1989年，是馬化騰考大學的一年。那年6月的中國發生了一場嚴重的政治動蕩，高考在7月7日至9日如期舉行，但是一切都籠罩在恐慌之中，幾乎所有的家長都希望孩子能留在自己身邊。所以那年，深圳高考考生的第一誌願大多填的是深圳大學。馬化騰的高考分數是739分（滿分900分），高出重點線100多分，按這個成績本可以進北京的清華大學或上海的複旦大學。
因為深圳大學沒有馬化騰最感興趣的天文係，所以，他退而求其次，進入了電子工程係的計算機專業。與他一起進這個專業的還有許晨曄和張誌東。許晨曄還跟他分在了同一個寢室裏。這個班共有36名學生，除了一個保送生，張誌東的考分最高，馬化騰成績排第三。據講授計算機彙編語言課程的胡慶彬老師回憶：“馬化騰這一屆是深圳大學曆史上最優秀的一屆，生源特別的好。他們這一個班，沒有人掛過科——這是深圳大學之前、之後再也沒有出現過的。馬化騰等人很優秀，基礎好，後來做出這樣的事業我一點都不驚訝，就是不創辦騰訊也會成為很優秀的人才。”
黃順珍是馬化騰的大學班主任，講授的課程是計算機操作係統，從留存至今的成績單上可知，馬化騰那門課的考試成績是86分，黃老師給了總評88分，而張誌東的總評是全班最高的92分。黃順珍講述了兩個細節：“作為班主任，我每周要到宿舍巡視一次，每次去，都會看到馬化騰在看書或者做計算機操作，他和張誌東等一些同學的家庭條件好，都自己配了電腦，而其他人都在聚堆聊天或者做其他的事。有一次，馬化騰交上機實驗報告，在寫自己名字時，搞了一點小創意，他用軟件為自己的姓‘馬’設計了一個奔騰形狀的字體，看上去很漂亮，然後在後麵又手寫了‘化騰’兩個字，理工科學生很少有這樣的創意，這讓我直到現在也印象很深。”
與馬化騰同一個寢室的許晨曄回憶說：“那個時候我跟他在一起，平時就是背英文單詞，早上一起跑步，繞校園跑一圈。有一段時間，他還突然對氣功發生過興趣。”
深圳大學是一所1983年才成立的大學，幾乎沒有什麼傳統，它坐落在南山半島，校園裏大量種植了荔枝樹，所以也被稱為“荔園”。那時，校園外都是農田和幾個錯落築建的農舍，馬化騰和許晨曄在跑步的時候一定不會料到，二十多年後，他們能有機會在校園北麵建一座三十九層高的騰訊大廈，從位於頂層的辦公室可以日日俯瞰已經逝去的青春。
他們的另外一個同學陳一丹則考進了化學係。在大學期間，陳一丹變得非常活躍，他競選上了化學係的學生會主席，還是校學生會委員會副主任。畢業典禮上，他被選為畢業生代表發言。“他講得很激昂，好像畢業就是上前線一樣。”馬化騰說。
從二年級開始，馬化騰把很多精力花在了C語言的學習上。這是1972年由美國的丹尼斯·雷切爾（Dennis Ritchie）設計發明的高級程序設計語言，它具有繪圖能力強、可移植性好等優勢，並具備很強的數據處理能力，是世界上流行、使用最廣泛的程序設計語言之一，在操作係統和係統使用程序以及需要對硬件進行操作的場合，用C語言明顯優於其它高級語言。馬化騰日後對我說：“我們最終是靠C打天下的。”他還說：“在技術上，我的算法不是太強，那需要數學很強的人才可以，但是我做應用比較強，就是我知道如何把一個產品實現出來。”相對於馬化騰，他的同班同學、“冬瓜”張誌東則更精於算法。
馬化騰在計算機上的天份，很快就呈現了出來。在大學裏，對於所有學習編程的年輕人來說，公共計算機機房是較量技術的不二賽場，他們常常在一台計算機裏編寫一個病毒程序，將硬盤鎖死，令別人無法啟動，而自己則可以任意地打開，或者，有另外一個高手能夠破譯出別人設計的程序。這無疑是一件很酷的事情。在同學們的記憶中，馬化騰是一個編寫病毒程序的高手，“他經常把機房計算機的硬盤鎖死，連管理員都打不開，後來隻要一發生這樣的情況，馬化騰肯定是第一個被叫過去的‘嫌疑犯’”。