在神奇寶貝世界的真新鎮上，有一位真新鎮居民都知道的神奇寶貝少年，他叫小天他對神奇寶貝的能量方塊的製作是真新鎮最好的也是最獨特的他製作的能量方塊不僅神奇寶貝喜歡，而且能夠快速的回複神奇寶貝的體力，這也幫助了真新鎮很多的居民和大木博士。
今天小天和以往一樣回到了大木博士的家裏對大木博士說“爺爺，我的初始神奇寶貝到了沒有啊，我可是把能量方塊的製作方法都交給神奇寶貝聯盟了哦，明天我就要出發去旅行了，要是還沒到的話我可要去神奇寶貝聯盟抗議了哦。”
大木博士?笑著說“你的初始神奇寶貝，已經在剛才聯盟就送過來了，真不知道你怎麼想的竟然向聯盟提出要小火龍，雖然你要的是閃光的，但是你就不能要其他的神奇寶貝嗎，小火龍我就可以給你準備啊！”
小天不在意的說“我不是怕要稀有的神奇寶貝聯盟會不同意嗎，再說了我也不想為了我的事，爺爺再去拖關係走後門啊，那多麻煩啊。”
大木博士無奈的說“你這孩子啊老是這樣我都是你爺爺了什麼麻煩不麻煩的，都是一家人搞得這麼客氣幹什麼，好了時間也不早了你早點上樓睡覺吧，小茂都已經去睡了，不要明天起不來耽誤了你旅行的時間啊。”
小天點點頭“好的，我知道了爺爺你也早點休息啊。”
小天上了樓走進房間關上門躺著床上想著時間還過得真快啊我已經在神奇寶貝世界度過了九年時光了。其實其他人不知道的是小天並不是這個世界的人，他來自地球是一個普普通通的高中生，因為就人被汽車撞死了又正好被創始神看見認為現在還有這麼善良的人不容易所以才答應他實現四個願望第一個是穿越到神奇寶貝世界第二個是擁有能夠自動生產能量方塊的空間第三個是有操縱重力的能力第四個就是擁有一雙可以探查神奇寶貝的戰力指數和等級。
在小天穿越到神奇寶貝世界的時候他還是一個嬰兒，正好被路過的大木博士撿到，大木博士看他怪可憐就把小天帶到研究所收養了，在此以後小天也就成了大木博士第二個孫子。
通過這九年的時光小天了解到了這個世界神奇寶貝的實力是分等級的低級中級高級精英準天王天王亞神獸神獸超神獸每個層次又分低中高三個階段用戰力劃分的話分別是低級100中級500高級1000精英5000準天王10000天王50000亞神獸100000神獸500000超神獸就是1000000以上的都是超神獸。
小天想著想著就睡著了。第二天，小天很早就起床了，下樓時看到小茂已經在樓下了開玩笑道“今天是什麼情況啊，小茂你怎麼起得這麼早啊，太陽從西邊出來了。”
小茂聽了臉一下就紅了說“小天你就不要取笑我了，對了你的神奇寶貝到了沒有啊。”
小天回道“到了，昨天晚上到的我還沒有拿到估計要和你們一起去爺爺那裏領了。”
小茂羨慕的說“你可開心了，有一隻閃光的小火龍，我也好想有一隻閃光的神奇寶貝啊。”
小天安慰到“會的你肯定也會抓到閃光神奇寶貝的，對了爺爺呢他一大清早的跑哪裏去了啊？”
“爺爺，他去拿神奇寶貝圖鑒去了，很快就會過來了。”小茂說
正當小天他們說著的時候研究所的門打開了走進來一個紮著馬尾辮的女孩和一個短頭發的男孩進來了。
小天看著兩人說道“小娜，小層早上好啊，你們來的還真早啊。”
小層說“這還早啊，我可是一晚上都興奮沒睡著呢，恨不得晚上就過來了。”
小娜也說道“是啊，我一開始也興奮的睡不著，到一點才睡著的呢。”
大家就這樣坐在研究所裏聊天在九點鍾的時候大木博士從房間出來了問道“人都到齊了嗎，時間不早了，可以過來領神奇寶貝了。”
小天看了看說“小智還沒有到可能因為太興奮睡過頭了吧，爺爺要不我們再等等他。”
小茂不耐煩的說“等什麼啊，他這個人一直都喜歡遲到，總不能就因為他一個人就讓我們一起在這裏等他吧。”
大木博士看了看天色說“小茂說的也對，你們先領吧，小智的我等他來了我在給他。”
大木博士拿出三個精靈球說“這裏有火係的小火龍，水係的傑尼龜，草係的妙蛙種子你們自己選吧。”
小茂第一個說話“我要傑尼龜。”