一
秋天的午後，學園都市原本萬裏無雲的天空上，不知何時突然飄來了幾片烏雲，將溫和的陽光給屏蔽下來，陽光漸漸暗淡，整片大地因為失去陽光的照耀而變得清冷下來。在學園都市，兩個不同的地點，兩個不同的戰場，兩場目的相同的戰鬥，即將爆發。
第七學區，某家外觀看起來像神社的服裝店外
一隊全副武裝看起來像未來特種兵一樣的人潛伏在神社外圍，呈現出一副步步緊逼的姿態，空氣中似乎都彌漫著一股刺鼻的火藥味，這些外貌像特種兵的人臉上卻都是一副輕鬆自如的表情，仿佛接下來開始的不是戰鬥，而是小孩子的過家家一樣。
這些人是隸屬於學園都市統括理事會的暗部組織之一，他們由學園都市的決策高層統括理事會掌控或者直屬於統括理事會理事長亞雷斯塔·克勞利。目前數據庫中有記載的至少有五個，各組織為其目的和職責而行動，其職責是維持學園都市內部的安定和執行“無法向光明表達的事”，包括暗殺、滅口。銷毀資料證據和暴力鎮壓學生等。
當然，並不是所有的暗部組織在學園都市的數據庫中都有所記載，所謂的“暗”，就必須要隱藏在光明的人們所看不見的地方，有時，暗部除了執行統括理事會的命令之外，偶爾也會當當雇傭兵的角色，例如受雇於某些研究所，完成那些研究所所下發的任務，以此來賺取外快。這支暗部，就是其中的佼佼者。
這支暗部共分為兩隊，每隊大概5、6個人，在神社兩旁呈半包圍狀潛伏著，在神社的右側，一名雇傭兵拿起手輕輕拍去掉落在肩頭上的落葉，對著安置在胸口的微型對講機說道：
“隊長，神社內部已經用紅外線探測器探測過了，沒有發現其它無關人員，現在正是突襲的好時機，是否現在發起突襲？”
等待了約幾秒鍾，雇傭兵的微型對講機內傳出了一個老練滄桑的聲音：“再等等吧，這種狀況看起來太奇怪了，簡直就好像是故意在引誘我們出動一樣，要小心謹慎一些。”
“我明白了。”
同一時刻，神社的供奉殿內
“哦？還蠻謹慎的嘛。”楪姬跪坐在榻榻米上，左手握著一麵小小的銅鏡，她看著銅鏡，眼光中閃過一絲的讚許，銅鏡裏麵所映出的正是之前的那群雇傭兵。
“不過，作為我的對手，單隻有謹慎可是遠遠不夠的啊。”楪姬說著，餘光看向了佇立在供奉殿內的天照大神的神像，喃喃道：
“很快，這場無聊的戰鬥就會結束了…”
…………
二
“最後的目標，就是這裏了嗎？”玄月站在一個掛著海島川製藥廠的牌匾的研究所前，如是說道。
“呿，跑得挺快的嘛…”玄月慢慢走進了寂靜的研究所內，看著研究所內空無一人的情況，麵帶不屑地說道。
“嗯？”正走在走廊上的玄月突然停下腳步，把頭望向了右側的一個轉角處，片刻後，他的嘴角露出一絲噬血的微笑。“看起來也並不是完全沒有人嘛。”
話音剛落，玄月所注視的那個轉角裏突然冒出大約五六個全副武裝的雇傭兵，他們手持著現代化的機槍對著玄月就是一陣掃射。
咚咚咚咚咚咚——
一陣掃射過後，四周的空氣被濃厚的火藥味占據，煙霧蔓延了幾乎整個走廊，士兵們紛紛放下機槍等待煙塵散去前去收屍。