒回去，但當他即將轉身離去時，突然發現小男孩的手中有光芒發出，好奇之下，他問道：“你手中的是什麼？”男孩的反應出乎他的預料，他隻是漠然的看著這個男人，被妖異的墨色眼瞳盯著，男人有一種仿佛被徹底看穿，一絲隱私都不剩的感覺，他深吸一口氣，再次問道：“把你的手，給我看看。”言行中有一股尊貴之氣，聽了讓人感到無法拒絕。
男孩雖然隻有七八歲，但能在黑袍男人的氣勢之下保持鎮定與冷漠使他大吃一驚。隨從中一人對男孩說道：“把你的手拿出來。”眼中泛起紫色的光芒。男孩依然漠然的看著他們。過了一會，男孩沉默著伸出手，兩個隨從頓時倒吸一口涼氣。原來，雖然男孩穿的破破爛爛，但是他伸出的那隻手上卻纏繞滿了紫金色的光芒。那光猶如烈火，使人灼熱難耐，難怪這男孩能在這種寒冷天氣生存下來。
隨從對黑袍男人耳語道：“陛下，這......這分明就是陰陽術啊！雖然隻是不入流的小把戲，但可見這個男孩不是普通人。”原來，這黑袍男人便是大秦帝國的皇帝，嬴政。而能在嬴政身邊當隨從的人身份必然也不簡單。黑袍男人沉默著點了點頭，隨後道：“朕命你們將他待會宮中，暫時安置下來，待朕回來再仔細盤問。”“遵命。”兩人應道。男孩任由那兩個隨從帶著，用破衣掩蓋著紫金色的光芒，緩緩走進鹹陽宮中......
男孩被帶入鹹陽宮後，先是沐浴洗漱一番，換上新衣袍，然後被留在偏殿獨自等待。就在這時，一個身著華貴衣袍的男孩走進偏殿，看見男孩低頭站在殿中，他喝道：“你是何人，不知這裏乃是鹹陽宮？”男孩仍然毫無反應，並不理會他。“我乃大秦皇子，你見了焉敢不跪？”這時，男孩突然抬起頭，妖異的雙瞳盯著自稱皇子的男孩。“啊......啊！！有妖怪啊！快來人！”皇子大驚失色，差點一屁股坐在地上，跌跌撞撞的跑出宮殿，大聲喊叫起來。
過了一會，一隊秦兵趕來，對著那男孩行禮。男孩叫道：“快進去抓住那個妖怪！”這時，男孩突然發現殿中多了一個人，是那個帶他進宮的男人，嬴政。他是悄悄進來，誰也沒有發現。衛兵看見那雙妖異的雙瞳也頗為害怕，他一把將男孩推倒在地，用戈指著他，便要刺下。嬴政正想上前阻止，但他身後的隨從拉住他，搖了搖頭。示意嬴政看下去。長戈刺下，眼看男孩就要血濺當場，突然，男孩身上散出金光，長戈居然險些被融化，衛兵大驚，這時嬴政走來，對衛兵怒道：“爾等想要血濺在這宮殿之中嗎？給朕退下，各領三十軍棍！”衛兵哪敢多言，連忙同皇子退下。