朝鮮戰爭爆發前夕，正當趙從衍、曹文錦輾轉騰挪之際，董浩雲陷入萬分艱難的局麵。
董浩雲來港不久便將複興航業公司與中國航業公司遷往台北注冊。當初他從大陸撤離時，中國航業公司旗下船隻被國民黨軍規征用向台灣運輸軍火物資，還有幾艘正遠航歐美，所以董浩雲手中實際上隻有複興航業公司三艘美國貨輪，並且還負擔著美國銀行沉重的購船貸款。1950年，美國與台灣關係惡化，美方以“欠債未還”為由，將複興航業公司旗下“京勝號”、“滬勝號”兩船扣押。董浩雲頓感灰心：“老舊船隻無力做新陳代謝之謀，現有噸位亦逐漸銳減，遂使無依無靠之中國僅有少數民營海運事業，幾處岌岌可危的境地之中。”[ 引自董浩雲長女金董建平與鄭會欣編著：《董浩雲的世界》（生活·讀書·新知三聯書店2007年6月第1版）一書P76所載董浩雲在1953年11月撰寫的文章《曆盡滄桑話航運——廿五年來中國航運事業的回顧》。]
倉皇之間，董浩雲將僅剩的一艘貨輪“渝勝號”緊急移往香港，注入到香港注冊的分公司“金山輪船”名下，他還將船頭懸掛的青天白日旗換成米字旗，希望擺脫美國人的視線。
幾個月後，朝戰爆發，美方出於戰略考慮，與台灣方麵修複關係，並把“京勝號”、“滬勝號”完璧歸趙。董浩雲大喜過望，將兩船注入金山輪船公司，以香港為大本營，加入戰時航運之列。“京勝號”、“滬勝號”、“渝勝號”三輪具有顯著的特征，船體一律漆成灰色、煙囪則刷為醒目的黃色，上有梅花標誌，出入維多利亞港，很快就成為金山輪船公司的標誌。
不過，太平洋鬧船荒，台灣國民黨交通部緊急征調董浩雲旗下所有船隻，為美軍一方運送戰爭物資。由於這種關係，董浩雲在親美的日、英、法等國訂購船隻、開設分公司頗為順利，這一優勢一直持續到戰後，是許愛周、曹文錦、趙從衍等人無法相比。而董浩雲也很聰明地利用了這種優勢，從英國訂購萬噸巨輪“瑞雲號”與“太平洋光榮號”客輪，事業重見天日。[ 引自《民國檔案》雜誌2002年第4期P91《董浩雲年表》一文，作者香港中文大學中國文化研究所研究員鄭會欣。]
朝鮮戰爭結束後，中國航業公司、複興航業公司解除監理，被征用的船隻陸續歸位。與此同時，借助國民政府的支持，董浩雲竭力增購船隻，擴充船隊規模，日漸恢複元氣。
為了適應能源運輸的需要，董浩雲不惜巨資訂購巨型貨輪，與前身是日本海軍造船廠的“佐世保重工業株式會社”建立了固定合作關係。1955年，該公司協助董浩雲改裝“太平洋榮譽號”油輪，使之適用石油、礦砂的運輸需要。第二年，第二次中東戰爭爆發，埃及將蘇伊士運河收歸國有，石油運價大幅攀升，董浩雲又從佐世保重工訂購11000噸石油、礦砂多用途貨輪，即1958年下水的“大西洋信仰號”。此船下水半年後，7萬噸超級油輪“東亞巨人號”即在佐世保開工，於1959年底交付，隨即被日本“東亞燃料會社”租用。