實行分稅製財政管理體製後，我國政府間財政轉移支付由體製補助、稅收返還、專項補助等各種形式構成，1995年後又實行了過渡期轉移支付辦法，增加對一部分困難地區的補助。但是，目前的轉移支付辦法還不規範、不科學，離實現各地基本公共服務水平均等化、強化中央政府宏觀調控的目標有很大差距。這主要表現在：一是一般性轉移支付製度還不規範。分稅製改革後實行的稅收返還，是在原體製基數法上演變過來的，對由於曆史原因造成的地區間財力分配不均的格局基本沒有觸動。同樣，目前實行的體製補助和上解更是從原來體製延用過來的。二是中央對地方專項補助（撥款）分配和使用與財政分級管理的原則不相適應。相當部分專款用於地方事權範圍和支出，體現中央事權和宏觀調控的作用不夠。分配的辦法也有待於進一步規範。三是中央政府有關部門管理的某些補助地方的資金，如預算內基本建設投資、技術改造、農業開發投資等，還沒有統一納入中央政府對地方的轉移支付範疇，與財政轉移支付資金的統籌運用存在脫節現象。
6．進一步完善分稅製財政管理體製的思路
(5)政府間財政轉移支付製度還不規範、不科學
完善分稅製，筆者的觀點是：總體上是“分稅”不“分征”，在分配好各級政府財力、稅基的同時，輔之以必要的配套改革，降低征納成本，提高稅務行政效率。
(1)形成科學、完善的分稅體係
①正確劃分中央與地方的稅收立法權。
基本原則是：在確保中央稅收立法權的同時，逐步擴大地方政府的稅收立法權，充分發揮地方權力機關在立法方麵的積極性。中央的立法權主要包括稅收基本法、稅收程序法、處罰法、中央稅、共享稅和全國統一開征的地方稅。對於一些區域性、地方性稅種，可根據各地實際需要和可能，由地方各級權力機構行使立法性職權，由地方政府在稅收基本法範圍之內確定開征，稅率的高低和稅基的寬窄由地方調整，但應報全國人大常委會備案，全國人大常委會有權對損害國家整體利益的地方稅收法予以廢止或指定修改。
②建立完善的稅收體係。
加快現行稅製的改革步伐。擴大增值稅的征收範圍，將建築業和運輸業並入增值稅的征收行列，並實行消費型增值稅；將企業所得稅與外商投資企業和外國企業所得稅合並統一為企業所得稅；將個人所得稅改為綜合征收；將現行房產稅、城市房地產稅、城鎮土地使用稅以及土地出讓金等稅費合並，統一開征物業稅；把車船使用稅和車船使用牌照稅合並為統一適用的車船使用稅。
開征新的稅種，主要是社會保障稅、遺產與贈與稅、環境保護稅、證券交易稅等；適時廢除屠宰稅、筵席稅、印花稅和固定資產投資方向調節稅。
改革後的稅收體係包括18個稅種。流轉稅類：增值稅、消費稅、營業稅和關稅。
所得稅類：企業所得稅、個人所得稅、社會保障稅。財產稅類：物業稅、車船使用稅、遺產與贈與稅。資源稅類：資源稅、燃油稅、耕地占用稅、土地增值稅。行為稅類：環境保護稅、車輛購置稅、證券交易稅、城市維護建設稅。
③優化稅製結構。
稅製結構是指一個國家依據本國國情和財政上的需要，由若幹不同性質和作用的稅種組成的有主有次、互相配合、結構嚴密的稅收體係。優化稅製結構是合理劃分稅權的基礎。我國目前的稅製結構雖然是流轉稅和所得稅為主的雙主體的模式，但實際上我國是以流轉稅為主，2004年流轉稅比例高達69. 2%，而所得稅比例太低。流轉稅剛性太強，不利於對經濟運行的總體調控，而所得稅過低既不利於經濟的反周期調節，也不利於調節收入分配。因此，結合我國構建和諧社會和維護社會公平分配的基本國策，應提高所得稅類的比重，同時考慮基層財政的困難，適當提高財產稅的比例。稅製改革前後的結構對比見表6 -5 -1。
④中央與地方稅收收入歸屬權的劃分。
中央與地方稅收收入的歸屬權的具體劃分。筆者以為劃分稅權的基本原則是：首先保證中央的收入比重在60%左右，並且稅源要相對穩定，其次是共享稅應是各級政府稅收收入的主體，最後是保證基層政府有穩定的收入履行其職能。因此在劃分時把收入比重高，稅收負擔分布廣泛的稅種劃歸中央，將那些與地方經濟和社會事業發展關係密切、稅源分散、適合地方征管的稅種劃為地方稅收收入。同時，將某些與經濟發展直接相關的主要稅種作為中央與地方的共享稅收收入。具體劃分如下：
中央獨立稅：消費稅、關稅、進口增值稅、車輛購置稅、燃油稅、社會保障稅。
省級獨立稅：營業稅。
縣級獨立稅：物業稅、車船使用稅、遺產與贈與稅、城市維護建設稅、土地增值稅。
中央、省級、縣級共享稅：具體稅種和分成比例見表6 -5 -2。