絲緹娜·木原·萊夫雷恩的計劃解救了用於“能力體結晶實驗”的春上衿衣和“遺棄兒童（置き去り）”。8月10日，遇到了散布儲值卡信封的布束砥信，以此為線索潛入樋口製藥·第七藥學研究所調查“量產型能力者計劃”，得知計劃已經凍結。8月15日，由於遇見了自己的體細胞複製體·禦阪9982號，得知了另一項實驗“絕對能力者進化計劃”正在進行，並目睹了禦阪9982號被一方通行的殺戮場景。由於自己與一方通行實力間存在巨大差距，美琴采用透過襲擊實驗的相關研究設施來阻止實驗的進行。8月19日，在襲擊水穗機構病理解析研究所時，遭遇到第四位麥野沉利統領的“道具”的襲擊。雖然最終摧毀該實驗設施，但實際上剩下的另一處設施·S製藥公司腦神經應用分析所才是關鍵，實驗項目被分散到183處移交設施。8月20日，認為“絕對能力者進化計劃”已經中止的美琴，在公園遇到了被自動販賣機吞錢的上條當麻，為上條表演了“四十五度斜角攻擊機械維修法”的絕技。但是，此時禦阪10031號的出現讓美琴發現，不管她摧毀多少個執行“實驗”的研究機構也沒有用，因為實驗會被其他研究機構接手，殘酷的實驗仍會繼續進行。8月21日，潛入位於第二十三學區的樹形圖設計者情報送受信中心，打算竄改計劃之後再將“樹形圖設計者”破壞掉，但卻獲知其已被不明熱源擊毀、“殘骸”業已被回收的情報，就此也失去了扭轉計劃的最後一步棋。在大鐵橋上，原本打算犧牲自己的生命拯救剩下的一萬名妹妹的美琴，被趕來勸阻的上條當麻的言行所動搖。目睹了上條當麻與一方通行的戰鬥，倚靠禦阪妹妹們的幫助，透過改變風的方向破壞了一方通行最後的招式等離子體。最終，學園都市最強的一方通行被上條打敗，實驗被凍結。8月22日，在探病上條的過程中，由於他的一句“餅幹還是親手做的比較好”而內心動搖。為送給上條自己親手做的餅幹，但又要避免太引人注目，為此來到佐天淚子的宿舍烤製餅幹。但當真的遇到上條時美琴卻隻顧臉紅心跳，餅幹最終也沒能送出去。8月26日，邂逅了人造少女菲布理。在得知菲布理的身份後，同夥伴們一起為拯救菲布理嚐試各種努力。8月30日清晨，在暗部組織“Study”對學究會會場發動恐怖襲擊之際，攻陷了“Study”的據點。在“Study”的有富春樹啟動計劃的“最終階段”之際，借由婚後光子的能力被送上平流層、透過禦阪網絡的演算獲取了導彈的軌道，在成功擊毀發射自外太空衛星軌道的導彈後，借助白井黑子的力量安全回到地麵。8月31日上午，為了擺脫偽海原光貴（=艾紮力）的糾纏而與上條假扮情侶，在聽聞上條對艾紮力守護美琴周遭的承諾後，心中產生前所未有的動搖。傍晚，在街頭遊蕩的禦阪美琴被尋找茵蒂克絲的上條撞了個正著，本打算順勢推銷自己的手機號碼卻被匆忙中的上條狠狠地忽略了。9月1日，在魔法師雪莉·克倫威爾操縱的石像襲擊白井黑子時及時解圍，並陪同白井黑子一起工作。而在警衛室的紅色警戒監視器中看到了上條當麻。因為擔心所以趕到地下街，但是不好意思說。極不情願地和茵蒂克絲一起被白井黑子使用“空間移動”帶離上條當麻轉移出被封閉的地下街。就“當麻跟女孩子在黑暗之中獨處令人好擔心”這點表示與茵蒂克絲倒是誌同道合。9月3日－6日，和白井、初春、佐天等人來到美國西海岸的超巨大人工島“學藝都市”參加廣域社會參觀，但意外的被卷入學藝都市與中美洲魔法結社“有翼者歸來”的暗鬥中，並發現了學藝都市暗藏的不可告人的秘密。麵對企圖徹底摧毀“學藝都市”的魔法結社，曾使用能力展開水之翼，擊毀了其五架巨大飛行兵器“太陽之蛇”，並在索綺特等人的幫助下成功阻止了魔法結社派出的“雲海之蛇”對搭載觀光客和一般從業員的救生艇的襲擊。9月上旬，當得知“樹形圖設計者”的“殘骸”被回收的情報後，為阻止實驗再開而展開行動，並與結標淡希幾度交戰。9月14日，追蹤搶奪“殘骸”的結標淡希一夥，曾使紅綠燈的配電疏失導致大塞車。更為白井黑子的卷入受傷而憤怒，在與結標對決時被其遁逃。最後，受傷的白井由上條救下，結標則被一方通行打倒。九月第三個星期五，美琴使用能力入侵管理學園都市所有情報的“書庫”，結果因為“守護神”初春飾利使用“最終密碼”將整個書庫密碼化（解讀一個檔案要上花兩百年）而選擇撤退。9月19日，大霸星祭首日，與上條當麻定下“懲罰遊戲”的賭注。曾前來為上條加油，並在借物競走中借用上條獲得優勝。投球比賽中，由於潛入比賽的上條當麻擔心美琴遭“速記原典”自動迎擊術式攻擊而表示出的對她的擔心，美琴顯得麵紅耳赤不知所措，還被上條當麻陰差陽錯地按倒在身下。中午時分，禦阪和上條兩家聚餐。下午在白井黑子的煽動下打飛了與茵蒂克絲有疑似“偷腥”行為的上條。在與白井在探病上條時看到了上條和茵蒂克絲間的“愉快場麵”。9月21日，大霸星祭的第三天，美琴的常盤台中學在比賽中與上條所在學校有了直接交鋒，並將上條的學校打得落花流水。9月30日，在對上條當麻的“懲罰遊戲”中再次假扮情侶，利用與上條一起簽下“隨身天線服務”的雙人契約而交換了手機號碼（不過美琴藉由血汗交織的大作戰所得到的成果，她的母親隻花三分鍾就入手了）。在用手機拍情侶親密照時被白井黑子打斷，此後又被禦阪10032號搶先下手，最後之作的出現更是讓美琴心情不爽。傍晚，在為繼續“懲罰遊戲”找尋上條期間目睹了科學天使“保險絲·風斬”，路遇茵蒂克絲和上條當麻後以“懲罰遊戲”名義要求上條當麻去拯救他們“重要的朋友”而由自己獨自應對獵犬部隊。因為被獵犬部隊打斷了對她更有意義的“懲罰遊戲”而表示非常火大，在戰鬥的同時通過手機給予茵蒂克絲相關知識。小說第14卷的“C文書”事件中，在接到上條的電話時顯得非常慌亂，稍後通過看似被毀壞實際上還保留通話的上條的手機，從上條當麻和左方之地的對話中得知上條失憶的事。小說第16卷中，因為上條的記憶喪失而思緒混亂的美琴，在街頭遊走時目擊到了上條因建宮齋字等人的足球惡作劇而降頭部埋入五和胸部的大事件。為獲取“出浴呱太掛飾”收集印章而來到第二十二學區的都市浴場，卻因遇見了同浴的茵蒂克絲和五和使得內心更加煩躁而在浴池中溺水。在被後方之水的“驅散閑人”符文驅離了戰場的途中，美琴遇到了正拖著瀕死的身體衝向戰場的上條。為了阻止上條當麻，她毫無任何打算和顧忌地，把自己心中的話全部吐露了出來，並終於認識到了深藏在內心深處的那份感情。10月17日，當心神不寧的美琴在街上遊蕩遇到了上條時大腦則完全處於空轉狀態。當上條對其在人前穿著裙子使出高踢腿這種行為建議她“自重”後，居然做出往自動販賣機裏塞零錢的異常舉動。最後因為心情感到愉快的胡亂放起電來。10月18日，美琴由於突然接到遠在英國叛亂中心的上條的電話顯得很慌亂並有所期待，告訴自己“硬抽一點時間出來也不是不可以”，但電話內容卻是被拜托傳授地鐵電子鎖打開的方法。10月30日，在發現上條當麻身處第三次世界大戰的中心後，擊垮原本的乘客－學園都市的上條當麻討伐部隊登上了飛往俄羅斯的學園都市超音速轟炸機。在俄羅斯，目睹了空中要塞“伯利恒之星”的形成。從三千米高空利用磁力著陸後，於駐紮在俄羅斯的禦阪10777號相遇，並一起阻止了俄羅斯成教方麵獨立部隊戰略核彈頭的發射和強行引爆。其後，通過由禦阪10777號駕駛VTOL戰機接近下落中的“伯利恒之星”試圖搭救上條，但是被上條當麻拒絕。最終，在回到地麵後於北冰洋沿岸找到了上條遺落的呱太手機吊飾，以為上條已經罹難。新約11月5日，焦慮中的美琴路遇以爛醉者姿態出現、從俄羅斯複還的上條當麻，本來激起了久違的熱血，但很快就被接二連三出現在上條麵前的**少女們埋沒在背景裏了。深夜的大鐵橋上，美琴將大戰中遺失的呱太手機吊飾交還給了上條，並握住即將再次踏入戰場的上條的手，做出“這次你不會落單了”的宣言。11月10日，隨同上條當麻、蕾薇妮雅·柏德蔚等人來到夏威夷，參與討伐魔法結社“搗蛋鬼（音譯:格雷姆林）”的行動。夏威夷事件後，麵對意識到被利用而陷入動搖並決定挽回失敗的上條，表示出“你我都走在同一條路上”的決心[58]。《新約》第5卷中，一端覽祭前日，來到上條當麻的學校搜尋上條，並跟中途遇到的女孩（=月詠小萌）一同在學校內四處參觀。在得知上條當麻行蹤後去找上條，結果被誤認她是雷神索爾化身的上條觸碰了胸部。《新約》第6卷中，一端覽祭首日，在雷神索爾的引領下與上條當麻回合，在與歐雷爾斯陣營的十字教的聖人布倫希德·愛克特貝爾的較量中勢均力敵，還利用戰鬥的空擋支援陷入絕境的上條當麻。《新約》第8卷中，隨同上條當麻、茵蒂克絲、蕾薇妮雅·柏德蔚及蕾莎等人搭乘超音速爆擊機前往位於東京灣的“搗蛋鬼”據點“船之墓場”。在途徑東京上空遭到“搗蛋鬼”魔法師弗雷亞製造出的紅色惡龍（1#）襲擊，因機體被解體而降落到東京鬧市區，搭救了自飛機自由落體的茵蒂克絲。當上條當麻與魔法師弗雷亞戰鬥、被從疾馳的地鐵車廂頂部拋落之際，用左手救下了命懸一線的上條（右手則抓著茵蒂克絲）。