《物種起源》一書的問世，不僅對達爾文的個人生活具有重要意義，還對大批有學問的人對生物界的觀點和對人在生物界中的地位的觀點有深刻影響。然而在此以前，為捍衛達爾文主義進化論學說，曾不得不進行長達10年的尖銳鬥爭，在10年的鬥爭過程中，達爾文的思想以及達爾文本人，曾經不斷地受到攻擊，這些攻擊常常是粗暴的、惡毒的和不公正的。
達爾文為人溫和，甚至對自己的對手也非常有禮貌，雖然他處於這些攻擊風暴的中心，但他的一些朋友和擁護者卻經曆了最激烈的鬥爭時刻。然而，不管這些人的作用多麼大，為達爾文爭取越來越多的擁護者的主要鬥爭武器，還是他那部不斷地進行新的版本和譯本的出色著作《物種起源》，這部著作不知不覺地、不聲不響地擊敗了各個對手，說服了那些動搖分子，在越來越多的無私地尋找真理的人們中間，為自己爭得了許多朋友和信仰者。
賴爾說《物種起源》就是“一個長的論據”，它被用來論證整個進化論理論，特別是用來論證對這種進化原因給予最完美的說明的自然選擇理論。這部書是根據一個明確的、有邏輯性的提綱寫的，這個提綱大體上也就是1842年和1844年《概要》中所擬定的那個提綱。達爾文是從人的如下實踐活動開始的：人們通過對種公畜的人工選擇，或者通過對留作種子用的最接近理想的植物的育種選擇，能夠培育出許許多多家畜的品種或數千種栽培植物的亞種來。他證明，由於變異和遺傳，人們能夠獲得這些結果。由於變異，也就是說，由於一對動物的後代，或者由同一個莢的種子生長出來的植物，彼此之間略有區別這種情況，選擇是可能的；而由於遺傳，即經常看到的親本將特性傳給後代這一情況，通過選擇優良的種公畜或選擇優良的植物種子，就能夠獲得具有這些改良特性的後代。
為了證明這樣的人工選擇能夠引起亞種之間多麼大的差別，達爾文以他自己飼養的家鴿為例。腿的長度，喙的長度和形狀，尾羽的數目，腿部羽毛的差別和頭部羽毛分布的差別是如此之大，以致這些差別如果是屬於野鴿的話，那麼它們就足以使人們把家鴿劃分為不同的物種，甚至不同的屬，然而，正如達爾文所證明的那樣，這些家鴿都起源於一個野生種——岩鴿。
從這種人工選擇轉到自然選擇。達爾文證明，自然界也有變異和遺傳，自然界中代替人工選擇的原因是“生存鬥爭，或者說是在生物按‘幾何級數’增殖的情況下不可避免的生存競爭。”
達爾文作出了這一“自然的”解釋之後，轉而競爭談到理論的難點。難點之一是擺在反複思考想要解決物種起源問題的生物學家麵前的一個根本問題：變種如何成為物種？為什麼通常在各個物種之間沒有過渡？沒有過渡這一點也是物種“創造論”的擁護者的主要論據之一。達爾文在他最早的幾本《概要》中還沒有解決這個問題。在《物種起源》一書中，他提出了並深入地研究了“中間類型的性狀的分歧和絕滅”的原理。達爾文認為，近似類型之間的生存鬥爭特別激烈。競爭者的生活方式和特性越相似，競爭就越激烈。反之，隨著新的不同特性的獲得，競爭也逐漸減弱，我們以達爾文在《物種起源》一書中引用的例子為例。
某個地方的狼要吃鹿和綿羊，它就要追捕鹿和羊。要想捉住鹿，就要跑得特別快，而要想咬死羊，就要有特別大的力氣，那麼跑得快的狼和力氣大的狼就能在生存鬥爭中獲勝。狼跑得越快，它就越能捕獲鹿，力氣越大的狼，它就越能專門捕獲羊。而一切中間類型的狼，在生存鬥爭中就不能被保存下來，就將絕滅。而在生存下來的兩種極端類型的狼之間，即在跑得最快的狼和力氣最大的狼之間，競爭則減弱下來，因為這兩類狼中每一類都將轉變為吃專門食物的狼。這兩種極端類型的狼之間的區別越顯著，它們競爭的激烈程度就越小。達爾文就是這樣先設想變種的起源，後設想物種的起源的。達爾文把自己理論的這一結論叫做中間類型的性狀的分歧和絕滅的原理。
人工選擇也有同樣的情況：如果得出了某一個新品種，它就會把自己的先輩排擠掉。用達爾文的話來說，在英國，黑牛被長角牛所代替，而長角牛又被短角牛所代替。同時，據一個農業主說，頭兩個品種好像是被瘟疫毀滅掉了。馬的情況也完全一樣：如果追求的是速度，那麼跑得快的優良品種的馬一定排擠掉跑得不太快的品種的馬，如果追求的是力氣，那麼優良品種的重馱馬將排擠掉劣等品種的重馱馬；最後所獲得的將是越來越明顯的極端類型：跑得快的那些品種的馬將和重馱馬具有越來越大的區別。達爾文認為，自然界發生的情況也是這樣：如果一個類型內部生存鬥爭很激烈，那麼中間類型總是處在不利的情況下，於是被保存下來的隻能是在某個方麵有專長的極端類型，從而使生存鬥爭中的競爭有所減弱。任何一個物種的後代越不同，這些後代彼此之間在習性和構造方麵的區別越大，那麼它們在自然界中就將爭得更多的地位。