南海諸島有豐富的海藻資源，尤其是熱帶性藻類，如聞名中外的海人草，南海諸島就是唯一的產地。
在西沙、中沙、東沙、南沙群島珊瑚礁盤上生長的藻類約有５００種。常見的有蕨藻、總狀蕨藻、網胰藻、團扇藻，乳節藻、棉絮藻、匐扇藻鬆藻、剛毛藻、石灰藻、仙掌藻、法囊藻、喇叭藻、粉支藻、海蘿、麒麟菜等。珊瑚礁上的海藻類有片狀絲狀、分枝狀等，按其顏色可分為紅藻、綠藻、褐藻、藍藻，有些藻類如麒麟菜、石花菜、瓊枝、鷓鴣菜、馬尾藻等均是提取玉脂或褐藻膠等工業原料的類群。這些藻類在這水下世界裏，既是其他動物的基礎餌料，也是必不可少的造礁成員之一。
馬尾藻俗稱海茜、海底藤、海藻、海草、玉草、茜米、龜魚茜、牛尾茜、台茜等。南海諸島產馬尾藻種類較多，估計有５０種以上，已知的約有３０多種，常見的種類有銅藻、裂葉馬尾藻、鋪枝馬尾藻、亨針馬尾藻、半葉馬尾藻、鼠尾藻、瓦氏馬尾藻、瓦針馬尾藻、羊棲菜等。產量大，分布廣；多盛產於珊瑚沙石底的礁湖區域，冬春季是繁茂生長期。自古以來，中國人民就以馬尾藻作為藥材和食品。在現代，馬尾藻是褐藻膠工業的重要原料，可以提取褐藻膠、甘露醉、碘和氯化鉀等。馬尾藻也是很好的農田海肥，個別種類可作食用、飼料和藥用。中藥上的“海藻”，就是多種馬尾藻，特別常用的是羊棲菜。據《本草綱目》上載，羊棲菜有主治“癭瘤結氣”、“利小便”、治療奔豚氣腳氣、水氣浮腫、宿食不消等功用。
海人草是熱帶性較強的多年生藻類，以東沙島為主要產地。這種藻類，藻體叢生，長５至２５厘米，暗紫紅色，軟骨質，幹後變綠色或灰色，分叉多，莖部因分枝早脫落而裸露，根部呈盤狀固著在礁石上，生長在２至５米深處的珊瑚塊中，成熟期在８月。采割後，一年又可複生，產量穩定。由於它是製造驅蛔蟲的主要藥物。還可治肺病、皮膚病等，加上世界上產地不多，因而經濟價值甚高。
海蘿俗稱紅菜、赤菜、鹿角菜，膠菜、紅毛菜等，主要有海蘿和鹿海蘿兩種。分布很廣、主要長在中潮帶和高潮帶下部的珊瑚礁石上，常成群叢生，成熟期１２至４月。海蘿體內含膠質很多，可提取膠漿，用作絲綢紡織品漿料的主要膠質原料，廣東名產雲紗就是用海蘿膠漿做漿料的。海蘿也是常用食品和草藥，主治風濕病和關節酸痛。
石花菜，在海南島叫“菜仔”。顏色紫、紅或黃綠，夏天即有背黃腹紅的顏色，呈不規則的叉枝，枝形扁平，用盤狀要固著在珊瑚礁的碎塊上。枝叉互穿成團，生於低潮麵１至２米處，再生能力強，采摘後殘體次年再收，一般夏天收獲。它是製造瓊脂即凍粉的主要原料。因含有豐富的膠質，除供食用外，還是造紙及絹絲織品的糊料和防水布、防水紙的塗料。在醫藥工業上，用作細菌培養基；食品工業上用來增加糖果的黏性和罐頭的凝固性能；在化學工業上則是雪花膏、牙膏的原料。
麒麟菜是南海諸島重要的珊瑚礁經濟藻類，僅西沙群島每年生產幹品達３００多噸，資源豐富，尚待開發利用。麒麟菜，在海南島叫“珍珠菜”。呈黃綠色到紫紅色，腹麵暗紅，往往呈團塊狀。長年生，分布在低潮海麵下１至２米的碎珊瑚上。其用途與石花菜一樣。據科學工作者考察，西沙群島海域條件優越，是人工種植麒麟菜的良好場所，還有一種“雞腳菜”也稱“麒麟菜”，它不呈團塊，分叉幼小而疏，有如雞腳，故名，海南人多醃成鹹菜佐膳。麒麟菜屬主要有麒麟菜、瓊枝和珍珠麒麟菜，其中的瓊枝是重要的海藻交漿工業原料，也可以提取瓊膠。瓊枝生長在珊瑚礁環境中，並以石珊瑚作為它生長附著的基質，常繁殖於大幹潮線以下１至２米的碎珊瑚塊上。
中國科學院海洋研究所的一個海洋藻類研究室就有研究人員從５０年代中期開始，多次到西沙群島進行科學考察，發表了有關西沙藻類的學術論文２０多篇，引起了國際國內學術界的重視。目前，他們已經基本掌握了西沙群島海藻的種類、分布、生長和生態的情況，初步查明了西沙周圍海域生長著藍、紅、綠、褐等底棲藻類大約有數百種，並且已采集製成標本。其中可以利用而市場上很需要的麒麟、江菜等經濟藻類，有３０種左右。同時，還第一次發現和采得了國內外目前罕見的新海藻種標本，在金銀島、晉卿島以及珊瑚島的海區內采到了中國粉枝藻、疣枝果絲藻，在東島海區內采到了纖細粉枝藻、單軸殖絲藻，這些為編寫《西沙海藻誌》提供了寶貴的資料。