第一階段劇情的最後，主角在探索的過程中不斷發現更多蟲族猖獗活動的痕跡，並聽從指揮官的命令不斷探索。但在調查某個可疑地點的時候，主角的隊突然遇到了大量的蟲族，倉皇之間想要撤退，但蟲海已經將他們完全包圍。
主角的隊在激烈的戰鬥之後，終於殺出一條路，與前來接應的隊會和，但就在這時，地底下突然毫無征兆地鑽出來一條沙蟲，一下子咬住主角的左臂，將他拖入了地底。
主角跟自己的隊失散了，等回過神來的時候，他已經來到了地底的洞穴中，這裏是蟲族的巢穴之一。
而從這裏開始，遊戲則是進入了第二階段的劇情。
主角使用防護服的潛行能力心翼翼地在蟲族的巢穴中尋找出口，遊戲的玩法也從FPS變成了潛行為主、射擊為輔，隻有在部分不被發現的情況下才能開槍消滅敵人。
主角在蟲族巢穴中要避開那些強大的蟲族，同時還要不斷地找尋出口，在這期間內，他所有的補給都來自於跟他差不多的被拖入蟲族巢穴的人類戰士。
這些人就不像羅舟這樣好運了，他們基本上都沒能逃出蟲族的巢穴，蟲族把他們的屍體殘骸啃食殆盡後，破爛的防護服、護甲板、能源塊等等，就全都堆積在了巢穴中。
每隔一段距離，羅舟都能找到一些蟲族的垃圾堆，在裏麵可以找到一些能廢物利用的補給品，以此維持自己防護服的能源和子彈的補給。
在第二階段，玩家基本上是處於完全孤立無援的狀態。跟外界的通訊被切斷，也無法很好地確定如何離開蟲族巢穴，物資極度匱乏，而且蟲族的數量完全超乎想象。
在這個階段，遊戲難度稍有提升，但並沒有提升到很高的程度。沒有了隊友的支援，主角必須自己解決所有的麻煩，這可能會讓玩家們回憶起隊友的好；即使拿到了資源也無法換成物資，想要獲得補給隻能去翻垃圾堆，不管是子彈還是能源都必須特別節省；見到蟲族也不能無腦開槍，而是要根據敵人的特點決定是要暗殺、射殺還是避開。
第二段劇情是類似於傳統迷宮的構造，玩家可以自由選擇路線，但最終還是會走到正確的路線上去。在成功逃離蟲族巢穴之後，主角成功跟隊恢複了聯絡，得知蟲族大軍正在源源不斷地發動進攻，隻有找到巢穴中腦蟲的位置才能遏製蟲族大軍。
於是主角再度返回蟲族巢穴，最終炸死了藏身在地底的腦蟲，非常驚險地逃出生。
這次事件之後，主角和隊成員受到表彰，繼續執行任務。
時間一晃來到數年之後，在這段時間內，人類不斷地擴展實際的控製範圍，同時拆解零件修複飛船和建造行星發動機的任務也在不斷地向前推進。
再次從軍營中走出來，羅舟抬頭就能看到遠處正在建造的行星發動機，那是一座一萬多米的巨大山峰，離得很遠就能看到。這是第一批修建的行星發動機，到目前為止隻是搭起了一個大框架，能夠看到無數的型飛船正在圍著它不斷忙碌。
即使是這種級別的工程，人類的進度也很快，畢竟是在跟死神爭分奪秒。隨著遊戲進程的推進，每次玩家看向行星發動機的時候都會詫異地發現它好像又完工了一部分。
主角因為之前摧毀蟲族巢穴的優異表現而得到指揮官的賞識，甚至能夠直接麵對星際火種計劃的最終負責人——最高執政官，從那裏直接領取一些極為特殊的任務。
這次主角領到了一個讓他有些詫異的任務，他要跟其他士兵一起協助進行星際飛船的修複工作，並警惕意外的發生。
修複星際飛船的議案從最開始就在討論中，但直到現在才開始著手進行。所謂“修複”，無非是把完好的飛船零件拚湊一下，拆東牆補西牆，補出部分能夠正常運行的星際戰艦。因為人類目前的科技尚不足以生產那些星際飛船的核心關鍵部件。
之所以這個議案到現在才著手進行，是因為在高層中始終存在著分歧和爭議。羅舟從最高執政官處得知，雖然表麵上看起來高層就星際火種計劃達成了一致，開始全力發展重聚變技術、修建行星發動機，但私下裏反對的聲音一直都有。