雖然戰亂紛飛的初平二年（191年）已經過去了，但是對這個戰亂的年代，諸侯爭霸、地方割據每時每刻都在發生，就在關東群雄虎視眈眈的時候，遠在長安城的朝廷之中也是陰雲暗布、暗流激蕩！
董卓回到長安後，威福更盛，盜用天子車服，並命尚書以下眾官有子皆至其相府稟報。又以其弟董文為左將軍，從子董璜為侍中、中軍校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏繈褓中嬰兒皆得封，男皆封侯，女為邑君。於長安築郿塢（今陝西眉縣東北），高、厚各七丈，其中積穀可用三十年。董卓又殘暴好殺，諸將稍有言語差失，立即處死，又以叛逆之名，大殺關中舊族。其倒行逆施引起朝臣強烈不滿。
而征討董卓的鬥爭並沒因為以袁紹為總盟主的關東聯軍撤退的停止，更是在關東諸侯在中原之地大打出手的時候，長安城中針對董卓的刺殺也是層出不窮。
其中，越騎校尉伍孚對董卓的倒行逆施十分痛恨，發誓要親手殺死董卓。一天，伍孚身藏佩刀，前來拜見董卓。交談完畢後，伍孚便告辭離去。董卓起身出門相送，用手輕輕拍著伍孚的後背，表現出極其親切的樣子。伍孚瞅準機會，猛地抽出佩刀向董卓刺去。由於殺人心切，用力過猛，失手沒刺中要害。董卓大驚，慌忙奮力反擊，並急呼警衛出手相救，這才脫離危險。伍孚在與警衛鬥爭過程中，由於寡不敵眾，被亂劍刺死。事後，董卓大罵伍孚包藏禍心，不講仁義。
初平三年（192年）四月，司徒王允、尚書仆射士孫瑞與董卓的親信呂布共同密謀誅殺董卓。之前，王允先後與司隸校尉黃琬、尚書鄭公業、執金吾士孫瑞等人多次商議誅殺董卓的事情。
王允與士孫瑞、楊瓚借登台拜神為名，又一次秘密商量廢除董卓的事宜。士孫瑞說：“自從去年年底以來，太陽不照，淫雨不斷已達六十多天，我們應該讓這種不利國家和老百姓的時期盡快結束。現在，時機大好，我們正可趁天下沸騰之際，主動采取措施，消滅罪魁禍首！”
士孫瑞意在提醒王允可借天時地利人和之機除掉董卓。王允同意士孫瑞的意見，可是考慮到董卓平時戒備森嚴，而且他本人武力過人，如果不采取周密措施，恐怕不易得手。於是，王允便物色了董卓的親信呂布作內應。
而呂布年青勇猛，武力超群。起初董卓對他深為喜愛和信任，收他為義子，並提拔他擔任騎都尉。後來，董卓又遷呂布為中郎將，封他為都亭侯。董卓把呂布當作自己的貼身侍衛。不管董卓走到哪裏，呂布總是形影不離，負責保護董卓的生命安全。
一次，呂布不小心得罪了董卓，董卓大怒，隨手抽出刀戟向呂布擲去，幸虧呂布眼疾手快，才得以幸免。當時，呂布並沒直接頂撞董卓，而是立即向他謝罪道歉，董卓便不再追究，以後也根本沒把這件事放在心上。
可是，呂布卻從此心懷私恨，雖然貂蟬已經嫁給了魏延，但是生性風流的呂布又與董卓的婢女私通，心中十分不安。王允把誅殺董卓的計劃告訴呂布，並要求他充當內應。起初，呂布不同意，他說：“奈何（我和他）如同父子一樣！”王允開導說：“你姓呂，他姓董，又不是骨肉親情。況且董卓現在是人人得而誅之的國賊，你難道還認他作父親嗎？他向你擲刀戟的時候，把你當兒子看待嗎？”不過這呂布也是生性涼薄之人，在此前更是有殺死自己義父丁原丁建陽的前科，此時在王允的敦促下，呂布最終就是順階而下的答應了。
在一切準備就緒，正好逢上皇帝大病初愈，朝中文武大臣都集會於未央殿，恭賀天子龍體康複。呂布借此機會，事先安排同郡騎都尉李肅等人帶領十多名親兵，換上衛士的裝束隱蔽在宮殿側門的兩邊。董卓剛到側門，便遭到李肅等人的突襲。董卓大駭，慌忙向呂布呼救。呂布正襟危坐，大聲道：“我們是奏詔討殺亂臣賊子，你死有餘辜！”絕望中的董卓雖然奮力反抗，但已無濟於事，當場被殺，並誅連三族。
在董卓被殺，朝廷上下一片歡騰。董卓禍國殃民的行徑，激起了天下人們的極度痛恨，鏟除董卓，不僅順應時代潮流，而且合乎天下民心。它的意義不僅僅隻在於謀殺董卓一名國奸臣，而且還深刻影響著東漢末年的曆史進程。司徒王允，用自己對朝廷的赤誠和一身正氣贏得了鏟除董卓鬥爭的勝利和世人的稱讚。董卓被殺後，王允“錄尚書事，總朝政，遣使張種撫慰山東”。
作為誅殺國賊的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉賞和廣大人民的稱讚。於是，王允態度開始發生改變，似乎有些飄飄然起來：“連董卓這樣不可一世的大奸賊都死於我的手下，我還有什麼可懼怕的呢？”他便對任何人、任何事情都無所謂，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在際會，每乏溫潤之色，杖正持重，不循權宜之計，是以群下不甚附之。”每當群臣集會，王允很少像以前那樣和大家推心置腹，共同商討權宜之計，而是正襟危坐，麵無和悅之色。慢慢地，群臣也不再像以前那樣推崇和擁護他了。