9月11日下午，梁漱溟在大會上談了他對貫徹執行總路線的三點意見，大意是：一、實現國家工業化，不能隻注重發展重工業，還要注意相應地發展輕工業、交通運輸業等，對此也應列入國家計劃。二、完成國家建設計劃，靠的是廣大群眾，因此要重視做好群眾工作。工業建設可依靠工會組織，發展農業應依靠農會。但農會土改後已作用漸微，隻好靠鄉村的黨政幹部了。而目前鄉村幹部的作風存在問題很多，須多下教育工夫。三、關於農民問題。進城之後，工作重點轉移於城市。近年來，城裏的工人生活提高得快，而鄉村的農民生活卻依然很苦。有人說，如今工人的生活在九天，農民的生活在九地，有“九天九地”之差，這話值得引起注意。搞建設如果忽略或遺漏了農民，那是不相宜的。尤其中共之成為領導黨，主要亦在過去依靠了農民，今天要是忽略了他們，人家會說你們進了城，嫌棄他們了，這一問題，希望引起政府重視。
那天的會議，毛澤東沒參加，但梁漱溟在會上的發言，卻很快被彙報到他那裏，引起了他的不滿。
第二天，即9月12日，參加政協常委會擴大會議的人員，列席中央政府的第27次會議。會上，毛澤東即席發言說：“有人不同意我們的總路線，認為農民生活太苦，要求照顧農民。這大概是孔孟之徒施仁政的意思吧。然須知有大仁政、小仁政者，照顧農民是小仁政，發展重工業、打美帝是大仁政。施小仁政而不施大仁政，便是幫了美國人。我們今天的政權基礎，工人農民在根本利益上是一致的，這一基礎是不容分裂，不容破壞的！”
毛澤東可能考慮到老朋友的麵子，沒有點出梁漱溟的名字。但梁漱溟心裏明白，批評就是衝著他來的。他覺得這裏麵肯定有誤會，憑著多年老朋友的關係，他要當麵找毛澤東把事情說清楚。於是他提筆給毛澤東寫了一封信，一是指出毛澤東的批評不當，請予以收回；二是他願當麵向毛澤東複述他發言的內容，以消除誤會。
9月13日上午，梁漱溟在會場上將信直接交給毛澤東，毛澤東答應晚上找他談話。這天晚上懷仁堂舉辦京劇晚會，二人見麵時，離晚會開始隻剩下20多分鍾。急於要澄清問題的梁漱溟見時間不多，便不及細談直接要求毛澤東解除對他的誤會，而毛澤東則堅稱梁漱溟是反對總路線之人，隻是不言明或不承認而已。二人言語間頻頻衝突，最後不歡而散。
梁漱溟不肯就此罷休，9月16日再次登上大會講台為自己申辯，遭到了周恩來和毛澤東的批評。
9月17日，周恩來在大會上做了長篇發言，在周恩來講話過程中，毛澤東不時插話，言辭激烈。
對於中共領導人的批評，梁漱溟心裏十分生氣和不服氣，在9月18日大會上發言時，梁漱溟視一切於不顧，當場要求發言作答。遺憾的是，會場上一些人不讓他再講下去，他隻好求助於毛澤東。梁說，現在我唯一的要求是給我充分的說話時間，同時我也直言，我還想考驗一下領導黨，想看看毛主席有無雅量。毛澤東說，您要的這個雅量，我大概不會有。梁緊接著說，主席您有這個雅量，我就更加敬重您；若您沒有這個雅量，我將失掉對您的尊敬。毛澤東又說，這一點雅量還是有的，那就是您的政協委員可以當下去。這時，已是針尖對麥芒了。梁說，這一點倒無關緊要，我現在的意思是想考驗一下領導黨，看看黨倡導的自我批評是真是假。毛澤東反駁說，對你是實行自我批評嗎？不是，是批評。梁還是堅持說，我是說主席有無自我批評的雅量……後來，由於會場氣氛緊張，不少與會者大喊，“梁漱溟滾下台”。到了這個時候，毛澤東口氣略緩，說，梁先生，你今天不要講下去了，給你10分鍾，好不好？梁即答，10分鍾怎麼夠？希望主席給我一個公平的待遇。會場再次嘩然。最後有人提出交付表決。表決時，毛澤東等少數人舉手讚同梁漱溟講話，而大多數人則反對，梁還想再說一句話，會場上立刻有人大呼：“服從決定，梁漱溟滾下來！”梁漱溟被轟下了台。
分歧發生後，梁漱溟曾主動提出要閉門思過。他給主持全國政協工作的陳叔通副主席和李維漢秘書長寫信，要求請長假，“容我閉門思過”。請示到毛澤東那裏，毛澤東並不讚成梁漱溟閉門思過，因此，他沒有直接答複。李維漢派人告訴梁漱溟：“今後可以這樣辦：需要出席的會議和活動，通知照發，但參不參加自便。”
晚年毛澤東批示：可惜沒有梁漱溟
從1953年9月後，梁漱溟仍然是全國政協委員，他的工資照發，對他也沒有進行任何正式處分。
梁漱溟能主動閉門思過，與何香凝的幫助分不開。梁漱溟幾十年後在回顧這段曆史公案時曾說：“何香凝先生的發言在當時和事後，有三點引起我的注意。第一，在那種場合，她是唯一在發言中明確肯定了我過去是反蔣抗日的。也就是說，我並不是一生中對國家、民族沒有做過一件好事的人。何先生說的是事實。那時候，因日寇進攻廣西，桂林失守，我們退到賀縣百步，我在那裏主持民主同盟的發展工作，有許多反蔣抗日的朋友在那裏，何先生是大家所敬重的一位。我同她時常見麵，對時局的看法亦很相近。第二，她的語氣緩和，發言中左一個梁先生，右一個梁先生。這在當時，發言者除毛主席等少數人還時而對我這樣稱呼外，大多數人都對我直呼其名。第三，她提醒我要閉門改過，補救前途。這是使我醒悟自己不該與毛澤東頂撞的最早的規勸之言。”