到目前為止，我國社會組織管理仍然實行“雙軌製”，即登記注冊和日常監管分別屬於不同的政府部門和主管單位。在完全有序運行的情況下，對於依法注冊的社會組織，民政部門更多地關注其是否符合成立條件，以及是否有違規行為，並根據“硬杠杠”決定其生死存亡；而相關主管部門更關心該組織活動的社會效益，並根據其發揮作用的大小作為評優的依據。至於該組織注冊資金多少、是否有固定辦公地點和專職工作人員、內部工作人員待遇等，則往往不在評價指標當中。比如，各省社會科學界聯合會每年表彰先進學會、科普活動先進集體、共青團表彰優秀青年社團等，經常會涉及一些沒有按時換屆、缺少注冊資金、民政部門要求“限期整改”的社會組織。一邊是“不合格”的認定，一邊是“優秀社團”表彰，這是雙軌製帶來的尷尬之一。在放寬社會組織登記條件以後，四類可以直接登記的社會組織不需要再為自己“找婆家”，屬於“主管部門負責”的監管事項事實上可能“無人負責”，這是雙軌製帶來的尷尬之二。同時，應該登記但事實上沒有登記的大量社會組織、青年社團，由於組織規模、社會影響均小並隨時變化，呈現出“碎片化”狀態，無論是民政部門或“理論上的業務主管單位”都鞭長莫及，事實上處於管理缺位狀態，甚至責任都無法追究。
3. 體製內青年組織與青年社會組織的關係缺少法理界定，導致吸引凝聚缺少政策支持
在我國社會轉型的過程中，共青團是最早對青年社會組織給予密切關注並自告奮勇承擔責任的“主管部門”。除了統一對青聯所屬的團體會員單位依法登記、年檢、活動指導、幹部培訓，對單位內部青年社團加強指導外，對於與共青團沒有直接聯係的各種青年自組織，也給予了密切關注，並進行了團結凝聚的大量探索。
早在1984年第一屆全國青年工作理論研討會上，團屬院校的專家學者已經開始討論“青年自發小群體”問題。2003年12月26日，團中央第十五屆二次會議通過的《全麵建設小康社會進程中共青團工作戰略發展規劃》（下麵簡稱戰略發展規劃）就明確提出要“堅持以改革的精神推進團的建設，研究新情況，解決新問題，創新基層團組織形式，構建聯係青年的新型紐帶，不斷增強團組織的生機與活力，努力擴大團組織的覆蓋麵和影響力”，並把加強青年社團建設擺在與青聯、學聯、少先隊組織建設同等重要的位置。強調“青聯、學聯和少先隊組織是中國青年組織的骨幹力量，青年社團是青年組織體係的重要組成部分。要充分發揮共青團組織在青聯組織中的核心作用，對學聯組織的指導作用和對少先隊組織的領導作用。切實加強對各類青年社團組織的管理和指導”。戰略發展規劃要求，對於青年社團，共青團要“按照‘一手抓培育發展，一手抓監督管理’的原則，認真履行管理和指導青年社團的職責，促進各級各類青年社團規範健康發展。圍繞青年多樣化需求，針對不同青年群體，依照有關法律法規，培育和發展各類青年社團。加強對網絡俱樂部、網友聯誼會、網絡社區等網上虛擬青年社團的跟蹤研究和正確引導”。這是共青團從戰略層麵對青年社團發展做出的積極主動的回應。
2014年2月25日，全團青年社會組織工作會議在上海召開，團中央書記處第一書記秦宜智在講話中指出：青年社會組織蓬勃發展對共青團與青年的關係產生了重要影響，做好青年社會組織工作是共青團擴大工作有效覆蓋的必然要求、服務青年發展需求的客觀需要、提高思想引領水平的重要舉措。要求對青年社會組織的工作突出“三個著力”：要主動發現和聯係青年社會組織，著力構建適應時代發展的青年工作體係；要大力培育和幫助青年社會組織，著力增強服務青年的有效性和針對性；要積極團結和引導青年社會組織，著力形成各方共同參與社會治理的正能量。對社會功能強、影響覆蓋麵廣的青年社會組織的吸納，要吸收其成為青聯、青企協、青科協、青年誌願者協會、農村青年致富帶頭人協會等組織的會員單位。在指導思想、工作目標、策略選擇層麵明確了共青團對青年社會組織工作的基本思路，體現了社會治理背景下麵對蓬勃發展的青年社會組織共青團對社會責任的主動擔當。北京、上海、廣東、浙江等地青年社團聯盟的普遍建立以及與共青團、青聯組織之間互動的日益頻繁，則在實踐層麵驗證了這一思路的社會價值。