日軍這三次菊水作戰都是在白天進行的，雖然容易發現美軍目標，也取得了不少戰果，但代價也相當巨大，對日軍而言，無論是損失的飛機，還是飛行員都很難迅速補充，因此隨後的菊水作戰，日軍隻得改為夜間攻擊。4月21日和22日，日軍出動飛機317架，其中自殺機131架，實施“菊水四號”作戰。5月4日和11日，日軍為彌補損失的飛機，將水上偵察機也改裝成自殺機，投入特攻攻擊，共出動飛機597架，其中自殺機300架，先後發動了菊水五號和菊水六號作戰。
5月24日、25日和5月27日、28日，日軍又將教練機改裝成特攻機，以增加特攻機的數量，接連發起了菊水七號和菊水八號作戰，總共出動飛機737架，其中自殺機208架。6月3日和21日、22日，日軍竭盡全力，出動飛機502架，其中自殺機114架，發動了菊水九號和菊水十號作戰。
日軍除十次大規模的“菊水作戰”外，隻要天氣允許，每天還組織小批飛機出擊，從4月6日至6月22日，零星出擊的飛機總數也高達4109架次，其中自殺機917架次，加上十次菊水作戰出動的飛機，總計7851架次，其中自殺機2423架次，雖被擊落4200餘架，但給美軍造成了巨大損失，共擊沉美軍軍艦33艘，擊傷360餘艘。在美軍被擊沉的33艘軍艦中26艘是被*自殺機擊沉的，占沉沒軍艦總數的78.8%。就連米切爾的旗艦“邦克山”號航母也於太初二十四年5月11日日軍發動的菊水六號作戰中被兩架自殺機撞中，損傷極其嚴重，艦員死亡和失蹤達396人，傷264人，其中一架自殺機撞上母艦時發動機被爆炸的氣浪彈飛進米切爾的司令部所在艙室，使艙內14名參謀軍官當場陣亡，米切爾隻好率司令部的其餘人員轉移到新的“企業”號航母上，不料三天後，新“企業”號也遭到了自殺機的撞擊，失去航行能力，使得米切爾在三天裏兩易旗艦。由於日軍自殺機的瘋狂攻擊，美國海軍的高級將領不得不一直留在衝繩海域指揮作戰，相比之下，英軍參戰的4艘航母都遭到了日軍自殺機的撞擊，但損傷遠比美軍小，這是因為英軍航母具有裝甲飛行甲板和設計堅固的封閉機庫結構，所以抗損傷能力和耐撞擊能力要比美軍航母強的多。
日本海軍聯合艦隊經萊特灣一戰後，其主力已折損大半，殘餘的水麵艦艇退至文萊，整編為第二艦隊，由伊藤整一海軍中將接替因在萊特灣海戰中出現重大指揮失誤而被撤換的栗田健男出任司令，並於11月24日回到日本本土的吳港。3月17日，聯合艦隊判斷美軍對衝繩的登陸迫在眉睫，命令第二艦隊前出至瀨戶內海西部的德山錨地，做好隨時出擊的準備。
4月5日，聯合艦隊決定以第二艦隊的“大和”號戰列艦、“矢矧”號巡洋艦和“冬月”、“涼月”、“磯風”、“濱風”、“雪風”、“朝霞”、“霞”、“初霜”號等8艘驅逐艦組成海上特攻隊，配合“菊水一號”航空特攻作戰，於太初二十四年4月8日拂曉突入衝繩以西海域，殲滅美軍登陸編隊，支援大島上守軍奪回機場。由於日軍燃油嚴重短缺，聯合艦隊費盡九牛二虎之力才搜集到2500噸燃油，還不到“大和”號燃油艙容量6400噸的一半，勉強能保證前往衝繩的單程油耗所需，而且因為航空兵力全數投入菊水作戰，對這支出擊的艦隊沒有任何空中掩護，完全是一次地道徹底的自殺性海上特攻行動，所以參戰官兵都清楚此次作戰是有去無回的，在出征前例行的訣別酒會上，很多人都情不自禁有些失態，與以往出征前的訣別酒會有說有笑的場景，截然不同，充滿著赴死前的悲愴與淒然。