病毒的發現是從煙草花葉病毒的研究開始的。
在病毒大家庭中，煙草花葉病毒有著特殊的地位。無論是病毒的發現，還是後來對病毒的深入研究，煙草花葉病毒都是病毒學工作者的主要研究對象，起著與眾不同的作用。
1886年，德國人麥爾把患有花葉病的煙草植株的葉片加水碾碎，提取出汁液注射到健康煙草的葉脈中，結果健康的煙草也患上花葉病了，實驗證明這種病是可以傳染的。通過對葉子和土壤的分析，麥爾指出煙草花葉病是由細菌引起的。
1892年，俄國的伊萬諾夫斯基將麥爾的試驗再進行了一次，證實了煙草花葉病是由細菌引起的，而且進一步發現，患病煙草植株的葉片汁液，通過細菌過濾器後，細菌已經被過濾的情況下，健康的煙草植株還是能發生花葉病。這種現象起碼可以說明，治病的病原不是細菌，但伊萬諾夫斯基將其解釋為是由於細菌產生的毒素而引起。生活在巴斯德的細菌致病說的極盛時代，伊萬諾夫斯基沒有仔細進一步思考這種現象發生的原因，從而錯失了一次獲得重大發現的機會。
1898年，荷蘭細菌學家貝傑林克在實驗中同樣證實了麥爾的結論，他在實驗的時候也出現了與伊萬諾夫斯基一樣的情況，他發現煙草花葉病病原能夠通過細菌過濾器。但貝傑林克想得更深入，他把煙草花葉病株的汁液置於瓊脂凝膠塊的表麵，發現感染煙草花葉病的物質在凝膠中以適度的速度擴散，而細菌仍滯留於瓊脂的表麵。在這個實驗中，貝傑林克敏銳地覺察到引起煙草花葉病的致病因子有著與細菌不同的特點，並且隨後總結出三個特點：能通過細菌過濾器；僅能在感染的細胞內繁殖；在體外非生命物質中不能生長。根據這幾個特點他提出這種致病因子不是細菌，而是一種新的物質，稱為“有感染性的活的流質”，並將這種第一次出現在人類視野中的事物取名叫病毒，拉丁名叫“Virus”，神奇的病毒自此“誕生”了。
幾乎是同時，德國細菌學家費羅施和勒夫勒在研究牛口蹄疫時發現，引起牛口蹄疫的病原也可以通過細菌過濾器，從而再次證明病毒是真實存在的。