麵對學醫期間的困苦，史懷哲在給朋友的信中這些描述著自己的感受：
現在，我們坐在這裏研究神學，為的是在以後爭奪最好的牧師位置；我們寫下厚厚的學術著作，也是為了成為神學教授。而在海外發生的一切，那裏事關耶穌榮譽和名義的鬥爭，則與我們無關。我不想為了成為一個“著名的”神學家，而把自己的生命一直耗在“批判的發現”上。
我不能這麼做，我已經長期地、反複地考慮過。最後，我終於明白了：我的生命不是學術，不是藝術，而是奉獻給普通的人，以耶穌的名義為他們做任何的一點點小事情。空氣流向“真空”的地方，理解精神法則的人，必須前往為人們所必需的地方。
當然，學醫的日子極不容易，但我的內心寧靜而又充滿了幸福感。我的生活是艱苦的，然後是美的。您不要認為我是一個沉於幻想的人，實際上，我是一個非常客觀和冷靜的人。我從青少年時代就開始反複思考人生的意義。最終的結論是：關鍵在於行動。
學醫期間，美麗的女孩海倫·布勒斯勞走入了他的世界。她是斯特拉斯堡大學的一位曆史學教授的女兒。海倫從文稿的謄寫、印刷的校正到一些瑣碎物品的購買，都在幫助史懷哲。另一方麵為了幫助他的醫療工作，海倫還努力學習護士的工作。1912年6月18日，史懷哲與海倫結婚。海倫與心愛的丈夫相伴走過了45年幸福美滿的生活，他們一起在大海上長途旅行、一起在非洲叢林中漫步、一起為成千上萬的病患土人忙碌……他們有著深摯的愛情和信任，平淡而溫馨的一生。史懷哲數十年生活在艱苦的非洲大地，曆經兩次世界大戰，一生經曆無數艱難險阻。能夠從容淡定，並活到90歲高齡，一生默默陪伴和支持的愛人給了他許許多多來自內心的力量和勇氣。1965年史懷哲逝世後，與夫人海倫一起，葬在加蓬共和國蘭巴倫醫院旁。
1912年開始，史懷哲開始為前往非洲進行準備。他向巴黎的傳教士協會申請自費在加蓬的蘭巴倫設立一所醫院的許可；到殖民部申請在加蓬行醫的許可；購買各種日用品、醫院所需的物品以及藥品。史懷哲之前所從事的都是精神上的工作，現在卻整日在體力上操勞，開始時他覺得做這些事情是一種負擔，但後來逐漸體會到，全身心地處理實際事務也是值得的，甚至認為一次理想的訂貨是一種藝術享受。
史懷哲感受到，最重要也是最艱難的是籌款。為一項其合理性尚待證明，現在還隻是一種意圖的事業籌款，感受到了十分的艱難。原先有許多反對他的朋友也盡棄前嫌，誠心給他幫助。魏多老師最為熱心，為他舉辦多場演奏會，把門票收入都捐給他。還建議巴赫協會訂製一台上等的管風琴兼用鋼琴送給他。當然，籌款過程中也遭遇過許多不快。在有些人的口氣中，史懷哲好像不是一個拜訪者，而是作為一個乞討者來到他們那裏的。
1913年春季，史懷哲與夫人海倫曆時50天，來到了自己生命的第二故鄉加蓬。此地現今已成為加蓬共和國，當時為法屬赤道非洲的一部分。16世紀初，就有傳教士在這裏開展活動。這裏有錯綜複雜的原始森林、沙洲和湖沼。這裏有各個部落的土人，還有食人族。這裏天氣酷熱，濕氣大，豆類不會結果，穀物也無法栽植。麵粉、米、牛奶、馬鈴薯等都需要從歐洲供應，布料和藥品更不用說。蘭巴倫在赤道偏南處，冬夏兩季與北半球相反。冬季氣溫約在25～30攝氏度，夏季則在28～35攝氏度。歐洲人在此多半住了一年之後，就會疲勞過度與貧血，兩三年之後失去工作能力，至少得回歐洲休養半年以求恢複。在史懷哲來到之前，此地方圓數百公裏之內，連一個醫生也沒有。土人生病，隻有依靠傳統的醫師施咒作法，萬一來了傳染病，情形真是悲慘之極。熱帶的傳染病很多，其他得肺病、心髒病、腸胃病、皮膚病的人也很多。土人們對它們一籌莫展，隻有讓無數的人在叢林裏一個個倒下。
史懷哲從到達非洲的第一天起，就被一大群病人團團圍住。剛開始器材和藥品不足，連房間都沒有。史懷哲隻能在露天工作，白天戴著遮陽帽仍然有日曬病的危險。此外，每天到傍晚時分還一定有一場驟雨，每當雨來的時候，便得慌慌張張地把物品搬到回廊下。幾天以後，診所每天要接待大約40個病人。皮膚病、麻風病、昏睡病、心髒病、肺病、酒精中毒、精神病、風濕病、坐骨神經痛、痛風、慢性腹瀉病、尼古丁中毒、痔瘡便秘、牙病、小腹腫脹、癔病、疝病等都是常見病。史懷哲必須成為一個全能醫生。史懷哲日以繼夜醫治他們的身體，更關懷他們的靈魂。他也是土人的嚴父、兄長、工頭和密友。在叢林中，他親自和土人建醫院，自製磚頭、配藥方、拓農場。在當地的加洛阿語中，史懷哲的名字叫“奧甘加”，是“巫師”的意思。