洪武十七年（1384），徐達在北平留守之時不幸得了背疽，不久稍微好轉。然而次年二月（1385），病情隨即加重，便隨後去世。
徐達死後，朱元璋親至葬禮以示悲瘍，把他列為開國第一功臣，追封為中山王，諡號武寧，贈三世皆王爵。賜葬鍾山之陰，禦製神道碑文。當時聖上曾經稱讚他說：“令行禁止。不居功自傲，不貪圖女色財寶，處理問題不偏不倚，沒有過失。當世有此美德者隻一徐達。”
幾年過去了，到了洪武二十六年(1393)，朱元璋終於騰出手來拿藍玉開刀。由而，聖上並借口涼國公藍玉謀反，株連殺戮功臣宿將的重大政治案件。因藍玉案被株連殺戮者，當時稱之為“藍黨”。該案與胡惟庸案合稱為“胡藍之獄”。經兩個案件的發生，明初元功宿將已屠戮殆盡。
藍玉，鳳陽府定遠縣(今屬安徽)人氏，開平王常遇春內弟。初隸常遇春帳下，有膽有謀，作戰英勇，屢立戰功。從由軍鎮撫積升至大都督府僉事。洪武十四年封永昌侯。隨之，二十年拜為大將軍，屯薊州。二十一年捕魚兒海(今內蒙古東部貝爾湖)之戰，殺北元太尉蠻子之等，並降其眾，獲馬駝牛羊十五萬餘，焚其甲仗蓄積；又破哈剌章營，獲人畜甚多。
朱元璋對其寵遇甚隆，比之為衛青、李靖，封為涼國公。但藍玉居功自傲，日益驕橫跋扈。他蓄莊奴假子達數千人之多；乘勢暴橫，並仗勢侵占東昌(今山東聊城)民田。
當禦史按問時，竟將禦史鞭打而驅走。北征時，私占大量珍寶駝馬無算。回師夜經喜峰關，因守關吏未及時開門，竟縱兵毀關而入。以上這些他所作所為，引起聖上非常不滿。然而，藍玉猶不收斂，擅定軍中將校升降與軍隊進止，導致朱元璋數次責備。也就洪武二十六年，錦衣衛指揮使蔣氏告發藍玉謀反，下獄鞫訊之後，獄詞稱同景川侯曹震、鶴壽侯張翼、舳艫侯朱壽、定遠侯王弼、東筦伯何榮及吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等謀反，擬乘朱元璋藉田時發動叛亂。於此之下，朱元璋便遂族誅藍玉之等，並株連蔓引，自公侯伯以至文武官員，被殺者約兩萬人。最後，朱元璋親自著手詔布告之天下，並條例爰書為《逆臣錄》。列名《逆臣錄》者，有一公、十三侯、二伯。
洪武二十二年（1389年），藍玉再次受命督修四川城池。
洪武二十三年（1390年）施南、忠建二宣撫司南蠻反叛，藍玉奉命前往討平。接著，又平定都勻（今屬貴州），安撫司散毛諸洞，被加祿五百石，奉詔還鄉。
洪武二十四年（1391年），朝廷再命藍玉統領蘭州、莊浪等七衛兵，追討逃寇祁者孫，於是攻取西番罕東之地，當地首領哈昝等逃遁。時逢建昌指揮使月魯帖木兒反叛，藍玉又奉命率軍征討，當藍玉率軍趕到時，都指揮瞿能等已大破其眾，月魯逃往柏興州。藍玉乃派百戶毛海誘捕月魯父子，送往京城處死，又盡降其眾。因此請求增設屯衛，太祖下詔許可。緊接著，藍玉又複請征當地百姓為兵，討伐朵甘、百夷，唯有這次聖上不許，藍玉這才班師回朝。
由於中山、開平二王死後，藍玉多次統領大軍，也多次立功，朱元璋對其優禮有加。由此，藍玉便日漸恣意驕橫，蓄養了許多莊奴、義子，乘勢橫行霸道。因而，藍玉曾強占東昌民田，被禦史查問，藍玉大怒，一下將禦史趕走。
藍玉北征南返時，夜抵喜峰關，守關官吏沒能及時開門接納，藍玉便縱兵毀關，破門而入，皇上聞知，很不高興。
這時，又有人說他與元主的妃子有私，致使元妃羞愧自盡，皇上為此切責藍玉。當初，聖上本欲封藍玉為梁國公，因藍玉有這些過失，便將梁字改為涼，並命人將這些過失刻在世襲的憑證之上。可藍玉猶不改過，侍奉皇上酒宴時口出傲語，軍中將校升降進退，大權操於他一人，聖上因此多次責備之他。就藍玉西征返回之後，被封為太子太傅，然而藍玉卻不願位居宋、潁兩公之下。他便不滿說：“我難道不能做太師嗎！”
此後上奏言事，朱元璋大多不采納他的建議，藍玉越發怏怏不樂。
當太子朱標還健在時，藍玉因為與朱標有親戚關係，經常友好往來。有一次，藍玉從蒙古班師回朝，麵見朱標時，他告知太子說：“我觀察燕王朱棣在他的封地，一舉一動與皇上一模一樣。燕王不是一般人，遲早是要造反的，我找過人望他的氣，有天子氣象，你一定要小心。！”
朱標回答藍玉：“燕王對待我非常恭敬，絕不會有這種事情。”
藍玉向朱標解釋：“我受到太子您的優待，所以秘密告訴您這件事的厲害，希望我的話不會靈驗，更不被我說中。”此時，朱標沒再說什麼。