三月二十日，中共廣東省委再次批轉省委組織部《關於落實幹部政策的情況和意見》。批示要求，各級黨委必須切實加強領導，真正把落實幹部政策的工作抓緊抓好，力爭在今年上半年基本完成這項任務，國慶前圓滿結束這項工作。之後，省委從省、地、縣機關抽調二千四百多名幹部，組成聯合工作組，分赴各地檢查驗收。工作組共召開了三百四十七次各種座談會，抽查審閱了二萬五千多宗案件，並接待和處理了大批群眾來信來訪，加快了各項政策的落實和冤假錯案的平反工作。
在落實政策、平反冤假錯案工作中，習仲勳堅決貫徹中央“既要解決問題，又要穩定局勢”的方針，親自處理了一些重大案件，其中最突出的是“李一哲”案件和“反地方主義”問題。
“李一哲”案件，是“文化大革命”期間在廣東乃至國內外影響較大的所謂“反革命集團案件”。一九七四年十一月十日，一張題為《關於社會主義的民主與法製——獻給毛主席和四屆人大》的大字報，張貼在廣州鬧市區的北京路路口。大字報寫了六十七頁白報紙，長達二萬六千餘字，署名為“李一哲”。
這份大字報抨擊當時不完善的民主與法製，公開揭露林彪集團破壞民主與法製、大搞封建法西斯專政的罪行，指出其賴以產生的社會曆史條件是延續兩千多年封建社會的意識形態，林彪路線的表現形式是極左。大字報還不點名地指出江青一夥搞“反複辟”、“反回潮”的一係列罪行，並聯係這些反常現象，分析我國上層建築領域存在的嚴重缺陷。
大字報貼出後，廣州為之震動，觀者川流不息。不久，它便流傳到內地，在香港、澳門、台灣以及海外其他地區也引起了強烈反響。“四人幫”頭麵人物江青說，這是“解放後最反動的文章”，王洪文則揚言要組織一百萬人進行批判。廣東省和廣州市秉承“四人幫”的旨意，立即在機關、學校和工廠組織批判這張大字報的運動，先後組織了一百多場批判會和辯論會，其中不少是萬餘人的批判大會。這就是曾經轟動一時的“李一哲事件”。
按道理說，在粉碎“四人幫”後，因反對林彪、“四人幫”的“李一哲”應當平反釋放。但在清查“四人幫”的過程中，他們的問題卻反而升級了。一九七七年十二月中旬舉行的廣東省第五屆人民代表大會，公開宣布“李一哲”是反革命集團，李正天、陳一陽、王希哲、郭鴻誌還分別被判處有期徒刑，一批與“李一哲”有牽連的幹部和青年，也受到隔離審查和內部批判。
習仲勳來到廣東不久，就注意到這個案件。而關押在監獄中的李正天，聽說習仲勳到廣東後，便兩次給習仲勳寫信申訴。他知道習仲勳因為一本小說《劉誌丹》而蒙冤十六年，剛剛平反出來工作，能夠理解他的處境，否則也不敢“這麼冒險”。他的同伴也認為“習仲勳是個好人”，對習仲勳寄予很大信任。
習仲勳確實對這一案件十分重視。從一九七八年的八九月開始，他多次主持召開省委會議，研究“李一哲”案件，並數次報告黨中央。十二月二十九日，省委常委又一次討論此案，一致認為“李一哲”不是反革命集團，他們《關於社會主義的民主與法製——獻給毛主席和四屆人大》的大字報不是反動大字報，應予平反。第二天，李正天等便從監獄釋放出來。習仲勳並指定分管宣傳工作的省委書記吳南生負責處理這件事，吳南生多次接見“李一哲”成員，和他們談話。
一九七九年一月二十四日下午，習仲勳和吳南生等省委領導在省委東一樓會議室接見李正天、陳一陽、王希哲、郭鴻誌等四人，與他們談話。習仲勳在聽取他們的意見後，表示尊重他們的意見，並提醒他們注意冷靜，防止被極少數人利用、鑽空子，要把不正確的觀點頂回去。習仲勳語重心長地對他們說：“你們的路還長，希望你們把路子走對，健康地成長。”當時正值春節前夕，習仲勳和省委還對他們過好春節做了安排。
這次談話後，習仲勳感到李正天等人仍有怨氣，有必要同他們再談一次。春節過後，他同吳南生等省委領導再次接見李正天等人，耐心細致地做思想工作。他說，最初定你們寫的東西為反動大字報，後來又定為反革命集團，你們如何發火，怎麼講都可以，因為我們搞錯了。我不隻是對現在的省委負責，還要對上屆省委負責，因為這是曆史上發生、發展起來的，事情雖然不是出在我手裏，但我也要承擔責任。他對李正天等人提出兩點意見：第一，當時那樣處理不對；第二，要諒解當時的情況，理解當時的曆史條件。習仲勳誠懇地對他們說，兩次談話都是交心的，你們的問題是曆史問題，但現在解決這個問題要當現實問題來對待，處理這個問題的意義主要是為了今後。我們的思想要解放，你們的思想也要解放。你們受這麼多罪，要控訴林彪、“四人幫”的極左路線，對這種錯誤路線我也反對，但對你們也是個鍛煉，要高姿態。我坐過多次監獄，坐共產黨的監獄就有兩次！我戴了腳鐐，還綁了很多繩子，你們沒有吧？現在有了民主，要正確使用民主權利，要劃清社會主義民主和資產階級民主的界限。