國際社會在科索沃的首要任務之一是建立一個全新的司法製度。在國際專家的參與下，科索沃在很短的時間裏就建成了一個三級法院體製，包括鄉鎮法院（Municipal Courts）、地區法院（District Courts）和一個科索沃最高法院（Supreme Court）。在科索沃的某些地區，比如在被分割的城市米特羅維察，還任用了國際法官和檢察官。建立一個有效、公正的司法製度的工作主要由歐洲安全與合作組織分擔；由於基礎設施前提不足（比如沒有可以用來做法院和辦公室的大樓），由於缺乏訓練有素的法官和受過良好教育的司法人員，由於法律狀況依然不明朗，這一努力極其困難。
在審判權和司法管理方麵已經建成了一個製度，它為進一步改善科索沃的法治（Rule of Law）狀況奠定了基礎。但是，這裏顯然還有一係列的問題和不足。在西方專家看來，很多當地科索沃—阿爾巴尼亞族法官的判決是很成問題的，因為這些判決在很大程度上還是沿著民族路線做出的。此外，困難首先來自法製本身的混亂。一方麵，前南斯拉夫的法律依然存在；另一方麵又有聯合國科索沃臨時行政當局特派團的“規章”，它們是聯合國科索沃臨時行政當局特派團作為事實政府當局頒布的具有約束力的法律文件。另一個法律尺度是國際法官所做的判決，戰後頭兩年裏，這些法官在很大程度上是以本國的法律製度為導向的。
此外，在科索沃北部由塞爾維亞控製的一些地區有兩種法院結構並行存在，這也加大了在科索沃建立一個統一、有效的司法製度的難度。在米特羅維察、普裏什蒂納和吉蘭這些地區都存在有並行的塞爾維亞法院。在米特羅維察有一個並行的地方法院。同樣，利普連的鄉鎮法院位於塞爾維亞村Lepina，這一鄉鎮的下一級法院（地方法院）在塞爾維亞的尼斯（Nis）。在今天多為阿爾巴尼亞族人居住的吉蘭（Gjilan/Gnjilane）和斯特雷佩斯（Shtrpc/trpce），鄉鎮法院位於享有治外法權的塞爾維亞領土上，即弗拉涅（Vranje）和萊斯科瓦茨（Leskovac）。所有這些法院都處在位於貝爾格萊德的塞爾維亞司法部的控製之下，適用塞爾維亞法律，司法人員的薪水同樣也由貝爾格萊德支付。
建立一個為阿爾巴尼亞族科索沃主體居民和其他少數民族所共同認可的司法製度相當難，這也體現在大量未了結的司法程序上。這主要是一些帶有政治和民族意義的案件，有人向證人施加壓力，在某幾個關於科索沃解放軍犯罪行為的司法程序當中甚至出現了直接襲擊司法部門的情況。
正如聯合國開發計劃署的調查所證明的那樣，科索沃居民對審判權和司法當局的接受程度並不高，在少數民族塞爾維亞族居民當中，其被接受程度更低。在2003年的調查當中，被調查的塞爾維亞族人中僅有不到10%對法院和檢察院表示滿意。同樣，司法機關在主體居民中也不是很受歡迎。僅有41.6%（2003年7月）和38.4%（2003年11月）的阿爾巴尼亞族科索沃居民對科索沃的法院表示滿意。