而艦隊則繼續南下，隨即展開了對武館炮台的炮擊，這裏的炮台規模比較小，根本就不能跟鎮海、江陰等地的炮台相比，而且守軍也隻有不到五百人，裝備的火炮還是明朝時期為了防範海賊的老式火炮，不僅射程比較近，而且性能不穩定，再加上年久失修，士兵們在戰時根本就不敢去使用它，因為他炸死自己人比炸死敵人更加容易。
這樣的炮台根本就阻擋不了中華軍的進攻，隻用了不到十五分鍾，清軍就被擊潰，成為第二支逃跑的清軍。
解決了炮台這個對陸軍的威脅之後，艦隊繼續西進，一直抵達了鎮南關的對麵，開始對廈門城內的守軍進行直接攻擊了。
廈門城其實也是一座孤懸海外的島嶼，隻不過相對於金門島來說，廈門距離大陸更近一些，但是因為隨著清廷水軍的屢戰屢敗，因此廈門城的防守就變得越來越艱難了，因此島上的守軍的吃穿用度，包括武器彈藥的消耗等等，都需要從陸地上運輸過去，島上原本是有居民的，但是因為清廷頒布的禁海令，使得沿海一帶三十裏之內的所有人口都必須向內陸遷徙，而整個廈門島自然全部都在這個範疇之內，所以這個時候的廈門城實際上是一座孤城，裏麵除了士兵之外再無一人。
城內的清軍是耿繼茂的軍隊，原本在收回了廈門城之後，這裏一度成為了施琅的據點，也是和金門鄭經對峙的前沿地帶，但是隨著金門戰役的爆發，以及後來鄭經的軍隊被打散，廈門城也就失去了其相應的作用了，於是耿繼茂便乘機將其收回。
但是在隨後的戰鬥之中，清軍的水軍全軍覆滅，而且中華軍又展開了一係列的反攻，沿海一帶幾乎所有的島嶼全部丟失了，就連廈門島之外的金門島也被中華軍拿下了，這使得廈門城的處境就變得艱難起來。
耿繼茂的手中並沒有水軍，他自然也不能在這個沒有價值的小島上麵跟中華軍耗下去，所以整個廈門島的駐軍隻有四千人，包括同安縣前後營的兩千多人，武館炮台的五百人，再就是廈門城中的一千多人。
這麼少的軍隊自然是抵擋不了中華軍的進攻了，而且因為城內沒有普通的百姓，所以中華軍也不擔心誤傷的問題，所以城內的清軍可就慘了，中華軍發射的炮彈全都是散彈，整個城牆上幾乎站不住人了。
守軍之中大部分都是從外麵逃回城中的軍隊，這個時候完全就已經沒有鬥誌了，所以在中華軍的猛烈炮擊之下，這些士兵們明智的選擇了投降。
結果當陸軍抵達城下的時候發現，清軍士兵們都將武器扔在一邊，一個個都排成了排向自己投誠，而廈門城就這樣兵不血刃的就被拿下來了。
而在拿下了廈門之後，中華軍也不停下，立即開始在海澄和晉江兩個方向開始登陸，海城方向負責進攻的是張聰的第一師，海澄自古以來就是兵家的必爭之地，因此這裏足足駐紮了清軍的兩萬五千人，這是一塊難吭的骨頭，所以就交給了第一師去解決，而晉江這邊因為東邊的馬港水軍大營的關係，耿繼茂的軍隊在這裏的兵力並不多，隻有一萬餘人，但是馬港內這個時候還駐紮著三千名清軍，這時福建的水師，但是水師這個時候卻無船可用，所以這些軍隊實際上是一支陸軍。