不過，柳傳誌和馬雪征的擔心是多餘的。呂、吳都是聰明人，識時務，經過兩年來的一番挫折，早就明白他們在公司裏已做不了什麼，所以很容易地接受了柳傳誌的安排。他們辭去在公司的所有職務，仍保有自己的股權。兩個人當初為了擴大股份借了公司的552.58萬美元，也知道柳傳誌為此背著“黑鍋”，所以願意聽憑柳傳誌的安排。柳說：“現在咱們的股票價格是最低潮，才三毛錢。但我相信聯想的未來。我們就以股票價格回升到發行價1.33元的那一天為期，你們要麼以股還債，要麼留著股票另籌現金還清本息。”呂、吳二人簽訂協議，對於以往8年的是是非非也不糾纏。他們都在西方受過高等教育，又是在香港這樣一個社會長大，養成西方人的典型風格：彼此能夠合拍就在一起，彼此不能接受就轉身離開。不過，兩個人還是很動感情，呂譚平在聽完柳傳誌宣布決定後當場痛哭，一邊哭一邊說：“我反正還是信任柳總，因為他把公司當成命。”柳傳誌心裏一樣難受，可畢竟闖過了最難的一關，不禁長出一口氣。這消息傳出來，股票又漲，到了1月29日，已經漲到1.15元。
這一天柳傳誌從香港回到北京，來到公司的時候仍然興奮不已。“從香港回來，身上還帶著濃烈的南方戰場的硝煙味。形勢很好，挺激動，大家看到我和董事長的臉都挺紅，有點像一個職業軍人馬上要打大仗以前的那種興奮的感覺。”柳傳誌得意地對他的員工說，“當初有人以30萬元買了100萬股，這幾天就掙了70多萬元。”事實證明柳傳誌的決定相當英明，4個月後聯想股價已經回到發行價之上，公司也就很順利地從呂譚平等人手裏收回了借款。1997年2月3日，公司全體董事在北京聯想總部大樓505室召開會議，當場擬定決議如下：—把北京聯想和香港聯想合並為中國聯想。—具體做法是，把北京聯想業務的主要部分通過資產評估，以該部分資產購買香港聯想股票。—整合後的北京聯想將成為香港聯想的絕對大股東，所占股份將由原來的42%上升為60%以上。董事會將合並後的公司大權賦予柳傳誌。他成為中國聯想董事局主席兼總經理、首席執行官。董事會中除了李勤和曾茂朝之外，還有楊元慶、馬雪征和郭為。
對年輕人來說，這個位置意義重大，它強烈地預示著公司未來的權力格局。1997年7月1日零點，香港回歸祖國。中英兩國政府的政權交接儀式結束之後，查爾斯王子一分鍾也沒有多待，率領香港末代總督彭定康一行，乘坐英國皇家遊輪“不列顛尼亞號”離岸，駛向漆黑的大海深處。與此同時，中國大陸35個大城市的中心廣場燈火通明，亮如白晝，幾億中國人徹夜不眠。李勤在北京聯想總部的白色大樓裏對記者說：“香港和聯想集團的曆史淵源很深，今天對聯想集團的發展也很有意義。我們將一如既往地扛起民族計算機工業的大旗。”香港那一邊，柳傳誌的心情也不錯。南方戰場至此有了完滿結局，人人皆大歡喜，都以為萬事俱備，隻欠東風。什麼時候上級的批文下達，就將大功告成。誰也沒有想到，他們等來的是上級的調查組。
調查組又來了
1997年7月，調查組第三次進入聯想，還是針對柳傳誌而來。10位調查人員來自中國科學院、中紀委、國家審計署和監察部。了解內情的人都發現，這一次來頭更大，有如中國科學院的新任院長路甬祥在調查組預備會上所說，“這次是根據朱基、羅幹同誌的批示，按監察部審計署的要求，科學院再組織一次調查，把事實徹底搞清，向中央寫個報告。”中南海要“徹底搞清”的事情，按照路甬祥的解釋，是因為“有幾次人民來信反映，在運作香港聯想的股權以及某些投資行為中有違紀行為，希望調查”。路甬祥不好意思說出“人民”是誰，其實誰都知道那是倪光南。原來就在柳傳誌為南北兩線戰事忙得焦頭爛額的時候，倪光南仍在頑強地表達自己的意見。他顯然不再信任中國科學院能夠秉公處置他與柳傳誌的衝突，所以把舉報信直接呈遞中國證監會、國資局、監察部、中紀委和黨中央。
朱基和羅幹同時關注此案，讓氣氛一下子緊張起來。這兩個人，前者一向有“鐵麵宰相”之稱，尤其對國有經濟領域中的化公為私無比痛恨。後者則是負責國家政法界的國務委員，他要是一發話，通常都會導致一場迅速嚴厲的追究行動。柳傳誌原本以為倪光南的麻煩早就了結，不料竟是越鬧越大。過去這些年的很多事情證明，他不是個不能受委屈的人。當然他也承認，自己的“修煉還沒有到最佳境界”，有時候也會失態，也會忍無可忍。記者劉韌在一篇文章中描述了他在接受調查時的反應：柳傳誌在房間裏麵走來走去，氣急敗壞：“一個調查沒事了，又換了一個新內容調查，如果他老是瞎編，你們老要調查，我還幹活不幹？”倪光南不是玩弄陰謀的人，他把事情做得光明正大，按照黨組織的原則，也不逾越公民的合法權利，告狀信上全都寫著自己的真實姓名。他指控柳傳誌的罪名並沒有增加，但是曾茂朝卻發現，因為南方戰事順利，反而給倪光南提供了新的炮彈。