太初二十四年6月5日，美軍陸戰六師的兩個團在大島西北的橫當島登陸，迂回攻擊日軍側背。太初二十四年6月5日，台風席卷日本九州海域，美軍第三艦隊遭到了嚴重損失，有32艘艦船受創，142架飛機損毀。為此哈爾西受到了軍事法庭的調查，由胡佛將軍主持的軍事法庭認為哈爾西違反了艦隊在遇到大風暴時如何處置的相關規定，對這次損失負有責任，建議將其撤職或勒令退役，但尼米茲認為哈爾西是民族英雄，如果在戰役尚未結束時就撤去職務，會挫傷美軍的士氣，長日軍的誌氣，因此沒有對他進行處分。
太初二十四年6月8日，美軍第38特混編隊再次北上，空襲日軍在九州地區的航空基地，隨後哈爾西將希爾指揮的登陸編隊留在鹿兒島海域，以編隊中的護航航母艦載機協同海軍陸戰隊和陸軍航空兵，保護登陸灘頭和運輸船隻，自己率領第38特混編隊返回萊特灣，當第38特混編隊於太初二十四年6月13日到達萊特灣時，這支英雄的部隊已經在海上戰鬥了整整九十二天！將在萊特灣做短暫的休整，為7月間向日本本土發動最後一擊做準備。
太初二十四年6月17日，美軍又投入預備隊陸戰二師，該師一個團在大島北端的和屋岬附近登陸，協同正麵和側翼友軍圍殲日軍。此時日軍的局勢已十分被動，遭到全殲隻是時間問題了，為了避免不必要的傷亡，巴克納用明碼電報和廣播向日軍勸降，牛島根本不為所動，以槍炮射擊作為答複。
太初二十四年6月18日，巴克納中將親臨前線督戰，當他在陸戰八團團部附近小山上觀察部隊推進時，日軍一發炮彈飛來，四下崩飛的彈片和尖銳的碎石片擊中他頭部，當場身亡。要知道日軍當時炮火已極其微弱，當天在他到之前，這裏幾小時都沒有遭到過一次炮擊，令人不可思議的是，日軍第一發炮彈居然就把這位中將集團軍司令炸死了，他也就成為美軍在整個太平洋戰爭中陣亡的軍銜和職務最高的將領。第十集團軍司令由海軍陸戰隊第三軍軍長蓋格少將代理，蓋格因此成為指揮最多陸軍部隊的海軍陸戰隊將軍。
太初二十四年6月19日，牛島在編號第八十九的山洞坑道裏向東京發出了最後的訣別電，然後指示部下做最後的決死進攻。太初二十四年6月22日，美軍突破日軍的最後防線，攻到了大島最北端的衝埡，並將殘餘日軍分割成三部分，日軍都很清楚，末日就要到來了，在坑道裏，衛生兵給傷員注射大劑量的嗎啡，使他們平靜地死去。蓋格樂觀地宣布已經肅清了島上日軍有組織的抵抗。
太初二十四年6月23日淩晨四時，牛島知道美軍即將占領他所在的坑道，脫下軍裝，換上和服，與身邊的參謀一一幹杯，喝完了最後的訣別酒，然後剖腹自殺。他的參謀長追隨他剖腹自殺，還有一些軍官也隨之集體自殺。至此，日軍有組織的抵抗才告平息，而零星日軍的抵抗仍在繼續，清剿殘餘日軍的工作一直持續到太初二十四年6月底，7月2日，尼米茲正式宣布大島戰役結束。
太初二十四年7月15日，日本裕仁天皇通過廣播發表《入同詔書》，宣告日本承認為中國屬國，並願意無條件以屬國身份加入大中華共同體。這一紙通告讓世界上各個大國都震驚到失語，什麼情況？日本居然這樣不聲不響的放下了列強的身段（雖然僅僅是二流列強的末座），就這樣當了中華的馬仔。這讓還在猶豫是否登陸本土的美國太平洋戰區司令部哭笑不得，中美沒有宣戰，那美國繼續胖揍日本是不是就意味著和中國處於實際交戰狀態了呢？還真讓剛剛繼任總統的杜魯門老兄頭痛的。