序幕500年後的忍界
自四次忍界大戰後，忍界重歸和平。雖然各國不時有一些小矛盾。，但總體還是和平的。boss們都被打敗了，但唯有一個關鍵人物幸存了下來，那就是大蛇丸。
由於大蛇丸練了不屍轉生，所以是長生不老之身。而且，大蛇丸為了避免忍界的忍者們發現他，一個人過起了隱居生活，一心潛心研究忍術。大蛇丸還在地下建了大型試驗室，以供他研究。
但是，忍界並不能給他提供一個良好的環境。因為，和平滋生懶惰。500年間，忍界的忍術發展得十分緩慢。這讓大蛇丸十分苦惱，於是他隻能研究前賢們的成果。但是，大蛇丸並不滿足於這些，他想要更多。於是，他想要挑起忍界中的矛盾，重新掀起亂世。俗話說，亂世出英雄，大蛇丸就是想要創造一批新的英雄，讓忍術發展。而且，也能給他體供更好的身體。
於是，大蛇丸開始挑撥各國之間的矛盾。首先是雷之國想要挑起戰爭，因為雷之國曆來都有侵略的傳統。雷之國大名認為，忍界統一的時機來了。但是，雲隱的忍者並不同意，他們在四戰結束時與其他四國簽訂了和平條約。而且，經曆四戰的雲隱深知戰爭的殘酷。於是，雷影想要拒絕大名的提議。不料，大名竟以斷糧為威脅要求雲隱出兵。於是雷影隻好答應。然而，雷之國雖然很強，但還不至於和整個忍界為敵。風之國地處沙漠地帶，資源匱乏，於是，便和雷之國聯手。
兩大國聯手，勢力之龐大。其他小國早就想擴張勢力，於是紛紛加入了這個隊伍。一場曠世大戰拉開。由於其他四國一直奉行和平主義，沒有大力發展軍事。不想雷之國背信棄義，四國之軍竟於侵略勢力勢均力敵。一場消耗戰拉開了，時間長達5年。果然如大蛇丸所料，這場戰爭誕生了許多英雄。忍界的忍術又開始發展了，但戰爭卻滋生了許多仇恨。
第一章複活的漩渦玖辛奈
在一個秘密的山洞裏，隱藏著大蛇丸的一個試驗室。大蛇丸此刻正在辛苦的工作，500年來，他一直這樣努力著，沒有感到無聊。
現在，他正在計劃著一場陰謀。他準備複活鳴人的母親，漩渦玖辛奈。一方麵，由於漩渦玖辛奈擁有優良的千手的血統。另一方麵，漩渦玖辛奈擁有強大的封印術，可以用來操縱尾獸。
但是大蛇丸並不想複活一個穢土轉生的玖辛奈，於是他花費了大量的時間製造了一個和玖辛奈一模一樣的身體。但是，這個生命體雖然是活的，但是卻沒有意識，也就是沒有靈魂。
為了讓她的身體更加完美，大蛇丸還對玖辛奈的生體做了一些改造，使她更加強大。一切準備好了後，大蛇丸準備用穢土轉生的長門複活玖辛奈。
大蛇丸召喚出長門，長門剛複活就被控製了。外道.輪回天生之術！長門的紅發變白了，背後出現一尊死神，吐出一絲查克拉，注入玖辛奈的身體。
突然，山洞爆炸了，大蛇丸立馬逃出了山洞。原來，大蛇丸對玖辛奈的身體做了改造，使她的查克拉比以前還要強大，在複活時查克拉覺醒了，所以產生了爆炸。