婆羅浮屠塔是作為一整座大佛塔建造的，從上往下看它就像佛教金剛乘中的一座曼荼羅，同時代表著佛教的大千世界和心靈深處。塔基是一個正方形，邊長大約118米。頂層的中心是一座圓形佛塔，被72座鍾形舍利塔團團包圍。每座舍利塔裝飾著許多孔，裏麵端坐著佛陀的雕像。一條狹長走廊的牆上裝飾著浮雕佛塔的建築材料是取自附近河流的約5.5萬立方米石料。這些石料被切成合適的大小，由人工運至建築地點。石塊之間用榫卯連接。建築完工之後工匠們在石塊上刻下浮雕。佛塔建有良好的排水係統，以適應當地的暴雨。為防積水，每個角上都有裝飾著滴水嘴獸的排水孔，整座佛塔共有100個這樣的排水孔。
婆羅浮屠塔和其他同類的建築有很大的差異。它被建於一座山上，而不是平地。不過建築工藝和爪哇的其他廟宇相似。由於它的實心結構和類似金字塔的造型，人們起初認為婆羅浮屠是一座舍利塔，而不是廟宇。舍利塔的目的是供奉佛陀，有時也僅僅是一種虔誠的標誌。而廟宇則是在房屋中供奉佛陀，並且給信徒參觀朝拜。然而從婆羅浮屠的精心設計和建造來看，它事實上是一座廟宇。婆羅浮屠的台階和走廊引導信徒們拾級而上，直至頂層。婆羅浮屠的每一層都代表著修煉的一個境界。信徒們的朝拜路線裝飾著象征佛教大千世界的各種圖案。
部分史前文明研究者認為，婆羅浮屠塔是古代人根據他們那時候所見到的太空人的樣子而建造的圖騰。婆羅浮屠塔造型神似現在的火箭飛船，流線型的造型符合空氣動力學，內部中空，人形神明端坐其中。其實人類到目前為止還不是很了解公元前一萬年左右的世界曆史，沒有任何證據表明在人類文明前地球上曾有過另一個高度發達的文明，同時也沒有任何證據可以證明這個文明的不存在。古代人對於超出他們認知範圍的現象——如飛船等，不能夠理解，因此很容易把那些現象神化。人類是不可能憑空想象或設計出什麼物品的，任何產品或建築的構造，隻不過是在前人的基礎上慢慢改進，婆羅浮屠塔造型如此精美，又如此形似現代的航天工具，這不僅僅隻是巧合二字所能解釋的。
素有印度尼西亞“金字塔”之稱的婆羅浮屠塔又稱“千佛壇”，高大的佛塔和神壇是寺院中最為引人注目的建築。這個大乘佛教藝術古建築，同中國長城、埃及金字塔、柬埔寨吳哥窟齊名，對研究印度尼西亞曆史、文化和藝術具有重要價值。