自戰爭結束起——以及之前在對馬其頓和阿爾巴尼亞難民營中因塞爾維亞的壓迫和戰事被迫逃離科索沃的80多萬阿爾巴尼亞族科索沃人照管時——非政府組織就成為了科索沃國家和社會建設中最重要的活動主體之一。國際非政府組織，毫無例外都是西方國家的非政府組織，（通過民事軍事合作項目）同科索沃維和部隊、聯合國科索沃臨時行政當局特派團、歐洲安全與合作組織都展開了緊密的合作。此外，國際非政府組織還在建立和資助科索沃非政府組織方麵發揮著重要作用。
非政府組織在人道主義援助方麵特別積極和活躍。它們負責提供難民援助，幫助當地人重建房屋和學校、發展農業，為受傷居民和青少年建立心理社會服務點，努力改善居民的醫療狀況。此外，非政府組織還參與了科索沃的掃雷工作。特別得益於國際非政府組織的幫助，在戰後兩年內，科索沃320萬平方米（總領土的30%以上）麵積內的地雷得以清理。在初期重建工作結束之後，國際非政府組織更多地側重於促進種族間對話和民主化進程。西方非政府組織的另一大工作重點是致力於那些旨在改善科索沃社會中婦女地位的項目。
除了那些不依賴國家資金，也不受國家控製的獨立的國際非政府組織，在科索沃還有一大批和各民族國家政府有著較強關聯的非政府組織，也就是說它們部分地或者在相當大程度上由相應政府資助。其中包括芬蘭和瑞典的非政府組織，德國技術合作組織（GTZ），還有美國國際開發署。在戰爭結束初期，有45個非政府組織在科索沃工作。2000年中期已經有260個國際非政府組織和181個科索沃當地的非政府組織。在過去的幾年當中，科索沃當地的非政府組織增長很迅猛。2003年，在科索沃登記有2292個非政府組織，其中381個為國際非政府組織，其餘均為科索沃非政府組織。在過去的幾年裏，許多在1999年中期至2001、2002年來到科索沃的國際非政府組織將其活動移至世界政治的其他危機地區，特別是阿富汗。