納粹侵犯了丹麥，正在實行戒嚴！
玻爾出訪挪威歸來，火車還沒有進入哥本哈根市內，就被車外嘈雜的聲音震驚了。納粹德國占領丹麥雖在他的意料之中，但他卻沒有想到事情會來得如此神速。
此時的玻爾感到一股從未有過的壓力向他襲來，他很清楚自己將麵臨的處境，他的研究所，他的物理學乃至於他全家人的生命安全，都會遭到不堪設想的後果，但他不願離開這塊血脈所係的國土，他說：
“我無法忍受納粹的鐵蹄踐踏我的祖國，我覺得，此時的丹麥比任何時候都更需要我，我也同樣的需要她，需要和我的同胞站在一起。”
就這樣，玻爾多次拒絕了國外的邀請，在丹麥最危急的時刻，他始終和丹麥人民並肩戰鬥。
玻爾拒絕與納粹進行絲毫合作，也同樣拒絕與聽命於納粹的人進行合作。他不為任何有通敵嫌疑的委員會服務，拒不出席納粹直接或間接操縱的會議。
與此同時，玻爾參加了國王的75歲生辰祝壽活動，還參加了丹麥人為了表示自己積鬱而舉行的民族曆史慶典。每逢有這類愛國紀念活動，玻爾總會出現在頭排座位上，他堅毅的麵孔和深邃的目光，已經成為一種象征。
玻爾拒不合作的態度遭到德國法西斯的極端仇視。他們派暗探盯梢玻爾，並計劃將玻爾挾持到德國，為他們服務。
玻爾一家人多次麵臨痛苦的抉擇。丹麥的形勢越來越恐怖，玻爾隨時都有被捕的危險。但玻爾壓倒一切的考慮是，不能在危難的時刻離開自己的祖國。他一再堅持說，隻要能呆下去，“我是不會走的”。
就在玻爾以頑強的意誌同法西斯鬥爭的時候，世界原子物理的研究正在飛速發展。原子能的利用已經突破了理論防線，開始向實踐靠攏。
英、美等國一致認為，如果原子彈的製造技術被德國人搶先掌握，那麼，誰也無法預料瘋狂的法西斯分子會做出什麼事情來。
1943年9月底，德國簽署了逮捕玻爾和他弟弟的命令，在這緊要關頭，玻爾也接到丹麥地下組織的使命，要他去瑞典拯救被法西斯逮捕的猶太同胞。玻爾以他崇高的國際影響和赤誠的愛國之心，挽救了6000同胞的生命，然後便接受了英國政府的邀請，共同研製原子彈，以對抗德國的殘暴行徑。
1943年10月6日，一架英國的蚊式轟炸機在斯德哥爾摩機場降落，為了不破壞瑞典的中立，飛機上沒有任何武器裝備。它是應英國政府之命，來接一位重要人物的。
這位重要人物不是將軍，也不是國王，但他所能發揮的作用是將軍和國王所無法取代的，他就是尼爾斯·玻爾。